下獄，論戍。
八月甲戌，洪承疇敗賊於甘泉，賊首白廣恩降。甲申，朱大典督軍救萊州，前鋒參將祖寬敗賊於沙河。乙酉，萊州圍解。癸巳，官軍大敗孔有德於黃縣，進圍登州。九月丁酉，海賊劉香寇福建。是秋，陝西賊入山西，連陷大寧、澤州、壽陽，分部走河北，犯懷慶，陷修武。冬十一月戊戌，劉香寇浙江。
六年春正月癸卯，曹文詔節制山、陝諸將討賊。丁未，副將左良玉破賊於涉縣，賊走林縣山中，饑民爭附之。庚申，遣使分督直省逋賦。是月，曹文詔擊山西賊，屢敗之。二月壬申，削左副都御史王志道籍。癸酉，流賊犯畿南。戊子，總兵官陳洪範等克登州水城。辛卯，孔有德遁入海，山東平。三月癸巳，敕曹文詔諸將限三月平賊。夏四月己巳，免延安、慶陽、平涼新舊遼餉。壬申，總兵官鄧、左良玉剿河南賊。五月乙巳，太監陳大金等分監曹文詔、張應昌、左良玉、鄧軍。壬子，孔有德及其黨耿仲明等航海降於我大清。癸丑，河套部犯寧夏，總兵官賀虎臣戰沒。六月辛酉朔，太監高起潛監視寧、錦兵餉。乙丑，鄭以偉卒。庚辰，周延儒致仕。甲申，延綏副將李卑援剿河南。庚寅，太監張彝憲請催逋賦一千七百餘萬，給事中範淑泰諫，不聽。秋七月甲辰，大清兵取旅順，總兵官黃龍死之。癸丑，改曹文詔鎮大同，山西巡撫都御史許鼎臣請留文詔剿賊，不許。八月己巳，曹文詔敗賊於濟源，又敗之於懷慶。九月庚戌，南京禮部侍郎錢士升為禮部尚書兼東閣大學士，預機務。冬十月戊辰，徐光啟卒。十一月癸巳，禮部侍郎王應熊、何吾騶俱禮部尚書兼東閣大學士，預機務。辛亥，詔保定、河南、山西會兵剿賊。壬子，賊渡河。乙卯，陷澠池。十二月，連陷伊陽、盧氏，分犯南陽、汝寧，遂逼湖廣。是年，安南入貢。
七年春正月己丑，廣鹿島副將尚可喜降於我大清。設河南、山、陝、川、湖五省總督，以延綏巡撫陳奇瑜兼兵部侍郎為之。庚寅，總兵官張應昌渡河，敗賊於靈寶。壬辰，賊自鄖陽渡漢。癸巳，犯襄陽，連陷紫陽、平利、白河，南入四川。二月戊寅，陷夔州，大寧諸縣皆失守。甲申，耕田。乙酉，張獻忠突商、雒，凡十三營流入漢南。是月，振登、萊飢，蠲逋賦。三月丁亥朔，日有食之。
甲辰，賜劉理順等進士及第、出身有差。乙巳，張應昌擊賊於五嶺山，敗績。庚戌，賊自四川走湖廣，副將楊世恩追敗之於石河口。山西自去年不雨至於是月，民大飢。夏四月，賊自湖廣走盧氏、靈寶。癸酉，發帑振陝西、山西飢。五月丙申，副將賀人龍等敗賊於藍田。六月辛未，總督侍郎陳奇瑜、鄖陽撫治都御史盧象升會師於上津，剿湖廣賊。甲戌，河決沛縣。是夏，官軍圍高迎祥、李自成諸賊於興安之車箱峽兩月。賊食盡，偽降。陳奇瑜受之，縱出險。復叛，陷所過州縣。張應昌自清水追賊，敗績。秋七月壬辰，大清兵入上方堡，至宣府。乙未，詔總兵官陳洪範守居庸，巡撫保定都御史丁魁楚等守紫荊、雁門。辛丑，京師戒嚴。庚戌，大清兵克保安，沿邊諸城堡多不守。八月，分遣總兵官尤世威等援邊。
戊辰，宣大總督侍郎張宗衡節制各鎮援兵。閏月甲申，賊陷隆德、固原，參議陸夢龍赴援，敗沒。丁亥，大清兵克萬全左衛。庚寅，旋師出塞。壬寅，李自成圍賀人龍於隴州。九月庚申，盔甲廠災。庚辰，洪承疇解隴州圍。甲戌，以賊聚陝西，詔河南兵入潼、華，湖廣兵入商、雒，四川兵由興、漢，山西兵出蒲州、韓城，合剿。冬十月庚戌，湖廣兵援漢中，副將楊正芳戰死。十一月庚辰，逮陳奇瑜下獄，論戍。乙酉，洪承疇兼攝五省軍務。是冬，陝西賊分犯湖廣、河南，李自成陷陳州。是年，暹羅入貢。
八年春正月乙卯，賊陷上蔡，連陷汜水、滎陽、固始。己未，洪承疇出關討賊。辛酉，張獻忠陷潁州。丙寅，陷鳳陽，焚皇陵樓殿，留守朱國相等戰死。壬申，徐州援兵至鳳陽。張獻忠犯廬州，尋陷廬江、無為。李自成走歸德，與羅汝才復入陝西。二月，張獻忠陷潛山、羅田、太湖、新蔡，應天巡撫都御史張國維御卻之。甲午，以皇陵失守，逮總督漕運尚書楊一鵬下獄，尋棄市。丁酉，總兵官鄧敗賊於羅山。是月，曹文詔敗賊於隨州。夏四月，張獻忠復走漢中，犯平涼、鳳翔。丁亥，鄭芝龍擊敗海賊劉香，香自殺，眾悉降。辛卯，洪承疇會師於汝州，分部諸將防豫、楚要害。乙巳，川兵變於樊城，鄧自殺。丙午，洪承疇西還，駐師靈寶。五月乙亥，吳宗達致仕。六月己丑，官軍遇賊於亂馬川，敗績。壬辰，副將艾萬年、柳國鎮擊李自成於寧州之襄樂，戰沒。丙午，曹文詔追賊至真寧之湫頭鎮，遇伏，力戰