就在貝·布托遇襲身亡之時，一連串大大的問號就開始擺在了人們的面前：是誰殺害了貝·布托？誰是行兇者？誰又是幕後黑手？
圍繞這一連串問號，人們首先想到的是“基地”組織、塔利班武裝分子。事實上，巴基斯坦政府也給出了這樣的答案：巴基斯坦內政部發言人賈韋德？奇瑪在暗殺事件發生的第二天就對媒體說，有證據顯示，“基地”組織策劃暗殺了貝·布托。
奇瑪說，巴基斯坦情報部門監聽到的“基地”組織高階領導人馬哈蘇德與一名武裝分子在貝·布托被暗殺次日的電話對話。內容顯示，馬哈蘇德是暗殺行動的幕後黑手。奇瑪說，近期發生在巴基斯坦的大部分襲擊事件都與馬哈蘇德有關，其中包括貝·布托１０月１８日從國外返回巴基斯坦當晚遭到的爆炸襲擊事件。
巴基斯坦政府的懷疑不無道理。在巴基斯坦，馬哈蘇德可謂是臭名昭著，雙手不知沾滿了多少人的鮮血。他主要活動在巴基斯坦南瓦濟里斯坦部落地區，一直被巴基斯坦政府通緝。因此，他自然被列為頭號懷疑物件。
法新社還神通廣大地從巴基斯坦內政部搞到了那次電話記錄，不過對話已從普什圖語譯為烏爾都語。
大毛拉薩希卜：首領，你好嗎？
馬哈蘇德：我很好。
大毛拉：祝賀你，我夜裡剛回來。
馬哈蘇德：祝賀你，他們是我們的人嗎？
大毛拉：對，是我們的人。
馬哈蘇德：他們是誰？
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