降旨整飭紀律，自亂陣腳。如今外敵已退，自然可以動手了。
當然，這也要怪劉璈太不知趣，稟請左宗棠在所借的洋款內撥發一百萬兩，辦理臺灣善後，而且派委員到福州坐提。劉銘傳得到訊息，一個電報打到北洋，隨即轉到京裡。醇王得報大怒。辦海軍要錢、修三海要錢、南漕預備恢復河運，治理運河要錢，而臺南各地未經兵燹，並且劉璈徑收厘金，絕少接濟劉銘傳，庫中應有大筆款子，居然還要在借來的洋款中，提取百萬之數，簡直是毫無心肝了。
因此，發了一道電旨，嚴飭左宗棠不準擅發。這還罷了，壞的是還有一段告誡的文字：“左宗棠到閩後，每於調人差委，未經奏明，輒行派往，殊屬非是。嗣後遇有用人撥款等事，務當先行奏報，候旨遵行；不得再涉輕率，致幹專擅之咎！”接著又有一道電旨，命左宗棠和楊昌濬，查明所借洋款，還剩多少？“迅奏候旨，不得輕率撥用。”一葉落而知天下秋，明明見得左宗棠的簾眷已衰。
於是劉銘傳不客氣下手了，以“奸商吞匿厘金，道員通同作弊”的理由，運用福建巡撫的權力，將劉璈撤任查辦，同時飛章入奏。
手段雖狠，卻還是試探，所以對劉璈只是“撤任”。朝廷復旨：“著即撤任，聽候查辦”，是充分支援的表示，那就更可以放心大膽地窮追猛砍了。劉銘傳緊接著便又狠狠參了劉璈一本，指他“貪汙狡詐，不受節制，劣跡多端。開單列款，請革職查辦。”
結果，不僅“革職查辦”，竟是“革職查抄”。軍機處承旨，連發兩道“廷寄”，一道給劉銘傳：“劉璈革職拿問，交劉銘傳派員妥為看守，聽候欽派大臣，到閩查辦。”劉璈在任所的資財，責成劉銘傳派廉幹委員，嚴密查抄。一道是給湖南巡撫，張佩綸的第二位老丈人卞寶第，去抄劉璈在原籍的家。
此外還有一道明發：“命刑部尚書錫珍，馳驛前往江蘇，會同衛榮光查辦事件。”向來欽差大員查辦要案，多用假地名隱飾，明明是往四川，偏說到湖北，象這樣的障眼法，原是瞞不住人的，明眼人一望而知是查辦劉璈。
左宗棠當然要展開反擊，上奏攻訐劉銘傳棄基隆的詳細情形，指他喪師辱國之罪，過於徐延旭、唐炯。不想碰了個大釘子，所奉到的復旨是：“劉銘傳倉猝赴臺，兵單糧絀，雖失基隆，尚能勉支危局，功過自不相掩。該大臣輒謂其‘罪遠過徐延旭、唐炯’實屬意存周內，擬於不倫。左宗棠著傳旨申飭，原折擲還。”
臥疾的左宗棠，受此羞辱，病勢劇變，不能不再一次奏請開缺。當然，一道溫旨是少不了的，準他交卸欽差大臣的差使，不必拘定假期，儘管回湖南安心靜養。又恭維他“夙著勳勤，於吏治戎機，久深閱歷。如有所見，隨時奏聞，用備採擇。”同時叮囑：病體稍痊，立刻回京當他的大學士。
這道惓惓於老臣的溫諭，寄到福州，左宗棠神明已衰，無從感念聖恩了。延到七月二十七子時，一瞑不視，當時由福州將軍穆圖善、閩浙總督楊昌濬會銜出奏。奏摺慢，電報快，福建營務處電致北洋衙門，到第二天中午，京裡就得到訊息了。
這是意外，然而亦非意外。左宗棠到了福建，諸事不甚順手，他雖以諸葛武侯自命，只是“鞠躬盡瘁，死而後已”的志節，或者差相彷彿，但寧靜致遠的修養卻差得多。由於對法軍只好“望洋興嘆”，抑鬱難宣，因而肝火極旺，終於神智昏昏，經常在喊：“娃子們，出隊！”左右亦就順著他的話敷衍。這些情形，京中亦有所聞，料知他不久人世了。
不過不管怎麼樣，他總是國家的元勳，慈禧太后一向優禮老臣，自然傷感。而醇王回想左宗棠入京之初，氣味相投，論公，保他以大學士管理神機營；論私，以親王之尊，待以上賓之禮，並坐攝影，賦詩相贈。誰知這樣的交誼，竟致不終！回首前塵，真所謂“感不絕於予心”，同時也覺得助李攻左，不免愧對故人。
因此，左宗棠的飾終之典極優。雖不如曾國藩，卻遠過於官文和沈葆楨。官文追贈太保，左宗棠追贈太傅；官文入祀賢良祠，左宗棠入祀昭忠祠、賢良祠，並準在原籍及立功省份建立專祠。諡法就更不相同了，官文諡文恭，這個恭字只對謹飭馴順的大臣用得著，不算美諡，而且於左宗棠的為人亦不稱。
因此，擬諡便費周章。諡典照例由禮部奏準後，行文內閣撰擬，由侍讀二人，專司其事。照規則，凡第一字可以諡文的，只須擬八個字，由大學士選定四個字，奏請圈定。一二品大員，如果是翰林出身，照例得諡文字，但當到大學士，雖不來自翰苑，亦得諡文，因此舉人出身