這是什麼黨委會？不敢進行批評與自我批評，算什麼共產黨員！”
朱德對田守堯進行了嚴厲批評。
最後，他對大家語重心長他說：“戲點到誰誰就唱，沒點到你就不能出臺，共產黨員嘛，我們都要聽黨中央的，不能鬧情緒！”
整個會議，除了黃克誠，三四四旅中沒有一個人發言。
會議不歡而散。
這次黨委會，給黃克誠帶來了不小的誤會。黃克誠本來就是“外來戶”，大家對他有所牴觸，這時他又是惟一發言批評田守堯的人。因而，在三四四旅中有些人就認為上級之所以沒有批准田守堯代理旅長，可能是黃克誠從中作梗。黃克誠有苦難言，但是又不能作解釋，於是他一直把自己的想法悶在心裡。
從此以後，田守堯在相當長的一段時間裡，對黃克誠一直心存芥蒂。後來，部隊挺進蘇北，經過兩人長期相處，田守堯才發現黃克誠並非自己所想象的那樣，因而兩人心釋前嫌，成為親密的戰友。
在朱德總司令關懷和親自指導下，三四四旅在端氏鎮進行了認真學習整訓，總結了抗戰以來存在的問題及作戰經驗教訓，在部隊作風和戰略戰術上，都有了較大提高，實現了以打游擊戰為主的根本轉變。
楊得志到任後，三四四旅又以團、營為單位，深入敵後，開展游擊戰爭，在對日偽軍作戰中接連取得勝利。
金秋十月，太行根據地一派繁忙的秋收景象。
1938年10月19日。潞城縣故漳村。村南大廟裡，總部召開了太行根據地各方面主要負責人的會議。作為太南軍政委員會書記，黃克誠參加了這次會議。
會議主要研究了當前如何準備迎擊敵人對根據地的進攻，克服困難，準備反擊的問題。
會後，黃克誠回到太南區，組織部署工作。
太南區，地處太行山南部，跨山西、河南兩省，共轄十七個縣，晉東南六個，豫北十一個，全區人口達三百萬之多。
遵照上級有關建立鞏固的抗日根據地的指示，黃克誠全面分析了太南區的情況後，認為晉東南一帶局面已經開啟，豫北則開闢得較晚一些，國民黨仍在那裡活動頻繁，並且歷史上豫北土匪、聯莊會、會道門較多。雖然抗戰以來，許多士匪、聯莊會改編為抗日部隊，但對他們的改造、鞏固決不能有絲毫的忽視。
因此，他同太南特委同志商議後，確定了鞏固晉東南、加強豫北的工作方針，並在全區展開。
黃克誠不僅關注太南區革命形勢的發展，還注重立足全域性考慮問題。
經過三四四旅幹部戰士的艱苦努力，三四四旅不僅鞏固、發展了抗日根據地，而且擴大了自己的隊伍，組建了很多地方武裝，三四四旅活動區域日益擴大。
黃克誠經過慎重思考，向總部建議，將三四四旅分成兩部分開展活動，他和楊得志，一人留守旅部，一人過平漢路向東開闢新區。
總部採納了黃克誠的建議，回電要黃克誠留守旅部，楊得志率一部過平漢路東。
1939年初，楊得志遂帶領一部分幹部和部隊來到冀魯豫交界地區，組建冀魯豫支隊，在那裡開展敵後游擊戰爭。楊得志率一部離開太南區後，黃克誠肩挑軍政重擔，將各團分散，展開活動。
過了一段時間，黃克誠發覺部隊由於分散活動，隊伍都有擴大，因而山頭主義傾向有所抬頭，甚至有點不大聽指揮了。於是，黃克誠憑著政工幹部特有的敏銳感與責任感，果斷將所有部隊集中到太行山區進行整訓。
他把各團主要幹部都召集來，召開黨委擴大會議，批判山頭主義，加強黨的領導。
起初，黨委擴大會議召開時，有些幹部不來參加會議。黃克誠本著高度負責的精神，無論來人齊與不齊，每次都按時開會，該怎麼講就怎麼講，該批評就批評，不講情面，他相信那些沒來開會的同志總會聽得到。
有時，個別幹部不服氣，黃克誠就耐心講道理，做說服工作。
朱德總司令也經常來參加會議，一再要求大家克服山頭主義的不良傾向。
連續十幾天，黃克誠幾乎累垮了，以至於會議結束之後很長時間，他還沒有從疲勞中恢復過來。
黃克誠紮實而細緻的工作，終於取得了一定成效，這使得他倍感欣慰。
1939年12月，三四四旅配合一二九師，對日軍進行的冀魯豫、晉冀豫等抗日根據地大“掃蕩”予以堅決反擊，取得了輝煌戰果。
正當我抗日軍民深入敵後開展游擊戰爭，