他到也順杆而上，立了個旗杆，上書四字：奉旨填詞。把皇帝老兒一通調笑，結果在皇權並不如後世莊嚴的宋朝，竟然也無人管他。
待朱元璋立國之後，農民出身的他立志要復漢官之威儀，盡去胡風。其實他心胸狹隘，不能容人。是以那胡人當庭打人屁股的廷仗之刑卻是留了下來，其餘的陋習陳規也不能盡數。到偏生與妓院為難，下了旨意，並官員及儒士不得狎妓浪遊，若有違反，其罪不小。到了明末，這一禁令雖然名存實亡，官員們卻仍是不得其便，已是以狎妓之事為恥了。明末之時，到是有一些文人騷客與一些勾欄中志向高潔，才華出眾，出汙泥而不染的名妓相與交結，如此這般幾回下來，秦準河畔十里歡場之名，早就是聲動天下。
此時的秦準尚沒有後世聞名的秦準八豔，顧眉才七八剛年紀，李香君也不過十歲出頭，其餘陳圓圓、卞玉京、董小宛、寇湄亦都不到破瓜年紀，並不曾出來應承客人，是以豔名不播，時人並不知曉。
孫元化自從火器局近半的器械工匠搬來南京之後，他身為主管，自然也是隨行而來。他在臺灣住的久了，已是頗為習慣，原本是一動不如一靜，並不想再行搬遷，卻是上命不由人，也只得攜家帶口，全數搬來。好在宅院傢俱都是官府為他準備停當，一切到也便利。時日不多，他便與原本的南京舊識同僚相與來往，卻是比在臺灣時熱鬧許多。
這日響午，他的授業恩師徐光啟自上海縣趕來南京，主持天主教會在南京新設教堂之事。孫元化一則是他的愛徒，二來亦是入教之人，自然是義不容辭，隨著老師鞍前馬後跑了半天，待一切儀式完成，已是疲累之極。到是老師興致頗佳，晚上約了幾個世家通好的子弟，便在這秦準河畔擺下酒席，宴請感謝他們在教堂一事上的相助之情。
這孫元化生性不拘小節，各人來此煙花柳巷之地都是精心打扮一番，或風流儒雅，或富貴華麗，總之要教人一見之下，便是大為傾心。此時這花船內酒桌旁早就坐滿應邀前來的名人雅士，唯獨他身著舊袍，腳著一雙百納布鞋，就這麼搖搖擺擺沿著踏板上船而來。
正文 第六十五章 治平（七）
各人正看的發笑，他衣袍不整也就罷了，偏生頭髮也是亂七八遭，枯黃分岔且又攏的飄散，額角上已是有幾縷頭髮散落下來，看起來又是滑稽，又是不雅。
那座上不但有原明朝的內閣大學士、禮部尚書徐光啟，尚有去年辭官歸鄉的原太僕寺卿李之藻，光祿卿李天經等人。這幾人都是最早一批與徐光啟一起入教的明朝大臣，有名的才學之士。都是孫元化的師執長輩，當著這些人，孫元化身為徐光啟的入室大弟子，卻也把平素裡那狂放不羈的模樣收斂幾分，進得船上，先行向各人躬身施上一禮，挨個問好，聽得徐光啟吩咐了，這才躬身坐下。
徐光啟此時鬚髮皆白，已是七十二歲高齡的老人，行動起來顫顫危危，顯然已是風燭殘年，時日無多。他原本因對崇禎心灰意冷，諸多西學的著述和建言全然無人理睬，只是指著他帶著一群弟子夥著幾個洋人教士為朝廷鑄炮罷了。然則炮鑄的再多，體制上出了毛病的明朝卻顯是一日不如一日。因身體孱弱，精力不濟，再加上請募葡萄牙人為兵，前往遼東操炮一事半途而廢，對他的打擊甚大。諸多不順之後，這老頭兒便決意辭官不幹，一心回家頤養天年，就此不問外事。
他與西人傳教士利馬竇合作翻譯的《幾何原本》、《測量法義》、《測量異同》及《勾股義》等西學從馬，在明朝士林中根本無人問及。士大夫好不容易皓首窮經，少說了死記硬背苦讀了十幾年甚至幾十年的四書五經，待考中進士，光耀門楣之後，一心只想著熬資格，往上爬，研究的是做官的學問，想的是拍馬屁的要旨，誰有心思弄他這些不經的繁雜之學？至於皇帝對他，一則要他鑄炮，二來要借他的天文學知識編定曆法罷了，是以他不但對皇帝和政局失望，就是對西學傳播中國一事，亦是灰心絕望之極。
前兩年聞得張偉在臺灣提倡西學之後，他便以賦閒之身，親赴當時還是大明龍虎將軍，寧南候張偉治下的臺灣。諸多考較之後，雖不肯見張偉的面，卻是對他治下的臺灣滿意之極。及得看到臺灣使用的西學課本教材其中正有他翻譯的書籍，那些年青學子一個個認真向學，絲毫沒有內地士大夫世家子弟的那種迂腐沉氣，欣喜之餘，卻又留下《農政全書》六十卷，分農本、田制、水利、蠶桑、牧養、荒政等十二門類，流傳臺灣，使得全臺上下得其多年的農墾漁林學問之利，卻也是令他心懷大暢之事了。
到了張偉攻下南京，不到一年