丁亥，總兵官滿桂入援。己丑，吏部侍郎成基命為禮部尚書兼東閣大學士，預機務。召前大學士孫承宗為兵部尚書中極殿大學士，視師通州。辛卯，袁崇煥入援，次薊州。戊子，宣、大、保定兵相繼入援。徵天下鎮巡官勤王。辛丑，大清兵薄德勝門。甲辰，召袁崇煥等於平臺，崇煥請入城休兵，不許。下兵部尚書王洽於獄。十二月辛亥朔，再召袁崇煥於平臺，下錦衣衛獄。甲寅，總兵官祖大壽兵潰，東出關。乙卯，孫承宗移駐山海關。
庚申，諭廷臣進馬。丁卯，遣中官趨滿桂出戰，桂及前總兵官孫祖壽俱戰歿。總兵官馬世龍總理援軍。壬申，錢龍錫罷。癸酉，山西援兵潰於良鄉。丁丑，禮部侍郎周延儒、尚書何如寵、侍郎錢象坤俱禮部尚書兼東閣大學士，預機務。
三年春正月甲申，大清兵克永平，副使鄭國昌、知府張鳳奇等死之。丙戌，瘞城外戰士骸。戊子，大清兵克灤州。庚寅，逮總督薊遼都御史劉策下獄，論死。
乙未，禁抄傳邊報。韓致仕。壬寅，兵部右侍郎劉之綸敗沒於遵化。是月，陝西諸路總兵官吳自勉等帥師入衛，延綏、甘肅兵潰西去，與群寇合。二月庚申，立皇長子慈為皇太子，大赦。三月壬午，李標緻仕。戊申，流賊犯山西。夏四月乙卯，以久旱，齋居文華殿，諭百官修省。丁丑，流賊陷蒲縣。五月辛卯，馬世龍、祖大壽諸軍入灤州。壬辰，大清兵東歸，永平、遷安、遵化相繼復。六月癸丑，流賊王嘉胤陷府谷，米脂賊張獻忠聚眾應之。己未，授宋儒邵雍後裔《五經》博士。辛酉，禮部尚書溫體仁、吳宗達併兼東閣大學士，預機務。秋八月癸亥，殺袁崇煥。九月己卯，逮錢龍錫下獄。冬十月癸亥，停刑。丙寅，巡撫延綏副都御史洪承疇、總兵官杜文煥敗賊張獻忠於清澗。十一月壬辰，破賊於懷寧。甲午，山西總兵官王國樑追賊於河曲，敗績。十二月乙巳朔，增田賦充餉。
戊午，流賊陷寧塞。是年，烏斯藏入貢。
四年春正月己卯，流賊陷保安。丁酉，御史吳振延綏饑民。己亥，召對內閣、九卿、科道及入覲兩司官於文華殿。命都察院嚴核巡按御史。二月壬子，流賊圍慶陽，分兵陷合水。三月丁丑，副將張應昌等擊敗之，慶陽圍解。癸未，總督陝西三邊軍務侍郎楊鶴招撫流賊於寧州，群賊偽降，尋復叛。己丑，賜陳於泰等進士及第、出身有差。夏四月庚戌，禱雨。辛酉，詔廷臣條時政。是月，延綏副將曹文詔擊賊於河曲，王嘉胤敗死。五月甲戌朔，步禱於南郊。庚辰，戍錢龍錫。六月丁未，錢象坤致仕。秋七月甲戌，總兵官王際恩敗賊於州，降賊首上天龍。八月癸卯，總兵官賀虎臣擊斬賊劉六於慶陽。丁未，大清兵圍祖大壽於大凌城。丙辰，何如寵致仕。九月庚辰，內臣王應朝、鄧希詔等監視關、寧、薊鎮兵糧及各邊撫賞。甲午，逮楊鶴下獄，論戍。洪承疇總督三邊軍務。丁酉，太監張彝憲總理戶、工二部錢糧，給事中宋可久等相繼諫，不聽。戊戌，山海總兵官宋偉等援大凌，敗於長山，監軍太僕少卿張春被執。冬十月辛丑朔，日有食之。
戊辰，祖大壽殺副將何可綱。己巳，大壽自大凌脫歸，入錦州。十一月丙戌，太監李奇茂監視陝西茶馬，吳直監視登島兵糧、海禁，群臣合疏諫，不聽。壬辰，孫承宗致仕。癸巳，召對廷臣於文華殿，歷詢軍國諸務。語及內臣，帝曰：“諸臣若實心任事，朕亦何需此輩。”己亥，流賊羅汝才犯山西。閏月乙丑，陝西降賊復叛，陷甘泉，殺參政張允登。丁卯，登州遊擊孔有德率師援遼，次吳橋反，陷陵縣，連陷臨邑、商河、齊東，屠新城。十二月丙子，濟南官軍御賊於阮城店，敗績。丁丑，以大凌築城招釁奪孫承宗官。是冬，延安、慶陽大雪，民飢，盜賊益熾。
五年春正月辛丑，孔有德陷登州，遊擊陳良謨戰死，總兵官張可大死之。巡撫都御史孫元化、副使宋光蘭等被執，尋縱還。辛亥，孔有德陷黃縣。丙寅，總兵官楊御蕃、王洪率師討孔有德，敗績於新城鎮。二月己巳朔，孔有德圍萊州，巡撫都御史徐從治固守。辛巳，孔有德陷平度。三月壬寅，兵部侍郎劉宇烈督理山東軍務，討孔有德。夏四月甲戌，劉宇烈敗績於沙河。癸未，徐從治中傷卒。
是月，總兵官曹文詔、楊嘉謨連破賊於隴安、靜寧，賊奔水落城，平涼、莊浪饑民附之，勢復熾。五月丙午，參政朱大典為僉都御史，巡撫山東。辛亥，禮部尚書鄭以偉、徐光啟併兼東閣大學士，預機務。六月，京師大雨水。壬申，河決孟津。秋七月辛丑，太監曹化淳提督京營戎政。癸卯，孔有德偽降，誘執登萊巡撫都御史謝璉，萊州知府朱萬年死之。己未，孫元化棄市。逮劉宇烈