道地的，他首先要求中央情報局局長就正在探討的形勢提供情報摘要，然後請國務卿提出他的建議，最後把問題向國防部和其他一些部攤開。
有時，肯尼迪在國家安全委員會全體會議上作出一些次要的決定，或者“裝做”作出實際上早就決定了的比較重要的決定。出席會議的人數一般總保持在大大低於前幾屆政府的水準上，但仍然大大超出法定的要求。他強烈地主張所有重要的決定應在只有少數人參加的會議上作出，往往他只同他打算向其傳達決定的那個官員一起討論決定。“我們每週平均同國務卿、國防部長、麥喬治·邦迪、中央情報局局長和副總統等開三四次會議，”肯尼迪在1961年說，“而人數大得多的國家安全委員會的正式會議，卻不那麼有成效。如果有較多的一夥人在場，要決定涉及高度機密的國家安全的問題是比較困難的。”
在出現一次危機的期間或者在危機以後，總統在一段短暫的時間內總比較定期地召開國家安全委員會會議，部分原因是把它作為記錄下所有負責官員的意見的一種手段，但是主要是為了制止外界的