喬治·梅林在新的南非國防部隊中留任原職，曼德拉總統曾與梅林電話長談40分鐘，令這位白人將軍感慨不已。曼德拉總統不記前嫌，允許前司法部長，曾囚禁過他的科比·庫齊擔任參議院主席，這一決定甚至引起非國大核心小組成員的不滿和憤怒，而曼德拉正是用這種柔德以感人。他認識到，建設新南非需要全體南非人的激情，需要一種新的民族主義，需要各黨派的共同合作。“就拿我們與德克勒克共事這件事來說吧，國民黨犯的罪最大不過了，但是我們還是要同他們合作，我們要忘記過去，因為他們正在為建設新國家作出貢獻。他們過去想把一些人變成鬼，而現在他們在這些人的統治下服務，這就是一種懲罰。”
溫妮·曼德拉也在新政府中供職，她被任命為文藝和科技部副部長。人們不禁提出這樣的問題：她是受到判決的罪犯，而且犯的是一樁非政治罪，為什麼要任命她呢？曼德拉的解釋亦合情合理：“不，無論我們怎樣批評曼德拉夫人，她畢竟作出了可貴的貢獻。在70年代末和80年代，她一度曾是整個國家的號召力量，而且受到了最無恥的迫害。她勇敢地經受了考驗。她發揮了作用，因此有資格擔任那個職務。”至於說到犯罪，曼德拉指出：“在政府中與我們共事的人自己也有受到懲罰的罪行——可鄙的罪行。因此，你必須從民族團結政府的角度考慮她的職務，在這個政府裡有各種手上沾有鮮血的人。”
民族團結和民族統一，這才是至關重要的。和解是為此服務，妥協是為此服務，鬥爭亦是為此服務。數百年的種族歧視和種族隔離制遺留下來的是偏見隔閡與仇恨敵視，期望這些精神因素在一次政權交替中隨之消失既不可能也不現實。同樣，要在多種族的南非確立一種民族精神和一種新的統一意識，這是一項長期的目標，需要幾代人以至幾十代人的共同奮鬥。而這沒有一種寬容的態度是不可能完成的。
同時，曼德拉新政府在一些問題的處理上亦引起了各種不滿和糾紛。一位研究南非問題的專家指出：“以曼德拉為首的全國團結政府，不是盟友合作，而是宿敵之間和解與妥協的產物，其宗旨是協調各個不同利益集團之間的要求，尋找共同接受的治國辦法。”這是很有道理的。在240天的執政期裡，由權力分配產生的各種矛盾，由種族關係引發的各種問題，由勞資關係引起的各種衝突，由安置整編導致的各種騷亂，如此種種，在某種意義上都是難免的。曼德拉在6月份出席的非統國家首腦會議上曾向非洲人發出了一個明確的資訊：我不是救世主。這一資訊也可用於南非本土。
對新政府的要求過高，失望也就更大。早在競選集會時，曼德拉就指出，“不要認為我們贏得大選你們就能得到房子、學校和工作。這需要多年的努力。我們將開始為此而力，但需要一些時間，才能解決你們的問題。”執政200多天來，已有一些等得不耐煩的人開始抱怨，黑人居住區的非法自衛隊拒絕按政府要求解散，社會福利住房的房客不按規定交納房租，無家可歸者私自佔用土地，黑人士兵譁變拒返軍營。所有這一切，對曼德拉政府都是打擊，曼德拉總統都得處理。
由於曼德拉的和解政策，非國大內部亦產生了不同意見。激進派對過多的白人擔任高階職務不滿，黑人參議員思庫克警告曼德拉：“總統先生，請不要忘記您的選民。”約翰內斯堡《星報》專欄作家尼亞齊姆巴則抱怨：“總統如此重視和解，總是迎合白人和商界，並且以犧牲黑人為代價，而黑人曾使他以壓倒多數當選。”當曼德拉以總統身份希望德克勒克副總統領導的國民黨能夠擔任一些議會委員會的主席時，他遭到了自己領導的非國大的反對。很明顯，非國大議員對曼德拉的過分讓步和調和態度深深不滿，而曼德拉總統的理由很明確：“在各級實行民族團結政府的原則已經被我們的人民接受。讓其他政黨擔任一些委員會主席的職務，與貫徹民族團結政府的原則是一致的。”
與此同時，極右分子仍在不斷製造事端，以干擾破壞曼德拉為首的南非新政府的正常執行。11月5日，南非荷蘭新長老會主席、和平戰士約翰·海恩教授在比勒陀利亞住所慘遭殺害，這是繼1993年4月10日南非共產黨書記哈尼遇刺身亡後又一次極右派的政治謀殺案。當時，海恩教授正與兩個活潑可愛的孫子在玩牌。殺手站在距房子6米遠的石板瓦建築材料上透過窗戶用大口徑步槍對著海恩教授的後腦開槍，海恩教授當場中彈身亡。奇怪的是，以亨德里克·維爾容為首的偵察和調查小組沒有發現作案人的腳印和其他痕跡，連子彈和碎片都沒有找到。警方發現的唯一罪證是黃銅子彈