除了以上的八大部門外，總督府會議還表決透過了不少分支機構的劃分。
比如，掛靠在軍部下的軍情處；目前還只存在了一個構想的松江—天南聯合銀行；以及陳武準備用來取代登州商會聯盟的東南商業聯合會。
甘興的軍情處就不用說了，隨著這次全軍全系統的整編和改革，也會迎來一次大範圍的擴充。至於松江—天南聯合銀行，是陳武預想中將來的中央銀行，掌握鑄幣權。東南商業聯合會的設立目的更是昭然若揭，把兩郡地方上的商業勢力統合起來，納入官方管理，而不是讓他們自行組成類似登州商會聯盟這樣極具威脅的組織。
當然，名義上陳武不會這麼說，而是打著政府統一協調、指導，同時給各方商會和商人們一個官方的接觸、交流平臺。而事實上，這個尚未設立的、具有官方背景的商業聯合會，也的確兼具了促進兩郡商業發展的目的。
它將跟內政署的一些政策聯動，代替政府行使部分類似宏觀市場調控的功能。
就目前而言，很多參與總督府會議的文武官員們，都還沒有完全領會陳武這般設計的用意。他們的視線，更多的放在傳統的內政、財政等部門機構上。如果陳武已經決定任命人選，那也就罷了。若是還在考慮，或者打算徵詢眾人意見，那參與會議的部分原登州官員們，就少不得要爭一爭了。
在兩天會議的最後，幾個主要部門的人事任命也逐漸出爐。
行政署的署長，目前還沒有太好的人選，暫且空缺。事實上，關於一些重要的人事任命。現階段陳武是準備親力為之的。畢竟，他知道很多現在默默無聞、不久後就會聲名鵲起的傑出人才，這是其他人所不具備的優勢。
副手位置的話。陳武任命了一名原登州的官員王昌協助自己。在穿越前，很多玩家對他風評不錯。據說是為人剛正不阿，識人的眼光也不錯，倒是很適合行政方面的管理。
內政署的署長，最終不出意外落到了袁興韋的頭上。
對這個職位，袁興韋多少有一點心理準備，但真正被任命後，還是忍不住大為激動。先前擔任錢伯明幕僚的時候，袁興韋雖然也能插手一郡的事務。但畢竟只是一個幕僚，有建議權，沒有實施能力。現在，他得到了一個可以親自管理兩郡內政的機會。
雖說這個權力被限制了，不如帝國的內政大臣那麼大，但對一年多以前還是天牢中階下囚的他來說，已經不可能奢望更多了<script type="text/javascript">reads();</script>。
回想起自己當初果斷抓住機會，裡應外合投靠陳武的決定，袁興韋就不由得暗暗得意，搖起了摺扇。
內政署的副署長。則由原松江郡的內政署署長季英瑞擔任。
平心而論，原本在這個職位上，季英瑞做的還算不錯。除了偶爾有海寇侵襲外。松江整體而言還是帝國東南的一片樂土。正是因為這點，儘管季英瑞是前總督尉遲昌的心腹，但在對方表達了投靠的意味後，陳武還是決定用人不疑。
從另一角度講，給予季英瑞這樣一個重要的位置，也能安撫松江本地投降官員們的心。
對於季英瑞來說，從原本的署長變成副長，看上去地位似乎低了，頭上多了一個上司。但事實上。袁興韋這個署長總管松江和天南兩郡的內政。具體到松江本地，季英瑞仍舊有著極大的權利。若是將來太平軍有機會繼續擴張。那他的地位只會更重要，等於是明降暗升！
何況。身為一個降臣，季英瑞能撈到這個位置已經很滿意了。
他本來想的是，陳武在拿下登州後不久就會直接把自己換下來，另行任命心腹擔任呢。
至於財政署的人事，合適的官員同樣沒有。
原本的松江財政署長丁****雖然有些才能，但為人貪財，陳武實在不敢任用這樣的官員。只能先暫且空缺，並任命石賢謙擔任副手。
在這之前，石賢謙就一直有協助袁興韋管理太平軍的財務，因此對這個工作並不陌生。
戰備署的署長，則是給了馬偉澤。
這個人早在太平軍的沂城時就跟隨陳武了，分管的也正是輜重營和匠造局。雖然一直沒有什麼起眼的表現，但勤勤懇懇，沒功勞也有苦勞。考慮到一直以來，太平軍的後勤沒出現什麼大問題，這個位置給他算是合情合理的酬功。
然而，初步任命完了這些主要的機構後，剩餘的幾個部門，比如文教署、新聞發行署和工部，陳武就實在找不到合適的人