順序的排槍仍被認為是戰無不勝的，而對法軍寬鬆的隊形和比較放任的射擊紀律不屑一顧。普軍對於法國革命後法軍所發展的機動性和戰術彈性簡直毫無所知。普軍的將軍亦多年老保守者，年輕有才幹的人很難有機會破格提升。這些年老保守者一味以菲特烈時的老將自居，妄自驕矜，對新情況，新戰術漠不關心，且又重視排場、形式而不重實效。更為嚴重的是普將之間互不服氣，指揮難以統一，這必將導致行動遲緩，各行其事。所有這些，已預先決定了這場大戰的勝負。
9月25日，拿破崙離開巴黎。3天后，抵達梅因茲。至此，他對敵人的行動、實力及作戰計劃不甚瞭解，他所知道的僅為薩克森和普魯士締結了同盟，他必須對付他們的聯合兵力。法國陸軍對這個新戰場很不熟悉，因此，拿破崙堅持在尚未發動作戰之前應儘量蒐集一切有關地形的情報，他派工兵軍官前去偵察從圖林根森林通往普魯士和薩克森的道路。10月1日，拿破崙寫信給貝爾蒂埃說：“我希望你把曾作道路偵察的工兵軍官留在符茲堡，因為我要親自詢問他們有關地形性質的問題。……在班堡要建立一個麵包製造廠，能供給8萬人4天的口糧。班堡為一切軍事行動的中心。假使我們被豈不得不如此，則我想能在10日前發動進攻。”
實際上，此時的普軍仍未有明確的作戰計劃。9月24日和25日，普軍諸將會於瑙姆堡，商議作戰計劃。霍恩洛厄的意見是：布倫瑞克主力軍團迂迴圖林根山，由法蘭克福方向前進，以一部守備該山；自己率軍越過法蘭肯森林，經拜律寺、班堡前進；呂歇爾軍在右翼遊動，取守勢。總司令布倫瑞克則認為：以霍恩洛厄軍的一個師對付、牽制拜律寺方向的法軍；其餘的師均與主力會合，越過圖林根山，經愛爾富特至維爾茨堡取攻勢，切斷法軍交通線，奇襲其營地；呂歇爾軍則向法蘭克福大道前進，牽制東進的法軍。兩種方案引起了激烈爭論，兩位將軍各執己見，互不相讓。普王見此情景，只好將兩種方案來個折衷，以主力越圖林根山，霍恩洛尼越法蘭肯山，同時進入南德。然而，雙方仍不滿意。這時，又有人提出了第四種方案、第五種方案。命議連續開了10天，仍然沒有得出結果，只好暫時休會。
10月3日，拿破崙來到符茲堡，會見了偵察地形的工兵軍官，布萊門上校就是其中之一。布萊門上校曾冒充薩克森軍官，大搖大擺地透過普魯士防線，他經過柯堡、耶拿、薩爾費德，最後抵達瑙姆堡，為拿破崙帶回了大量重要情報和資料。拿破崙聽取彙報以後，估計敵軍主要展開在耶拿——埃森納赫一線，而且左翼是暴露的，只有一支2000人的小部隊進行掩護。根據這個判斷，拿破崙決定：集中法軍主力於右翼，以繆拉指揮的6個騎兵師為前衛，向拜律寺和霍夫方向實施主要進攻，大膽迂迴普軍左翼；同時，以路易。波拿巴指揮的兵力在法蘭克福方向牽制普軍的行動，並充當法軍的總預備隊。為了實施上述計劃，拿破崙將法軍劃分為左、中、右三路縱隊，分別向前開進。左路為拉納的第五軍、奧熱羅的第普軍，沿科堡、魯多爾施塔特之線開進。中路為貝爾納多特的第一軍、達武的第三軍、近衛軍和騎兵的大部，沿班堡、科堡、珀斯內克之線開進。拿破崙的大本營隨該路行動。右路為蘇爾特的第四軍、內伊的第六軍和巴伐利亞軍，沿安貝克、拜律寺、霍夫之線開進。拿破崙大軍在30英里寬的正面上以三支平行縱隊前進，各軍都處在可以相互支援的距離內。
負責指如右路法軍的第四軍軍長蘇爾特，在這個迂迴普軍左翼的計劃中處於舉足輕重的位置。為了使他對自己的戰略計劃有著精確的瞭解，拿破崙不厭其煩地向他詳細解釋自己的意圖。10月5日，他特意寫了一封信給蘇爾特，信中道：“我要分三路侵入薩克森，……
當你到達霍夫時，其他各縱隊也都會到達與你平行的位置。我通常將在中央縱隊的頭部。以如此巨大優勢的兵力集中在狹窄的正面上，你應能認清我是不允許敵人有任何機會的。不管敵人怎樣部署，我都要以兩倍於他的兵力向他進攻。〃〃我相信騎兵是普魯士陸軍中最可怕的部分，但以你所有的步兵，若能構成方陣，則也就沒什麼可怕了。不過，在戰爭中任何預防措施都是不可疏忽的。在你的各師中務必攜帶3000到5000挖拙工具，以便必要時可以構築防禦陣地，甚至一條壕溝也都是有用的。〃〃假如你所遭遇的敵軍兵力少於30000人，你可以與內伊會合後，再向其作集中攻擊；但假使敵人已據有良好的防禦陣地，則行動必須慎重。到達霍夫之後，你的首要任務是與羅本斯坦、艾貝斯多夫和希萊茲