8月下旬，他飛往奧馬哈的戰略空軍司令部聽取政府安排的情況彙報。他幾乎立即便看出來，他得不到關於蘇美導彈和轟炸機實力的全面的絕密材料。肯尼迪多少有點生氣地堅持認為，他過去僅僅作為參議院外交委員會的一個成員，所獲得的情報就比現在還多，如果空軍那麼傲慢，那麼到明年撥款時他決不會忘懷這件事。
當肯尼迪和麥克納馬拉就職時，他們首次審閱了國家情報估計報告，發現估計報告不只是一種而是幾種。就軍事情報代表而言，這些估計報告很可能同他們各自代表的軍種的戰略觀點和職責是一致的。例如，空軍對蘇聯導彈當時情況的估計遠比海軍的估計為高。正在他們謀求得到較好的答案的時候，國防部長——他對華盛頓新聞界的危險還是陌生的——卻在一次介紹背景情況的記者招待會上結結巴巴地解釋不清“導彈差距”的含意，這就對於他是否認為不存在這種差距這件事引起了一場新的爭論。但在夏末，局面就明朗化了。
1961年的新估計確實表明，我們在當時可用的彈道導彈“差距”從純數量方面來說，蘇聯是佔上風的，但是同我們的轟炸機力量相比，雙方的遠端導彈數量都太少了，因此這類。差距“並不具有重大的軍事意義。可是就連這種估計後來也改低了，而肯尼迪政府著手建立起的軍事力量也有助於保證往後不會再出現這種差距。
民防
1960年，肯尼迪在“導彈差距”問題上犯錯誤的原因是，公眾對於他真誠地估計偏高的導彈差距危機知道得太少和太遲了（甚至已經肯定情況確鑿）。不過，1961年他在民防方面所犯的錯誤卻在於（甚至在他的計劃確定之前）公眾對於他有充分理由加以低估的一種危險知道得太多、太快了。
同他平日和作為總統時的大部分觀點不同，約翰·肯尼迪在民防方面的觀點形成得太快了。據我所知，他當參議員或總統候選人時都不曾談及這個問題。他在總統就職演說或國情諮文演說中也沒有提到這個問題。他在3月28日發表的國防諮文中也忽視了這個問題，儘管這篇諮文的重心集中在大陸防務上。斷斷續續的、不可靠的報告傳來，說蘇聯正在著手實行一個廣泛的預防放射性塵埃的掩蔽體計劃，但這並沒有觸動這個問題。
總統也沒有被他的民防動員局局長弗蘭克·埃利斯的熱情主張所打動。埃利斯在路易斯安那州對肯尼迪作出了有效的政治支援之後，終於被安排在民防動員局的工作上。他指望使這項工作變得更有意義，公開要求取得比肯尼迪分配給他的更多的經費，並且拚命想方設法使公眾注意民防的重要性。總統在聽到埃利斯打算飛赴羅馬，謀求獲得羅馬教皇的一份證明書，支援他的在所有教堂的地下室設定預防放射性塵埃的掩蔽所的計劃時，婉言指出，在這時刻去打擾羅馬教皇將是失策的。
但是更嚴重的錯誤還在此後。常有人說，肯尼迪作出推進民防工作的決定，是柏林危機引起的。事實上，這項決定是在4月間的豬灣事件和5月間他發表的第二篇國情諮文之間痛苦地進行重新估價的五週內所作出的。白宮班子的成員卡爾·凱森的一份調查報告明確指出，當前的努力是以過時的概念為基礎的，民防預算是一種浪費，美國要末認真地大膽面對這個問題，要末就忘掉它。然而忘掉這個問題是不合乎約翰·肯尼迪的本性的。正視這個問題是同他希望向國會發出的民防工作的迫切性有所增長的警告一致的。他當總統的職責不允許他在保護我們作戰武器的同時，忽視對人類生命的保護。他並沒有預料會發生進攻，但他始終認識到逐步升級、估計錯誤或突發戰爭的危險性。他也沒有不注意這一事實，即當時看來最可能在1964年成為他的競選對手的紐約州州長納爾遜·洛克菲勒，正在批評肯尼迪政府在民防方面的“自滿情緒”，他所用的話正如肯尼迪前幾年用於“導彈差距”上的措辭一樣。
因此，他在5月25日向國會發表的演說要求設定掩蔽所，作為防禦放射性塵埃的危害的一種新的“生存保險”。他把民防工作的管轄權由埃利斯手裡移交給麥克納馬拉，這部分是由於要使政府的組織工作更為有效。他們兩人就移交條件進行了長期而困難的磋商，雖然在我協助下由預算局作了調停，但到總統發表這篇演說時，磋商尚未結束。埃利斯只願意將掩蔽所計劃移交給國防部，而麥克納馬拉則希望要末擔負全部責任，要末不負任何責任。為了使這兩人都同意肯尼迪宣告中的語言，我對總統諮文的這一部分慎重地斟酌詞句，使人看上去多少有點模稜兩可：“我正在把這個計劃的責任委派給……國防部長。”他們兩人各自認