，原來內伊的部隊還在弗拉斯尼斯，根本沒有挪動，而惠靈頓的部隊則已基本上撤出了陣地。拿破崙立即命令所有部隊立即出發，追擊惠靈頓軍。直到下午2時左右，內伊的第一軍才慢騰騰地從後面趕了上來。拿破崙怒氣衝衝，狠狠地斥責了戴爾隆，說他毀了法國。然後，他離開乘坐的馬車，騎上他的阿拉伯名駒，率領兩個騎兵團，朝英荷聯軍的殿後部隊追擊。
這天，天空一直是陰沉沉的。就在拿破崙的騎兵快要追到敵軍殿後部隊時，突然下起了滂沱大雨。大雨遮住了法軍的視線，看不清前面的目標。火啟發射也受到影響。特別是騎兵的行動受到了限制，騎兵只能沿著公路追擊，否則馬匹就會陷到泥濘的耕作地裡，難以奔跑。拿破崙也被淋得像落湯雞一樣，灰大衣淌著雨水，帽子被暴風雨打得不成樣子。半個小時以後，暴風雨停止了。英荷聯軍的殿後部隊儘管跑得丟盔棄甲，狼狽不堪，但終究是成功地撤走了，並在滑鐵盧以南進入主力已佔領的陣地。
拿破崙企圖利用敵人倉促佔領陣地的時機，一舉突破其防禦陣地。他立即下令把4個炮兵連從後面調上來，以火力壓制敵軍，同時，也命令第四騎兵師發起衝擊。但在英軍居高臨下的炮火打擊下，法軍很快敗下陣來。這時拿破崙深深意識到，由於內伊的掉以輕心，行動遲緩，他已經失去了一個良好戰機，今天不可能再發起進攻了。他無限感慨地說：若有神力，能使敵人行軍延遲兩個小時就好了。
17日晚上，拿破崙在李客勞農莊過夜。午夜剛過，他就從床上爬了起來，他特別擔心惠靈頓會趁夜溜走。18日凌晨1時，他就在司令部坐立不住了，在貝特朗將軍的陪同下，踏著泥水，穿過一排排躺在地上宿營計程車兵，走近到敵人的前沿。在淅淅瀝瀝的雨聲中側耳傾聽，判斷敵人有沒有撤走的動靜。他這樣傾聽著，直到東方發白，才返回司令部。
一回到司令部，他就看到了格魯希發來的報告，報告中說一部分普軍已向華費裡方向撤退，其企圖可能是要與惠靈頓軍會合；布呂歇爾率領的主力正向列日方向撤退。拿破崙綜合分析了所有情報，最後斷定：普軍主力正向華費裡集中，企圖與惠靈頓軍會合。上午10時，蘇爾特奉命給格魯希寫信：“皇帝已經接到你從耿布勞斯送來的第一次報告。你只告訴陛下有兩支普軍縱隊，但我們從另外的報告中得知還有第三支也向華費裡方向行動。皇帝命令我告訴你，他正準備進攻滑鐵盧的英軍，陛下希望你也進到華費裡，以便與我們保持接觸，並驅逐在你前方的普軍。”
滑鐵盧決戰就在拿破崙接到格魯希報告之時，惠靈頓也收到了布呂歇爾發自華費裡的信件。布呂歇爾告訴惠靈頓，18日天一亮，他就首先出動由比洛指揮的第四軍，向拿破崙的右翼進攻，皮爾希的第二軍隨後跟進。其餘兩個軍，在做好準備後也隨之前往。布呂歇爾的來信堅定了惠靈頓在滑鐵盧與拿破崙會戰的決心。
滑鐵盧的田野開闊而平整，上面種滿了鬱鬱蔥蔥的莊稼，小麥、大麥、大豆、豌豆、馬鈴薯、蘿蔔等如同一塊綠色的地毯覆蓋著整個大地。另外還有幾塊剛被犁過的田地，兩條大道在田野中交錯著伸向遠方。整個滑鐵盧呈現出一片寧靜、祥和的氣氛。然而，自18日破曉時分起，這裡的寧靜氣氛就再也不存在了，所有的英荷聯軍開始了行動。這塊綠色的平原上到處都是活動著的人群，人們發出的各種聲音彙集在一起，猶如遠方大海的咆哮聲。由於夜裡的一場大雨，軍官和士兵的臉都凍得鐵青，長長的鬍鬚上掛著水珠，衣服上滿是泥漿。
有不少士兵由於疲憊和飢餓，簡直無法站起身子，儘管如此，他們還是努力做著大戰前的各種準備。
惠靈頓把陣地設在布魯塞爾以南約22公里、滑鐵盧以南約3公里處的一片丘陵地帶上，聖傑安山高地為主陣地，從那裡可以俯視整個戰場。陣地右翼的霍高蒙特別墅是惠靈頓防禦的重點，他在這裡使用了英國近衛軍。荷蘭軍和其他盟國的雜牌部隊則被安放在中央和左翼陣地上。在左翼的最外端，配備了英國的騎兵旅。同時，在中央陣地後面，即聖傑安山與前沿陣地之間，保持有比較強大的預備隊，聯軍火炮的大部分都配備在這裡。惠靈頓曾給炮兵作出明確規定：不要理會法軍的炮兵，集中火力直接射擊逐步推進的敵軍步兵和騎兵。
根據聯軍陣地的部署，拿破崙決定集中主力首先突破聯軍防禦薄弱的中央陣地，搶佔聖傑安山，然後向兩翼擴大戰果，將敵人一分為二，各個擊破。為此，拿破崙制定了一個佯攻霍高蒙特別墅以牽制敵軍兵力從而保障中央突破的作戰計劃。