請晉安王以太宰承製，又遣長史謝哲奉箋勸進。十二月，晉安王至自尋陽，入居朝堂，給高祖班劍二十人。四年五月，齊送貞陽侯深明還主社稷，王僧辯納之，即位，改元曰天成，以晉安王為皇太子。初，齊之請納貞陽也，高祖以為不可，遣使詣僧辯苦爭之，往返數四，僧辯竟不從。高祖居常憤嘆，密謂所親曰：“武皇雖磐石之宗，遠布四海，至於克雪仇恥，寧濟艱難，唯孝元而已，功業茂盛，前代未聞。我與王公俱受重寄，語未絕音，聲猶在耳，豈期一旦便有異圖。嗣主高祖之孫，元皇之子，海內屬目，天下宅心，竟有何辜，坐致廢黜，遠求夷狄，假立非次，觀其此情，亦可知矣。”乃密具袍數千領，及錦彩金銀，以為賞賜之具。九月壬寅，高祖召徐度、侯安都、周文育等謀之，仍部列將士，分賞金帛，水陸俱進。是夜發南徐謅討王僧辯。甲辰，高祖步軍至石頭前，遣勇士自城北逾入。時僧辯方視事，外白有兵。俄而兵自內出，僧辯遽走，與其第三子頠相遇，俱出閣，左右尚數十人，苦戰。高祖大兵尋至，僧辯眾寡不敵，走登城南門樓。高祖因風縱火，僧辯窮迫，乃就擒。是夜縊僧辯及頠。丙午，貞陽侯遜位，百僚奉晉安王上表勸進。十月己酉，晉安王即位，改承聖四年為紹泰元年。壬子，詔授高祖侍中、大都督中外諸軍事、車騎將軍、揚南徐二州刺史，持節、司空、班劍、鼓吹並如故。仍詔高祖甲仗百人，出入殿省。
震州刺史杜龕據吳興，與義興太守韋載同舉兵反。高祖命周文育率眾攻載於義興，龕遣其從弟北叟將兵拒戰，北叟敗歸義興。辛未，高祖表自東討，留高州刺史侯安都、石州刺史杜稜宿衛臺省。甲戌，軍至義興。丙子，拔其水柵。秦州刺史徐嗣徽據其城以入齊，又要南豫州刺史任約共舉兵應龕、載，齊人資其兵食。嗣徽等以京師空虛，率精兵五千奄至闕下，侯安都領驍勇五百人出戰，嗣徽等退據石頭。丁丑，載及北叟來降，高祖撫而釋之。以嗣徽寇逼，卷甲還都，命周文育進討杜龕。十一月己卯，齊遣兵五千濟渡據姑孰。高祖命合州刺史徐度於冶城寺立柵，南抵淮渚。齊又遣安州刺史翟子崇、楚州刺史劉仕榮、淮州刺史柳達摩領兵萬人，於胡墅渡米粟三萬石、馬千匹，入於石頭。癸未，高祖遣侯安都領水軍夜襲胡墅，燒齊船千餘艘，周鐵虎率舟師斷齊運輸，擒其北徐州刺史張領州，獲運舫米數千石。仍遣韋載於大航築城，使杜稜據守。齊人又於倉門水南立二柵以拒官軍。甲辰，嗣徽等攻冶城柵，高祖領鐵騎精甲，出自西明門襲擊之，賊眾大潰。嗣徽留柳達摩等守城，自率親屬腹心，往南州採石，以迎齊援。十二月癸丑，高祖遣侯安都領舟師，襲嗣徽家口於秦州，俘獲數百人。官軍連艦塞淮口，斷賊水路。先是太白自十一月丙戌不見。乙卯出於東方。丙辰，高祖盡命眾軍分部甲卒，對冶城立航渡兵，攻其水南二柵。柳達摩等渡淮置陣，高祖督兵疾戰，縱火燒柵，煙塵張天。賊潰，爭舟相排擠，溺死者以千數。時百姓夾淮觀戰，呼聲震天地。軍士乘勝，無不一當百，盡收其船艦，賊軍懾氣。是日嗣徽、約等領齊兵水步萬餘人，還據石頭，高祖遣兵往江寧。據要險以斷賊路。賊水步不敢進，頓江寧浦口，高祖遣侯安都領水軍襲破之，嗣徽等乘單舸脫走，盡收其軍資器械。己未，官軍四面攻城，自辰訖酉，得其東北小城，及夜兵不解。庚申，達摩遣使侯子欽、劉仕榮等詣高祖請和，高祖許之，乃於城門外刑牲盟約，其將士部曲一無所問，恣其南北。辛酉，高祖出石頭南門，陳兵數萬，送齊人歸北者。
壬戌，齊和州長史烏丸遠自南州奔還歷陽。江寧令陳嗣、黃門侍郎曹朗據姑孰反，高祖命侯安都、徐度等討平之，斬首數千級，聚為京觀。石頭、採石、南州悉平，收穫馬仗船米不可勝計。是月杜龕以城降。二年正月癸未，誅杜龕於吳興，龕從弟北叟、司馬沈孝敦並賜死。
二月庚申，高祖遣侯安都、周鐵虎率舸艦備江州，仍頓梁山起柵。甲子，敕司空有軍旅之事，可騎馬出入城內。戊辰，前寧遠石城公外兵參軍王位於石頭沙際獲玉璽四紐，高祖表以送臺。
三月戊戌，齊遣水軍儀同蕭軌、厙狄伏連、堯難宗、東方老、侍中裴英起、東廣州刺史獨孤辟惡、洛州刺史李希光，並任約、徐嗣徽等，率眾十萬出柵口，向梁山，帳內蕩主黃叢逆擊，敗之，燒其前軍船艦，齊頓軍保蕪湖。高祖遣定州史沈泰、吳郡太守裴忌就侯安都，共據梁山以御之。
自去冬至是，甘露頻降於鐘山、梅崗、南澗及京口、江寧縣境，或至三數升，大如弈棋子，高祖表以獻臺。
四月丁巳，高祖詣梁山軍巡撫。五月甲申，齊兵發自蕪湖，丙