神宗這時還不足十歲，但是居然擔負這樣繁重的課程。他對於張居正，真是十分親近和尊崇。在這一年，居正曾經屢次說到神宗和自己的關係：所幸主上年雖幼衝，聰睿異常，又純心見任，既專且篤，即成王之於周公，恐亦未能如是也。但自愧菲劣，不足以堪之。目前景象，似覺穆清，自今而往，惟當益積悃誠，恆存兢業，恪循軌轍，按轡徐行耳。（書牘四《答兩廣殷石汀》）
幸主上雖在沖年，已具大有為之度，近又日御便殿講讀，因而商榷政事，從容造膝，動息必諮，僕亦得以罄竭忠悃，知無不言，言無不信。（同卷《與王鑑川言虜王貢市》）
近來朝政愈覺清泰，宮闈之內，藹然如春，肅然如冬。主上銳意學問，隆寒不輟，造膝諮訪，史不殫書。（同卷《與河道萬巡撫淪河漕兼及時政》）
隆慶六年十二月，居正進《歷代帝鑑圖說》，自稱：
謹自堯舜以來，有天下之君，撮其善可為法者八十一事，惡可為戒者三十六事。……每一事前，各繪為一圖，後錄傳記本文，而為之直解，附於其後，分為二冊，以辨淑慝。（奏疏三《進帝鑑圖說疏》）
這是一種繪圖立說的故事書，對於不滿十歲的皇帝，不能不認為富有教育意義的著作。神宗在文華殿看到居正捧著這兩冊故事書，快活得站起來，忙教左右把《圖說》揭開，居正從旁指點講解。一次講到漢文帝勞軍細柳的故事，居正說：“皇上應當留意武備。祖宗以武功定天下，如今承平日久，武備日弛，不可不及早講求。”神宗聽到，只是一連地稱“是”。居正把自己整飭武備、抵禦外侮的主張，完全提出。
還有一次關於居正進講的事實，在萬曆四年二月二十九日。這一年神宗十四歲。神宗早些時在習字的時候，進講官寫好太祖底《大寶箴》作為影格，居正看見便說：“這一篇文章和君德治道，都很關切。皇上不僅是摹寫，還要能背誦；不僅是背誦，還要能講解。”
隨後居正進《大寶箴註解》一篇。二十九日神宗在文華殿，召居正到御座面前，自己站起來，高高地舉起《大寶箴》交給居正。居正站著，神宗把全文高聲背誦一遍。背誦以後，居正再行講解，關於《大寶箴》引用的故事，神宗全明白。最後講到“縱心乎湛然之域”一句：“這不過說人應當虛心處事，”神宗說。
居正拱起兩手稱賀說：“正是虛心兩字，可以解釋這一條的意義。人心所以不虛的原故，全是因為私意底混雜。水是最清的，混了泥沙以後，水便不清；鏡是最明的，蒙上灰塵以後，鏡便不明。皇上只要涵養此心，除去私慾，和明鏡、止水一樣，自然好惡刑賞，無不公平，萬事都辦好了。”（奏疏十一《送起居館講大寶箴記事》）
居正對於神宗，正和一位尊嚴的小學教師一樣，利用一切的機會，要把自己底學生，領上理想的境界。他看到小學生正在一步步地跟著自己邁進，心裡感覺到無限的喜悅。然而他忘去學生只是一個人，是人便有人底無限的光精，同樣也有人底必然的缺陷。何況神宗是世宗底孫子，穆宗和李太后底兒子，在他底血管裡，正動盪著倨傲，頹廢，和那委曲遷就，伺機圖逞的血液！
神宗在講官們底教導中，逐日成長了，但是小學教師底眼光裡，只看到一個馴伏聽話的學生。一次神宗朗誦論語的時候，失於檢點地竟把“色勃如也”讀作“色背如也”。在旁站著的居正厲聲說：“應當讀作‘勃’字。”這一下神宗真有些“勃如”，但是居正沒有看到。
性質倔強的人，遇到壓迫的時候，常會感到非常的煩悶，成人如此，小孩子也如此。有時小孩子受到父母和師長底壓迫以後，便對弟妹發作一番；再不然，看到小狗、小貓，也得踢一腳，這是方向的移轉，發作還是發作。神宗對於居正，真是恭敬到萬分，慈聖太后要他這樣，他能不恭敬嗎？還有司禮監馮保呢！這是管理宮內一切事務的人，慈聖太后都聽他底話，自己更得聽話了，神宗稱他“大伴”，連名字都不便提，正和只稱居正為“先生”一樣。小小的心靈，對於“大伴”已是非常地悚敬，何況在文華殿的時候，連“大伴”也肅然地站在那裡，自己能不用心聽話嗎？居正講到國家大事，“大伴”又那樣耳提面命地道：“‘先生’是先帝託孤的忠臣，‘先生’說的話，皇上要得仔細聽啊！”於是居正面上，又蒙上一重特有的莊嚴，神宗馴服得和小羊一樣。
但是神宗常時感到異常的煩悶。十歲的時候，慈慶宮後房毀了，御史胡涍請放歸後宮宮人，內稱“唐高不君，則天為虐”。神宗大怒，要他明白回奏，經過居正再三解釋，胡涍