助百濟驅逐唐兵，是進入朝鮮半島的好機會，於是傾全國之兵渡海作戰，攻取數城，然後直撲百濟舊地。
唐廷也沒大意，急詔右威衛將軍孫仁率近一萬唐兵從海路乘軍船馳援，與劉仁軌會師百濟城，頓時兵士大振。
會師後，劉仁軌以“擒賊擒王”的戰略，會戰倭國水軍於白江口，四戰皆捷，水陸連勝，倭軍幾乎全軍覆沒，倭國勢力勢力退出了朝鮮半島，百濟諸城，皆復歸順。
劉仁軌是中國歷史上第一個戰勝日本侵略軍的將領，也是中國第一個取得海軍大勝的將領。以至於日軍被劉仁軌戰敗後，900多年未曾踏步朝鮮半島。
不過此時劉仁軌還宣告不顯，劉仁軌出身於隋文帝仁壽元年的河南省開封市尉氏縣平民之家，由於隋煬帝楊廣統治殘暴，驕奢荒淫，連年大興土木，並且不斷對外用兵，繁重的徭役、兵役使得田地荒蕪，民不聊生。在這種環境裡，劉仁軌自幼便過著清貧的生活。雖然生活條件很艱苦，但劉仁軌卻能夠“恭謹好學”。從隋大業七年起，各地相繼爆發了大規模的農民起義。戰亂使劉仁軌無法正常謀生，很多時候都是清閒在家中。但劉並沒有將這些寶貴的時間浪費，而是依舊專心學習，“每行坐所在，輒書空地，由是博涉文史。”
唐高祖武德初年，河南道大使，管國公任瑰將曾上表論事，劉仁軌見到草稿後，便提筆改了幾個字，使所奏表章煥然一新。任瑰見到表章後，驚異不已，立即將劉仁軌補息州參軍。不久，又轉任陳倉尉。
劉仁軌到任後，很長時間都默默無聞，直到太宗貞觀十四年十月，才因為一件事情為人所知。
當時陳倉折衝都尉魯寧自恃品秩高，豪縱無禮，無人能止。劉仁軌對其好言相勸，令其不可再犯。可魯寧不但不收斂，反而變本加厲，劉仁軌遂將其投入獄中。魯寧在獄中不期悔改，對劉仁軌橫加謾罵。劉仁軌一怒之下將魯寧亂杖打死。岐州官員見狀，急忙上報朝廷。太宗聞知此事，大怒不已，但還是有點不明白：“是何縣尉，輒殺吾折衝！”
於是將劉仁軌押至長安，當面質問。面對太宗劉仁軌毫無畏懼，神色自若地說：“魯寧對百姓暴虐，辱臣如此，臣實忿而殺之。”
時魏徵在太宗身旁，見劉仁軌處事剛正，便對太宗道：“陛下知隋之所以亡乎？隋末，百姓強而陵官吏，如魯寧之比是也。”
太宗聞後，轉怒為喜，遂提升劉仁軌為櫟陽縣丞。
（）免費電子書下載
隨後，太宗要去同州狩獵，劉仁軌上書進言道：“臣聞屋漏在上，知之者在下；愚夫之計，擇之者聖人。是以周王詢於芻蕘，殷後謀於板築，故得享國彌久，傳祚無疆，功宣清廟，慶流後葉。伏惟陛下天性仁愛，躬親節儉，朝夕克念，百姓為心，一物失所，納隍軫慮。臣伏聞大駕欲幸同州教習，臣伏知四時搜狩，前王恆典，事有沿革，未必因循。今年甘雨應時，秋稼極盛，玄黃亙野，十分才收一二；盡力刈獲，月半猶未訖功；貧家無力，禾下始擬種麥。直據尋常科喚，田家已有所妨。今既供承獵事，兼之修理橋道，縱大簡略，動費一二萬工，百姓收斂，實為狼狽。臣願陛下少留萬乘之恩，垂聽一介之言，退近旬日，收刈總了，則人盡暇豫，家得康寧。輿輪徐動，公私交泰。”
太宗被劉仁軌的奏書所感動，並降璽書表彰了劉仁軌，書中說：“卿職任雖卑，竭誠奉國，所陳之事，朕甚嘉之。”
不久，劉仁軌任新安令，後累遷給事中。
劉仁軌真正發跡，還是在高宗李治一朝的時候，其中最為有名的就是征討高句麗的戰役，雖然這次戰役最為閃耀的將星是薛仁貴等人，然真正要深究起來的話，劉仁軌也是居功至偉。
不過那些都是後話了，就在隨同張亮水軍出征高句麗的時候，劉仁軌還在兵部給事中的位上，數年也不得升遷，然劉仁軌對此卻毫無怨言，於政務上依然兢兢業業。
此時見杜睿居然對自家如此看重，也不禁大為感動，然想到自己如今的處境，卻又是一陣感嘆。
杜睿忙道：“將軍雅量高致，允文允武，何至於蹉跎至今！”
劉仁軌道：“末將不善經營，累次得罪上官，雖有心為國出力，卻無進身之階，此次隨張大人進兵百濟，原指望能一償平生夙願，然~~~~~~~~~”
劉仁軌的話沒有說完，但是杜睿卻已經猜到了，定然是劉仁軌累次進言，張亮卻不肯聽從，以至於兵失戰機，勞而無功。
杜睿道：“我欲使將軍總領水軍，助我破百濟，新羅，不知將軍可