六年，出為龍州刺史。時有負笈遊學者，妥皆為講說教授之。又為《刺史箴》，勒於州門外。在職三年，以疾請還，詔許之。復知學事。
時上方使蘇夔在太常參議鐘律，夔有所建議，朝士多從之。妥獨不同，每言夔之短。帝下其議，群臣多排妥。妥覆上封事，指陳得失，大抵論時政損益，並指斥當世朋黨。於是蘇威及吏部尚書盧愷、侍郎薛道衡等皆坐得罪。除伊州刺史，不行。尋為國子祭酒，卒官。諡曰肅。
撰《周易講疏》三卷、《孝經義疏》二卷、《莊子義疏》四卷。與沈重等撰《三十六科鬼神感應等大義》九卷、《封禪書》一卷、《樂要》一卷、文集十卷，並行於世。
於時學士之自江南來者，蕭該、包愷並知名。
蕭該，蘭陵人。梁鄱陽王恢之孫，少封攸侯。荊州平，與何妥同至長安。性篤學，《詩》、《書》、《春秋》、《禮記》並通大義，尤精《漢書》，甚為貴遊所禮。開皇初，賜爵山陰縣公，拜國子博士。奉詔與妥正定經史。然各執所見，遞相是非，久而不能就。上譴而罷之。該後撰《漢書》及《文選音義