輩不為國家盡力，是負天矣！郭琥之賢，誠如來教，即召至，面諭以公相知之意。嗟乎，人誠難知，知人亦未易也。（同卷《與薊遼督撫》）
“閣中二老”指李春芳、陳以勤，虞坡是吏部尚書楊博，思齋是兵部尚書霍冀。薊鎮底事情和吏部無涉，但是因為楊博是中樞的軍事專家，當然要聽取他底意見。從一切的佈置裡，看出居正對於繼光，是怎樣地維護。譚綸不便申請，終於由居正用特旨改薊州鎮總兵官為總理練兵事務，兼鎮守。（見萬曆《明會典》卷一二六，《明史·戚繼光傳》不載。）這是隆慶二年的事。居正與譚綸書，稱“但乞諭意戚帥，努力功名以答群望，僕亦與有光焉。”（書牘一《與薊遼總督》）又說“戚帥不知近日舉動何如？折節以下士夫，省文以期實效，坦懷以合暌貳，正己以振威稜，乃渠今日最切務也。相見幸一勉之。”（同卷）其後一般的議論，對於繼光，還是認為人地不宜，居正盡力調護，《與凌參政書》又稱“戚之聲名，雖著於南土，然觀其才智，似亦非泥於一局，而不知變者。且既已被鎮守之命，有封疆之責，豈宜別有注畫乎？今人方以此窺戚之釁，恐不知者又將以為口實也。公如愛戚，惟調適眾情，消弭浮議，使之得少展布，即有裨於國家矣。”（書牘一《答凌參政》）凌參政是凌雲翼，居正底同年進士。繼光鎮守薊州十六年的當中，雖然沒有赫赫的戰績，但是整個的北邊，從此安靜，這是繼光底大功，當然也是居正底大功。
居正對於北邊的關心，真是無微不至。譚綸提議增築敵臺，居正立即答覆：昨議增築敵臺，實設險守要之長策，本兵即擬復行。但據大疏謂一臺須五十人守之，則千臺當五萬人矣。不知此五萬人者，即以擺守者聚而守之乎？抑別有增益乎？聚則乘垣者無人，增則見兵止有此數，不知又當何處也？又四面周廣，才一丈二尺，雖是收頂之式，度其根腳，當亦不過倍此數耳。以五十人周旋於內，一切守禦之具，與士卒衣糧薪水之類，充牣其中，無乃太狹乎？便中仍望見教。（書牘一《又與薊遼總管譚二華》）
關於薊鎮軍糧之事，他又說過：僕近訪得薊鎮軍糧，有關支於一二百里之外者，士卒甚以為苦。夫以數口之家，仰給於一石之粟，支放不時，鬥斛不足，而又使之候支於數百里之外，往返道路，僱倩負戴，費將誰出？是名雖一石，其實不過八九鬥止矣！況近日又有“撫賞”、“採柴”等項名色，頗出其中，如是欲士皆飽食，折衝禦侮，能乎？聞舊制，各區隨在皆有倉口，該官守支。今各倉廒或頗圯壞，而其制猶有，其官猶在，獨不可並廒修理，就近坐派乎？此事不必疏請，但與管糧郎中一計處可也。（書牘一《與薊遼督撫》）
大致因為居正和譚綸關係較深，所以對於薊遼方面的書牘特多；但是對於宣大方面，他並沒有忽略，所以又說：近來邊臣，人思奮勵，而宣、大二鎮，督撫將領，尤為得人。僕以淺薄，謬膺重寄，其於該鎮之事，苦心積慮，雖寢食未嘗忘也。奈何人心不同，議論不一，如馬、趙二帥去歲出塞之功，實數年僅見，即破格優賚，豈足為過？而人猶有議其功微賞厚者！本兵遂慉縮疑畏，而不敢為之主，其掩春防之功，抑王公之請，鹹以是耳！一、二年來，言者率雲“責實，責實”矣，而又不明賞罰以勵之，則人孰肯冒死犯難，為國家用哉？辱教，容與本兵議之。督、撫寬洪持重，王公明達敏練，馬之沈勇，趙之才氣，皆僕素所敬信者。文武輯睦，事乃克濟，不知雲中事體，得如宣鎮否也？（書牘一《與薊鎮巡撫》）
督、撫指宣大總督陳其學，宣府巡撫王遴，馬、趙指宣府總兵馬芳，大同總兵趙岢。本兵即兵部尚書霍冀，“慉縮疑畏”，當然是他一貫的作風。隆慶二年以來，國防的重任，都落在居正底肩頭。也許他想到幾個分擔責任的大臣，但是時機還早，一切還得等待。
隆慶二年十二月，廢遼王憲【火節】。本來隆慶元年，御史陳省彈劾憲【火節】，詔令削去清微忠教真人名號，事情還很簡單。二年巡按御史郜光先再劾憲【火節】十三罪，穆宗派刑部侍郎洪朝選徹查。憲【火節】倘是崇通道教的，不妨等待皇天上帝底保佑，但是他來不及等待，也不敢相信洪侍郎底徹查，有什麼有利的報告。現在他是四十四歲的人了，但是他還年青，他愛遊戲，愛女人，一切的生活，久已戲劇化了，也許他想起《竇娥冤血灑旛竿》這一類的雜劇。“管他呢，”他想，“不妨試一試。”他樹起一面白旗，寫著“訟冤之纛”四個大字。這一來事情便不簡單了。按察副使施篤臣正在江陵，認定遼王造反，立刻調軍遣將，五百個兵士，整整把遼王府圍住，直