早期對林、江集團案的審查活動（1）
特別檢察廳和特別法庭成立前對林、江集團案的審查活動
林彪集團和江青集團的成員最初都是由分別設立的專案組進行審查的。1978年12月召開的黨的十一屆三中全會，決定將林、江反革命集團案交給重建的中央紀律檢查委員會進行審查。中紀委接受這一任務後，建立三個小組：第一組以中紀委副書記劉順元為首，審理林彪集團案件；第二組以中紀委副書記張啟龍為首，審理江青集團案件；第三組由主持日常工作的中紀委副書記王鶴壽直接領導，以中紀委副書記章蘊為首，審理康生、謝富治的問題。由於工作任務繁重，後經請示中央決定，成立林彪、江青反革命集團案件審理領導小組，下設辦公室，由中紀委組織黨中央和國務院有關部委和軍委的同志參加，負責案件的具體審理工作。這個辦公室對外也稱中央紀律檢查委員會第二辦公室。該辦公室下設一組（負責審理林彪集團案）、二組（負責審理江青集團案）、審理組、秘書組。這時林、江反革命集團案正式定名為“兩案”。對“兩案”的審理，一開始就存在兩種不同的意見：一種意見認為，既然要查清林、江集團的罪行，就必須對“文革”十年中的重大事件和重大問題都徹底查清楚，分清是罪行還是錯誤，不論涉及到誰都應查清。另一種意見認為，清查只能清查到四屆人大或黨的十大前後為止，不能再往前查，否則就發生“是否砍旗”的問題。這個情況向王鶴壽和胡耀邦作了彙報，經過領導小組討論，支援第一種意見。即對“文革”十年中的重大事件和重大問題，應當實事求是地一律查清，在事實的基礎上作出符合實際的結論。經過查證的大量事實，使林、江反革命集團的性質清楚地暴露了出來。
1979年7月28日，中央“兩案”領導小組召開第一次會議。組長鬍耀邦（當時任中央組織部部長）傳達了中央指示：“兩案”審理工作是非常嚴肅的，要向子孫後代負責，向全黨負責，要經得起歷史的檢驗。8月，根據鄧小平的提議，在京西賓館召開全國“兩案”審理工作會議。在會議上，胡耀邦作了重要講話。他指出：“這次對‘兩案’犯錯誤和犯罪人員的處理……要考慮‘文革’的歷史條件，要按黨的政策和國家的法律辦事。凡是判刑的，一定要經得起歷史的檢驗。”又說“我們現在面臨對被告提起公訴，起訴書我們沒有搞過。包括我自己。起訴書要經得起批駁，包括資產階級學者們的批駁。”這樣，檢察院就得以提前介入。
1979年9月3日，中央政治局常委華國鋒、鄧小平等聽取了“兩案”審理工作情況的彙報。胡耀邦彙報完畢，鄧小平說：“黃、吳、李、邱，還有陳伯達可算一案。王、張、江、姚也作為一案。把他們作為篡黨奪權、陰謀政變的集團案子來處理。不要一個人一個人地去判，按集團案把起訴書寫出來。審判的時候注意把他們的主要罪行即禍國殃民的罪行寫出來就行了。其他小的罪行不一定寫那麼細。”華國鋒做總結髮言說：“對於兩個案子，不管判刑也好，黨紀處分也好，總的精神要把我們黨的好傳統發揚起來，就是要我們對這些人的處理站得住腳。”
1980年2月，中紀委根據對“兩案”審查的結果，證明林彪、江青兩個集團觸犯了國家刑律，決定把“兩案”主犯，移交司法機關依法審理，追究刑事責任。
3月17日，恢復不久的中央書記處開會，討論林、江反革命集團案的事宜。胡耀邦、餘秋裡等書記處成員到會，剛擔任全國人大常委會法制委員會主任的彭真也應邀參加會議。會議經過認真討論，形成下列六條意見：（1）正式按“集團”進行審判。（2）起訴書、證據都要確鑿，站得住腳，傳到子孫後代也推翻不了。這樣做了，對加強安定團結的政治局面，同心同德幹四化有積極的作用。在國際上也有好的影響。（3）從現在起搞好預審。讓被告講話，讓他們申辯，從中摸清他們的思想情況，以便有的放矢。（4）在起訴前，把起訴書發給被告，爭取被告不僅自己服法，而且出來作證。（5）根據中央的提議，成立“兩案”審判指導委員會，由彭真、彭衝擔任正副主任，最高人民法院院長江華、最高人民檢察院檢察長黃火青、公安部部長趙蒼壁及王鶴壽、楊得志等同志參加。（6）組織特別法庭進行審判，針對這些案犯掌握黨和國家的最高機密，不公開審理。……林彪案由軍事檢察院起訴，江青案由最高人民檢察院起訴。……。
早期對林、江集團案的審查活動（2）
3月底，中央書記處再次開會討論對“兩案”案犯起訴書初