明“此後當一意做人，以求懺悔居京數年墮落之罪”（《致甲寅雜誌記者》）。《懺悔錄》就是在這種背景下寫就的，因而整篇文字給人以沉重的壓抑之感。
黃遠生：懺悔中的精神昇華大時代中的知識人也許是對剛剛經歷的一幕感觸過深，黃遠生一開首即訴說自我的不幸分裂：“似乎一身，分為二截：其一為傀儡，即吾本身，另自有人撮弄，作諸動作；其一乃他人之眼光，偶然瞥見此種種撮弄，時為作嘔。”（《懺悔錄》，以下凡引此文不再註明）“為傀儡”的自我是異化了的“非我”，而猶如“他人之眼光”在一邊冷眼旁觀的自我才是“本我”，不由為“非我”在強權者的“種種撮弄”下被迫“作諸動作”而“時為作嘔”。然而倘若從真正的“他人之眼光”看來，可作觀照的，並以此作價值評判的形象只能是那個外在的“非我”，而他的真實靈魂、那個內在的“本我”卻是無從體察的。這正是黃遠生的悲哀所在。他不得不承認自己靈魂雖存，卻早已成為軀殼之囚犯：“吾身如一獄卒，將此靈魂，囚置於暗室之中，不復能動，真宰之用全失。”
這是一重東方式的靈與肉衝突：靈者，獨立人格之靈魂也；肉者，個體生存之肉體也。人格與生存，在東方專制主義的嚴苛環境下，往往是熊掌與魚不可兼得：你欲維護社會之正義、人格之尊嚴，就得時刻準備著付出生命的代價；而你欲苟全自己的肉體，就最好乖乖地交出那顆惹是生非的靈魂。近代中國知識分子多少年來所面臨的就是如此嚴峻到近乎殘酷的現實抉擇。像魯迅那樣徹底超脫了生的執著的“特立獨行”之士畢竟罕見，自甘墮落的行屍走肉之輩亦屬少數，更多的知識分子則企求在靈魂與肉體、正義與生存之間保持一種適度的張力，尋得某種微妙的平衡。用一位近代人士的話說起來，叫做“外圓內方”。遠生起初也未嘗沒有類似的想法。然而入世愈深，距離政治旋渦愈近，他就悲哀地發現，靈與肉的衝突並非是那麼容易調和的。圓得過多，妥協過多，日積月累，就會漸漸地在內心中失去方正。在不自覺中“魂為軀役”。他不無失望地將人的一生比作“蓋如由平地而漸入隧道，蜿蜒曲折，漸由光明而入於黑暗，其先光明，漸漸熹微，漸漸微黑，漸漸真黑，最後墮落，達於極地”。
黃遠生：懺悔中的精神昇華（2）
如果說在“墮落”中靈魂就此死去，倒也一了百了，斷了病根，然而偏偏是“魂實未死”，“魂為軀役”，這就強烈地感觸到雙重自我的分裂痛楚。對此苦境，黃遠生有一段逼真的描述：
方其（指靈魂——引者注）梏置之初，猶若檻獸羈禽，騰跳奔兀，必欲衝出藩籬，復其故所，歸其自由。耗矣哀哉，牢籠之力大，抵抗之力小，百端衝突，皆屬無效。梏置既久，遂亦安之。此所謂安，非真能安。盲不忘視，跛不忘履，則時時從獄隙之中，稍翼須臾，窺見天光。慘哉天平，不窺則已，一窺則動見吾身種種所為，皆不可耐，恨不能宰割之，棒逐之。綜之，恨不能即死。質言之，即不堪其良心苛責而已。
從這段若非身歷其境、決無可能寫得這般觸目驚心的文字中，我們可以窺見在自我分裂的知識分子內心深處，煎熬著兩重焦慮。一重是壓抑焦慮。“本我”為“非我”所囚禁，欲出不得，欲抗不能，猶如遠生在另一處所感嘆的：“夫人生之最慘，莫慘於良心之所不欲言者，而以他故不能不言，良心之所急於傾吐者，而乃不得盡言，而身死或族滅乃次之。”（《少年中國之自白》）中國計程車大夫是重生、愛國的，然而良心的被壓抑竟被視作比“身死或族滅”更為殘酷，足見那是何等深沉的哀痛！另一重是道德焦慮。“非我”對“本我”的衝動阻抗得愈厲害，後者對前者的良心審判也就愈嚴峻，作用力與反作用力相等的物理學原理在這裡也是顯而易見的。“非我”那種種“皆不可耐”的醜陋形象，在“本我”看來，“恨不能宰割之，棒逐之”。不過既然它自身的自由亦不可復得，又何來“棒逐”“非我”的力量？徒有在道義上宣判後者的死刑而已。這反過來卻在已有的焦慮之上又疊加了一層新的焦慮，使人格主體輾轉在“恨不能即死”的極度苦痛之中。黃遠生的友人林志鈞說過，遠生卻“沒有盧梭的膽力，又沒有托爾斯泰的宗教信仰，所以他格外苦”（《遠生遺署》林序）。
一般人的神經很難能夠長久忍受得了這種精神折磨，於是苦難者會不由自主地去尋求徹底的解脫。黃遠生說，他們的人格演變趨向大致可分以下三途，其一，“魂以瘐死，一死不可復活，自此以後，永永墮落”，成為“人頭而畜鳴者”。對死亡威脅的過分恐懼，“非我”對“