長來監督所有外事機構。他放棄了由內閣和國家安全委員會象公司董事會那樣集體作出決定的慣例。他廢除了白宮班子的會議和每週的內閣會議的做法。他廢除了白宮班子的金字塔式結構，還廢除了總統助理謝爾曼·亞當斯式的職務、白宮班子秘書、內閣秘書處、國家安全委員會的計劃委員會和行動協調委員會等。所有這些，在肯尼迪看來都不過是在總統和負責官員之間沒有必要地強加上的一些文牘工作和機構。他廢除了幾十個部際委員會，那些機構的專職是就一些過時的問題提出成批的建議。他對那些沖淡和分散了他的權力的組織體系圖和指揮系統是不大重視的。他對委員會一致透過的建議並不感覺興趣，因為這些建議把達成最低限度妥協的選擇方案都窒息了。
相反地，他依靠非正式的會議和直接的聯絡——依靠總統個人的白宮工作班子、預算局和特別工作小組來為他的決策進行調查和說明問題——依靠總統的特使和總統經常的電話聯絡和備忘錄——依靠把自己人安排在各個戰略據點上。特別是在1961年，特別是在一些國家安全事務上，他把直接負責的或者具有第一手材料的低階官員或專家召到白宮去商談或打電話給他們。當有人對這種做法提出問題時，肯尼迪說，“總統不能管理一個部門”，但是他至少可以起到促進的作用。……政府中有一種普遍的傾向，就是讓公文在辦公桌上擱的時間太長了。……總統的作用之一就是設法使公文運轉得快一點。否則天塌下來的時候，你也只好等著。
有個記者把艾森豪威爾和肯尼迪在取得協調動作方面的方法比作橄欖球和籃球之間的差異。艾森豪威爾的做法是靠定期的戰術磋商和嚴格的分工，而在肯尼迪的政府中，則所有的成員都在不斷地行動。
肯尼迪也召開戰術磋商會議，但是僅僅在必要時才召開，而且也只請必要的人參加會，即那些他需要聽取其正式觀點的人，或那些他希望聽取其非正式意見的人。對此，他根本不拘禮節，也不問是否有此先例。雖然與會者由於議題不同而經常更動，但並不是隨便湊合的。在召開討論對外政策的會議上，麥喬治·邦迪負責確保不漏掉一個有關的負責官員，不漏掉一個有關的觀點。而在召開討論內政事務的會議上，我則力圖做到這一點。例如，如果沃爾特·赫勒和喬治·鮑爾希望就國際收支問題與總統會晤，我就設法保證狄龍接到參加會議的邀請。總統本人平易近人的作風，以及他堅持非但和各部首腦接觸也和他們的下屬接觸一事，使他決不至於得不到中肯的意見或批評，而在關鍵性的最初幾個月中，他和他的內閣成員都改進了使用各種渠道和使各種決定密切配合的能力。但是肯尼迪始終沒有改變他的看法；即任何規模大於其必要性的會議，其靈活性和機密程度都比較小，而且也不那麼易於解決問題。
因此，除了少數例外，他召集內閣會議僅僅是因為“我想我們應該開一次會了——自從上次會議以後，已經過了幾星期了”。並且，除了難得的幾次以外，這種會議總使他感到厭煩。在這種會議上，他不象過去羅斯福總統那樣，去同內閣成員們談笑，徵求他們在政治上的意見，建議他們自動提出各種問題來，或者在討論時請他們一個個發表意見。肯尼迪在這種場合是難得想這樣做的。
在肯尼迪的內閣會議上，沒有作出過任何重要的決定，也沒有認真討論過幾項重要的議題，特別是在外交事務方面。內閣作為一個整體召開會議，大半是作為一種象徵，它僅僅是提供情況，而不是討論磋商，是幫助促進各種聯絡渠道的暢通，是幫助保持內閣成員的團結精神並避免使肯尼迪受到廢除內閣的指責。在會上，沒有高階辯論，沒有經過精心推敲的說明，也沒有預先分發的檔案。
肯尼迪主要依靠他的內閣成員，而並不依靠作為一個組織的內閣。與此相反，他認為……內閣全體會議……是沒有必要的，難免浪費時間。……內閣官員處理的所有這些問題全是非常專門的。我每星期都會見全體內閣官員，但是我們不召開全體會議。花一個上午討論郵政局的預算，卻纏住了農業部長弗里曼，這實在是沒有多大益處的，農業部長有他自己的職責。……如果問題牽涉到勞工管理，那末對我來說，與商業部長霍奇斯和勞工部長戈德堡會商會更好些。我認為我們將會發現我們的內閣比過去任何內閣都重要，可是內閣會議卻並不重要。
國家安全委員會的大型的正式會議也和這種情況差不太多，它們專門處理外交事務。麥喬治·邦迪總準備一份比較有意義的議事日程，事先還分發檔案，總統對這樣的會議總比較感興趣點。他主持這種會議是十分