隆慶六年十月，一切煩雜的事，都有了頭緒，居正實行派遣大臣巡邊的計劃：第一，兵部左侍郎汪道昆巡視薊、遼；第二，兵部右侍郎吳百朋巡視宣、大、山西三鎮；第三，兵部侍郎協理京營戎政王遴巡視陝西四鎮。這三位都是嘉靖二十六年進士，恰恰是居正底同年。這一次閱視的成績，並不十分完滿，在居正和百朋、王進的私交上，更發生了不小的裂痕。
汪道昆到薊、遼去，事情很簡單。臨去的時候，居正給戚繼光一封信：汪司馬知足下素深，相待之禮，必從優厚，頃已面囑之，然渠亦自不俟囑也。但足下自處，又且務崇謙抑，毋自啟侮。昔李愬屬櫜鍵謁裴度於道，唐史美之。蓋重命使，所以尊朝廷也。司馬此行，於薊甚有關係，幸留意焉。（書牘四《與戚繼光》）
道昆去後，一切很順利；事畢上疏，議額餉，議增設墩臺，都是些例行公事。居正給他去信說：“敷奏明切，文辭粹美，讀之再過，嘆挹彌襟。”（書牘五《答汪司馬南溟》）道昆本來只是一個文人，文人底才能，只有在文辭方面表見；所幸薊遼是譚綸、戚繼光經營的局面，居正沒有什麼不放心。
王遴和居正本不十分融洽，到陝西去後，把巡閱的事情辦妥，不久便告病還鄉，這個當然是有些不滿了，居正去信說：唐虞之世，九官十二牧，師師濟濟，各效其能，豈必人為禹稷，位皆百揆，而後愜於心哉？誠欣於時世之遇也。方今堯舜在上，屬任忠賢，僕躬履貫魚之行，寤寐孜孜，用天下賢者，效之於上。士生於今，義無所逃，以其時則可矣。公乃獨傲然遠引，慨慕巢由，嘲哂禹契，欲自越乎不可逃之分，而背乎不易得之時，此愚蒙之所未譬也。雖然，人各有志，何可相強？聊為道其區區如此，惟高明裁之。（書牘五《與王繼津論君臣之義》）
吳百朋到宣大、山西去的時候，便發生困難。宣大總督王崇古惟恐百朋要來掣肘，百朋底朋友又認為這是一種貶滴，居正無法，只有向雙方解釋；比者奉翰教，薄冗未能隨答，然諸所請者，一一具如尊指，屬所司復行矣。堯山少司馬（吳百朋）行時，已屢囑之雲：“宣大事體，與他鎮不同，北門有寇公，諸無足慮者，歸來但可告成事耳。無煩刻核，徒亂人意。”然此公爽朗闊大，必能成也。（書牘四《答王鑑川》）
辱教，滿紙皆藥石之言，但謂僕驕抗，輕棄天下士，則實未敢，然因此而益加警惕，無不可也。吳堯山奉命閱視宣大，僕數年以來，經營此地，頗費心力，今以託之，屬望匪淺，不知肯為國家措一臂否也？（同卷《答參議吳道南》）
百朋去後，著實做出一番成績。他以（一）糧餉、（二）險隘、（三）兵馬、（四）器械、（五）屯田、（六）鹽法、（七）番馬、（八）逆黨，一共八項考核邊臣。他對於宣大總督王崇古、宣府巡撫吳兌，以及山西總兵郭琥這一群人，都分別指出功過，奏請升黜。同時他對於大同總兵馬芳，嚴重地提出彈劾。他認定馬芳行賄，當然非嚴加懲處不可。百朋是閱視大臣，這一點完全沒有做錯；但是居正是首輔，便不免有無限的遲疑。明代的軍隊，久已是一個腐化的機構，從下層到上層，是層層的剝削。總兵官是最上層的了，他再把剝削所得，分潤京官。科道受賄，兵部受賄，有時大學士也受賄。舞弊貪贓，成為一般的風氣。遇到清明的高階長官，談不到賄賂，總兵官便和長官底家丁聯絡，高階長官也難免受到一些嫌疑。明朝中葉以後，武人在社會中底地位，正在逐日地低落。當他們到兵部領取公文的時候，三軍司命的總兵官，都要長跪，這是奴才，不是長官。他已經取得奴才底身分，那麼和大官底家丁聯絡，也正是恰巧適合，整個國家底命運，付託給這一群人物，不能不算是前途的大慮。居正看到這一點，所以到萬曆元年便有西北邊用書生為將的意念。（書牘五《與王敬所論大政》）書生受的文化陶冶多了，自然會比較地注重名節和操守。這是後話。但是隆慶六年，居正還是遲疑。吳百朋彈劾馬芳的奏摺到了，言官們又在彈劾宣府總兵趙奇，居正只是說：僕與馬、趙，素不識面。異時當國者之家奴，率與邊將結拜，鮮不受其啖者。自僕任事以來，內外隔絕，幸門盡墐，朝房接受公謁，門巷間可張羅，亦無敢有以間語譖言，入於僕之耳者，又何所私庇於人。即此兩人之狡猾無狀，僕豈不知？第以其俱嚄唶宿將，部下又多獷少，代者未必能馭，即有瘢纇，猶可驅策而用之。貢市羈虜，本難久恃，猝有緩急，無可使者，故為保全，徒以為國家耳。土大夫乃獨不諒鄙心，謂之何哉！（書牘五《答薊鎮巡撫言優假將官》）
但是居正保全不得了。吳道南正在