求供應食物和原料的任務中，儘量壯著膽子拖延時間。但是象雷克託承認的那樣，他們對日本軍隊沒有控制權，日本軍隊繼續為所欲為，同時，他們對居住在菲律賓的日本居民也幾乎沒有控制權，儘管日本居民在名義上是在菲律賓當局的管轄之下。
塞班島失守後，東條倒臺，美國軍隊向菲律賓進逼。這時，洛雷爾和他的同僚更加大膽了。據說，洛雷爾鼓勵警察隊背棄日本人，投到抵抗運動方面去；警察隊中的大部分人果然這樣做了。雷克託自己在1944年6 月20日給村田以及日軍參謀長和地將軍去信。這封信表面上是解釋為什麼菲律賓人一般說來缺乏合作精神，實質上它長篇大論地譴責了日本軍隊的作為，並間接表明，在這種情況下，獨立僅僅是一個謊言。雷克託說，如果一個普通菲律賓公民“遭到歧視，受到傲慢和殘忍的對待，被趕出家門而無任何其他地方可去，他的財產被沒收而沒有得到他認為合理的賠償，這種情況逼得他走投無路，那麼，他自然就對共和國失去信心，對日本人抱有怨恨。”受過教育的階級，就更能“明辨事實和宣傳，真誠和虛假”。接下去，雷克託就列舉了日本人的暴行：打耳光，當眾鞭打，把人綁在柱於上在太陽底下曬，有人往往為報私仇而去告發別人，致使被告發者受到處決，以及因個別人的抗日行動而使整批人或住在附近的人都受到懲罰。他說，所有這一切，在共和國成立後並沒有減少。甚至把政府的高階官員任意逮捕起來，而總統對此一無所知。過去政府說服人民相信日本要使菲律賓獨立是真心誠意的，但以上這一切使得政府的這些勸說都歸無效。
所有這些對日本人來說一定是極端不合胃口的。他們對洛雷爾和他的同僚不願意向美國和英國宣戰一事，更為惱火。儘管黑田將軍公開告誡，日本控制下的報紙也經常反覆講到這個問題，但洛雷爾儘量堅持這個觀點：菲律賓群島只希望維持自己的獨立，只要不遭到襲擊，它就不打。可能他象印度支那的德古一樣，也在希望日本在別處被打敗，從而被迫撤出菲律賓群島。如果他這樣想的話，他的美夢很快就破滅了。1944年8 、9 月間，菲津賓開始遭到美國飛機的空襲。日本人要求洛雷爾把這看作是攻擊，要他發出拖延已久的宣戰。事實上，在9 月23日他被迫這樣做了。據說人他曾要求羅哈斯給他出主意，說日本人要他在四十八小時內發出宣戰通告，並威脅說，如果他不這樣做，他們就要把他處決，而由貝尼諾·拉莫斯繼任他的職位。根據這一敘述，羅哈斯勸他順從，但是避免召開國民大會，根據1943年的憲法，必須在國民大會中得到四分之三的多數同意，宣戰才能成為合法。羅哈斯告誡代表們不要出席大會；日本人從一百四十個成員中只不過收到二十三票支援宣戰。同時，洛雷爾繼續避免制定徵兵法。新加坡的征服者山下奉文將軍於1944年秋季到達那裡，為對即將來臨的美國入侵組織抵抗；據說，他曾提到，宣戰而無徵兵法，在他真是聞所未聞。
1944年12月，日本軍的一些首腦眼看無法信任洛雷爾和他的同僚，就轉而信賴拉莫斯，這是在菲律賓的許多“少壯派”軍官一直要求他們這樣做的。日本人幫助拉莫斯把他的追隨者“迦納普”分子組織成一支武裝部隊，並由他擔任“馬卡披利”
（即菲律賓愛國者同盟）的首領；他保證要與日軍全力合作。l2月22日，洛雷爾和他的內閣成員在日本軍隊護送下由馬尼拉遷到碧瑤。
但是拉莫斯執政的日子太晚了，因此沒能起多大作用。由於美國海空聯合指揮部的作戰行動以及菲律賓游擊隊的襲擊，山下奉文將軍的分散的部隊無法做到有效地集結，因此他們正在被各個擊破。拉莫斯自己的部下，不是被游擊隊打死，就是開小差逃到游擊隊那裡去了。日本對非律賓人進行了殘醋的報復，特別是在馬尼拉，當地的日本海軍指揮官堅持死守，結果馬尼拉大部分遭到了摧毀，當地許多居民遭到了日本人的屠殺。1945年3 月，洛雷爾和他的內閣的一些成員被帶到東京。其餘加人，包括羅哈斯，設法逃跑，到達了美國這一邊。
1945年2 月27日，麥克阿瑟將軍從日本人那裡收復馬尼拉後，就正式把行政權力移交給塞爾吉奧·奧斯梅納，讓他擔任光復的菲律賓共和國政府的總統，並宣佈說：“我的國家恪守信用。”
這個群島在戰爭中遭到了嚴重的摧殘，經濟受到很大的破壞。三年的日本軍事佔領和暗中的或不起什麼作用的抵抗所產生的精神上的後果，可能使國家更加虛弱，因為這要比物質上的後果所引起的虛弱更加難於恢復。