10月29日一夜的放火搶劫，太原中心商街陷於一片混亂。各家各戶緊閉院門，各學堂的教員和學生，距省城比較近的，有的連夜跑回家裡。到了10月30日（辛亥年九月初九）黎明，軍隊上街捕殺搶劫的人，城門口的軍警開始不讓那些帶衣物的人出城了。
正如張樹幟所說，對維持社會秩序，學生也起了一些作用。據當時目擊者張晟回憶：
在混亂中，農林學堂的學生舉出代表三人赴軍政府請願，找見趙戴文、孟步雲、徐一清等，提出召集各校師生協助制止焚搶的辦法。軍政府接受了這個意見，傳集各學堂派人到諮議局一會，不料各教職員中，敢提意見的絕少，結果另組織了一個學生自治團體——省城學生聯合會，推山西大學堂學生萬宗藻、山西農林學堂學生李登瀛為全權總代表，各學堂又自舉本學堂代表各二人，協助兩總代表承辦會中一切事宜，立即著手整頓各學堂伙食，分發學生武裝槍彈，臨晚即傳下巡邏口令，分別到各街站崗，或巡視全街。從此，再沒有焚搶事件。以後，白天開會討論，夜間站崗，習以為常。
這時，軍政府乃出佈告安民。其文曰：
照得本軍起義，恢復大漢江山；
省垣一朝平定，各縣早已均安。
省外府廳州縣，誠恐不免訛傳；
土匪乘機搶劫，業經舉辦民團；
所有村鄉市鎮，一律保護安全。
凡爾士商民等，切勿誤聽謠言；
應當各安生業，得以地方為先。
要知本軍此舉，實與種族有關；
倘敢立意反對，兵到萬難瓦全。
都督 閻錫山
黃帝紀元四千六百零九年
經過幾天的整頓，到11月上旬，秩序完全恢復正常。在北京的同盟會員景梅九等人也應邀回到太原。閻錫山於是命令孔繁霨、仇亮和景梅九等商議正式成立都督府的辦事機構。他們取法湖北軍政府的組織，成立軍政、參謀等部，並確定了各部負責人。其機構和人選為：
軍政部：部長溫壽泉（兼） 副部長馬開崧
參謀部：部長黃國樑 副部長孔繁
軍令部：部長常 樾
政事部：部長景定成（梅九）
財政部：部長曾紀鋼 副部長徐一清
外交部：部長喬義生 副部長李成林
大漢銀行：行長徐一清（兼）
參議部：總參議杜上化
不久，山西軍政府的機關報《山西民報》就出版了，由安邑張起鳳（字翽之）任報館館長，由阮尚賢（鼎南）任主筆，薛篤弼任編輯。該報社論均出自阮尚賢之手。 一出版，即登載《山西討滿洲檄文》，各界人士爭相傳閱，讀誦一時。文中歷數清廷罪惡，號召“凡我同胞，速舉義旗，光復舊物”，並說“倘有助桀為虐，殺之勿赦，檄到如律令！”
秩序安定以後，太原街頭漸漸恢復生氣。軍政府招募和操練新兵，一派激昂慷慨的氣氛。起義城鄉，軍民開始歌唱頌揚辛亥革命的歌曲：
中華開國四千有餘年，神武玄元自古傳，創造指南車，勘定蚩尤亂，世界文明唯有我先；
我武維揚共和民國建，五色國旗遍三關，放開殺人心，抖起英雄膽，不翦仇虜誓不生還。
在安定秩序中起了重要作用的學生巡邏隊，後來因與某奸紳發生爭執，此紳便要求閻錫山收繳槍械，將他們予以解散。同盟會員張起鳳（翽之）、高禎臣、榮炳（子文）、景梅九、郭朗清等聞之，極力反對，遂倡議組織學生軍。閻應允。“學生團代表韓忠極力贊成，學生中之錚錚者，亦願投身軍界，誓死從戎，即集合各學堂學生編製成軍，因志在敢死，故屬之敢死軍協司令部節制。公舉王仁澤任管帶，孔庚（文掀）、何遂（敘甫）、劉越西、倪普香任教練，劉俊英充督隊長，支應遴充第一隊長，郭振淮充第二隊長，韓忠充副官。共學生二百餘名，編為兩隊，八日之間教練熟。” 後因王仁澤與劉俊英意見分歧，改由郭朗清臨時任管帶。
山西軍政府對清政府的舊官吏，採用勸降任用辦法，只要投降就不問罪。布政使王慶平，提法使李盛鐸，勸業道王大貞，提學使駱成驤，太原知府周渤，督練公所總辦姚鴻發等，於起義後均被押往諮議局看管。軍政府辦事機構建立，各項工作稍有頭緒後，這些人均被釋放。後因軍政府不諳民事，政事部長景