敗率退入沔陽湖中，其中也有一批人藏匿於黃梅山裡，準備東山再起。
大元至正十五年二月，劉福通等聖門徒眾，迎立韓林兒為帝，稱為小明王，確立其明王之位，國號宋，建都於毫州，建元龍鳳。
此後三年裡，紅巾軍兵分三路，大舉進攻，東路由水旗令主毛貴率領大軍，連破山東廖州，萊州、莒州、濱州等地。
中路由土旗及金旗令主率軍，首先進擊大名府，之後越過太行山，進入山西，攻下潞州、高平、除州等地。
至於西路軍則由木旗令主李仲賢率大將白不信進窺關中，攻秦隴一帶，不過在進入鳳翔時陷入重圍，潰敗之後，李仲賢聚集舊部，進入蜀境，據成都一地，改扎青巾，自號“青巾軍”。
龍鳳四年二月，水旗令主毛貴所率之東路軍，攻克濟南府，大敗元軍，乘勝揮兵北上，直抵天津，直逼元朝大都北京。
而中路軍也發動攻擊，直取山西、河北，攻下了元朝的上都。五月間，劉福通率火旗令徒眾，統領大軍，攻下了汴梁，於是迎來小明王韓林兒，以汴梁為都城。
至此時，中原地區，差不多有三分之二為紅巾軍所控制，也是聖門勢力最盛的時期。
不過，在這段時期裡，各地的豪強地主，也趁著元朝的統治勢力極度削弱之際，擴充套件各自的勢力範圍，割據一方，紛紛成立所謂的義軍、鄉軍、民軍。
此後數年中，各地的義軍和鄉軍，為了爭奪地盤而爭戰不休，而紅巾軍中則是龍蛇混雜，稍具規模之後，便發生內鬥，爭權奪利之際，聖門開始分裂。
睚十九年八月，最強大的一股元兵部隊，由察罕帖木兒統領，在河南、山東連敗紅巾軍，並且攻破龍鳳政權的都城汴梁。日宗宗主劉福通於城破前，挾小明王突圍，退至安豐一帶。
隔年，南方徐壽輝的紅巾軍發生內訌，倪文俊和徐壽輝不和，率部從漢陽至黃州，結果被部將陳友諒所殺，陳友諒自稱漢王，後來殺徐壽輝，在採石王通廟即帝位，國號大漢，改元大義。
由於陳友諒稱雄於湖廣、江西一帶，故而史稱“陳漢”。
在陳