過的論點，即波蘭人將認為這是對他們民族尊嚴的侮辱。在給丘吉爾的覆電中，斯大林說對米科拉伊奇克的反對意見可以收回，如果他公開宣告接受雅爾塔宣言並贊成在波蘇之間建立友好關係的話。
羅斯福同意丘吉爾的意見，認為他們應聯名給斯大林一個答覆。然而，就在起草這個答覆時，羅斯福在1945年4月12日去世了。準備讓他簽署的那個覆文，後來經過討論，作了某些修改，由新任總統杜魯門和丘吉爾同意並簽字後，於4月18日以他們兩人的名義發給了斯大林。他們在覆文中說，希望糾正斯大林對英美政策的錯誤印象，他們否認斯大林所說的美英政府要求允許委員會每個成員邀請數額不限的波蘭人。他們提到羅斯福曾建議過，作為第一步，先邀請少數幾個波蘭領袖；他們對斯大林說，真正的問題在於華沙臨時政府是否有權否決候選人。雅爾塔宣言中肯定沒有提到這樣的權利。他們覺得，俄國人似乎正在退回到雅爾塔討論開始時關於波蘭問題的立場上去。
同時，舊金山會議在有關波蘭代表權的問題上發生了節外生枝的糾紛。3月5日，報界獲悉，會議既不向波蘭流亡政府也不向華沙臨時政府發出邀請。3月12日，波蘭流亡政府發出了抗議照會，並於3月14日進一步由切哈諾夫斯基向斯退丁紐斯提出口頭抗議。切哈諾夫斯基被告知說，打算等波蘭民族團結政府按照雅爾塔宣言成立之後向它發出邀請。3月21日，英國外交部政務次官在下院作了同樣的答覆。
另一方面，有人千方百計想要把華沙臨時政府請到舊金山來代表波蘭。3月9日，蘇聯駐華盛頓大使向國務院遞交一份照會，建議如果雅爾塔的決定未及在舊金山會議召開前完全實現，應邀請臨時政府的成員。接著，華沙政府於3月22日向四個發起國（美、英、蘇、中）送了一份照會，敦促它們“以目前行使著職權的波蘭共和國臨時政府作為波蘭代表”予以邀請；3月31日塔斯社又發表了一個公報，聲稱蘇聯政府盼望對方早日答覆他們3月9日的照會。同一天，斯退丁紐斯遞交了答覆。他再次表示他的政府希望波蘭民族團結臨時政府能按照雅爾塔宣言的規定早日成立，以便能及時向它發出邀請；但他說，鑑於莫斯科委員會正在進行協商，他的政府不準備邀請華沙臨時政府。
（三）波蘭地下政權領袖的被捕
華沙起義結束時，博爾…科莫羅夫斯基將軍在向德國人投降之前，把波蘭國家軍的領導大權委託給了奧庫利茨基上校，奧庫利茨基上校偕同少數經過挑選的軍官和幾位沒有暴露身分的波蘭地下政權的高階政治領袖，偷越了華沙周圍的德軍防線，並且在俄國人“解放”波蘭後，仍秘密地留在波蘭。鑑於蘇聯對待國家軍部隊的那種做法，特別是在曾經是“兩次大戰之間的波蘭”的東部地區的做法，那些在俄國人防線後面成立的游擊隊當中，有些人對佔領該地的紅軍抱敵對態度，那是很自然的；在1944年最後幾個月和1945年初，俄國人和華沙臨時政府不時抱怨說，流亡政府領導下的部隊在紅軍後方採取敵對行動。正是根據這個理由，在雅爾塔會議之前的若干星期中，波蘭地下政權的領袖被指責為奸細和叛徒；也正是在波蘭國內的這種氣氛下，米科拉伊奇克在雅爾塔會議之前建議在華沙舉行一次波蘭地下政權領袖會議，作為建立一個代表一切民主人士的政府的第一步。他自己後來說，在他辭職以後，波蘭民族團結會議的成員對以阿爾齊謝夫斯基為首的倫敦流亡政府感到不滿了，於是他們自己主動採取步驟想同俄國人達成一項解決辦法。1945年2月末，他們開始同俄國人會談；對方告訴他們，蘇聯當局迫切希望各種地下政治力量公開出來，以便能被“吸收到獨立的波蘭民主力量的整個潮流中去”。這些會談是在莫斯科委員會審議的同時進行的。
俄國人逮捕十六名波蘭地下政權領袖的情況，是不清楚的。副總理揚科夫斯基在3月初接到一個名叫皮緬諾夫的紅軍上校的書面邀請，請他去出席地下政權的代表和白俄羅斯第一方面軍司令朱可夫元帥的代表伊凡諾夫上將之間的會晤，以討論尚待解決的一些問題。揚科夫斯基得到美、英兩國政府的鼓勵和流亡政府的批准，但他們都建議他要小心從事。從3月17日到27日，在華沙郊外舉行了以揚科夫斯基和波蘭地下政權的其他領導人為一方，以皮緬諾夫上校為另一方的預備性會談。皮緬諾夫要求澄清地下領袖們的態度和將來的打算，雙方交換了政治觀點。皮緬諾夫顯然使揚科夫斯基相信，他是得到朱可夫的授權的，於是就決定在下週開始正式談判。波蘭領袖們同意暴露自己的身分，俄國人