反的事，他幾乎承不住這個打擊。不管李賢認為他是哪個母親的兒子，但他都是自己的兒子。他偏愛這個聰明機智、身體強壯的兒子，由李賢接替他的皇位，他死也能瞑目了。他看出武后處理這件事的情緒是不想放過李賢的，但是他不能讓李賢死。所以，他只好拖著病重的身子去找皇后。
他看到皇后因過份氣急而泛紅的臉，遲疑地說：“真的沒想到……但是，你打算怎麼處置賢兒？”武后看著重病的李治，也有些遲慮，但還是堅定地說：“為人子懷逆謀，天地所不容；大義滅親，何可救也”高宗以為皇后要處死太子，激動地說：“但，但是賢兒是你的兒子啊”武后知道了丈夫的意思後說：“你不必說了，詔書按照我的意思派人起草了，李賢將被廢為庶人，流放巴州。他從此不再是太子，也不再是我的兒子了……”，武后說地這裡已是淚流滿面，接著說：“從小咱們那麼愛他，賺了個謀反的結果，現在不加懲罰，以後會怎麼樣？後世又怎樣看待我們”
八月甲子，詔書下達：太子賢廢為庶人，流放巴州。從此，一個聰明機智，滿可繼位的李賢，因縱情放欲被押解囚於蜀地巴州，再敢沒能離開那悶熱潮溼的地方。直到他32歲死在那裡，又到神龍二年（706年），又重開墓室，遷回長安，安葬於高宗和武則天合葬的乾陵，陪伴著他地下的父親和母親。唐中宗追封他為章懷太子，他的陵墓也被稱為章懷太子墓。
在李賢被押回長安，離開洛陽那天，同他一起縱慾的黨羽，全被斬殺。最先被拉出問斬的，是李賢變成寵愛的那個戶奴趙道生。
在太子*起出的那數百套兵器，盡數運到洛陽的洛河南天津橋邊焚燬＇《唐會要？儲君》，卷第42頁。＇。這是燒給老百姓看的，也是燒給那些敢於企圖謀反的人看的。
太子洗馬劉訥言為李賢特撰的《俳諧集》也被搜了出來。太宗一見怒髮衝冠地說：“以六經教人，猶恐不化，乃進俳諧鄙說，豈輔導之意也”於是把劉訥言流放到海南島最南端的振州。高政向李賢散佈謠言，鼓動他仇視皇后，罪不容誅，但造謠蠱惑畢竟不犯死刑，加上他是皇親國戚，高宗就把個交給其父、高士廉之子高真行管教。而高真行一怒之下，用私刑把高政弄死。而且殺得特別慘烈：高政剛進門，高真行把早已準備好佩刀刺進喉嚨裡，因他在左衛將軍，刀法一定很好的。高政的伯父戶部侍郎高審行也拿刀剌他的肚子；高政的侄子畢竟年輕力大，跑上前把他頭砍下來，氣得直扔到大路上。高宗聽了這件事很生氣，把高真行貶為睦州刺史，高審行貶為渝州刺史＇《資治通鑑》，卷202，永隆元年八月。＇。
那些未獲罪的太子*屬官們，一個個高興得手舞足蹈，唯右庶子李義琰引咎哭泣，認為太子遭到如此下場，全是自己的責任，被時人美譽。
被守舊大臣期望的太子賢，卻讓當今皇上和皇后廢掉了，當時誰的心裡都不好受。然而，那些守舊的大臣們卻又對準武則天大加議論。以為是她故意捏造太子的犯罪事實，廢太子，為她的取得執政權搬開攔路石。唯有薛元超、裴炎等人無話可說。因為太子案由他們一手辦下，太子的無德等情確是實情，內幕清楚。
武則天一直遭到非議，她已經習慣了被人議論，既無所謂，也無可奈。為緩和一下氣氛，也是安慰病重的高宗，她上表高宗，免除了杞王李上金和鄱陽王李素節的罪行，以上金為沔州刺史，素節為嶽州史。（李上金是後宮楊氏所生，封杞王，後因犯罪被免官，禁於澧州。李素節是蕭淑妃生，幼時為高宗喜愛封雍王，後淑妃失寵，被貶為申州刺史，降封鄱陽郡王，軟禁於袁州。）義陽、宣城二公主被武后指婚給下級衛士官，也被放於外地。武后也請高宗下詔召回，封給官職。如此一做，議論稍為平息。
在廢棄李賢的第二天，即永隆元年（680年）八月乙丑日，立英王李哲為皇太子（即位時改李哲為李顯），改調露年號為永隆，太赦天下。陰謀和恐怖的血腥。
自李賢被廢，立李哲為太子後，唐廷的暫告停息。此後，高宗皇帝又活過三年零四個月的最後時光。
這三年發生在唐宮和李治家庭間的較大事情，是李治和武則天的小女兒太平公主出嫁。太平公主生於麟德元年（公元664年），到開耀元年（681年）七月嫁人，她是十七週歲。太平公主的性格同二哥李賢相近，但她更似母親，酷似母親武則天。她自幼聰明敏銳，學習經史過目成誦，年齡少長就多謀善斷。她活潑開朗、大大方方，敢想敢為，不願受人約束。
因唐朝風氣開放，加上武則天的關係，太平公主