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在這早期，盟軍最高統帥部既沒有得到充分的情報，也沒有準備好提出另一個替換的機構。因此，在1945 年9 月22 日，盟軍最高統帥部發布了一項與總政策（即日本人應自己負責管理自己的經濟）精神相一致的經濟指令。這項指令命令日本政府對工資和主要商品的價格實行並保持堅決的控制。指令要求對供應短缺的主要商品繼續實行嚴格的配給制度。這項指令還規定，各個控制協會和物價管理局目前應繼續行使職責。最後，這項指令命令生產最大數量的主要消費品。為達此目的，在得到盟軍最高統帥部同意的情況下，允許軍火工廠轉變為生產民用產品的工廠。按照解除武裝的總方案，所有的軍火工廠都已關閉，而且政府已要求這些工廠開出庫存清單。軍事設施由盟國佔領部隊以儘快的速度加以銷燬，但非軍用物資交回日本政府作民用處理。然而，由於工業生產停滯，運輸系統嚴重癱瘓，國內物資需求繼續增長，加之佔領部隊對物資和服務的需要不斷增加，所以，經濟恢復緩慢，控制系統崩潰，也就不足為奇了。
（二）糧食危機
雖然有清楚的跡象表明，麥克阿瑟不打算從事於恢復日本經濟的工作，但他敏銳地覺察到糧食的缺乏，知道要避免饑饉蔓延，就需要進口糧食。然而糧食問題是複雜而難辦的。顯然，日本政府渴望從國外得到儘可能多的糧食。這一願望引起了東京許多觀察家對日本的數字的精確性發生懷疑。同時，麥克阿瑟認識到，佔領工作的成敗在很大程度上取決於日本人民的福利和安寧。但是根據指令中的限制，他向美國政府提出進口糧食的任何要求，必須有充分的理由，證明“為了填補當地資源的不足”和“為了防止危害佔領軍安全或干擾軍事行動的那種疾病流行和民間騷動所需要”，進口這些物資是必要的。
由於惡劣的氣候條件和肥料供應的竭盡，加以1945 年秋季穀物大歉收，因而造成糧食情況進一步惡化。而且由於投降和運輸系統的癱瘓，穀物的徵購數遠遠低於指標。據估計，1946 年的每人平均攝取熱量是一千五百三十卡，而戰爭年代倒有一千九百五十卡。實際上，1945—1946 年上繳的大米數量，亦即政府所得到的能按官價出售的大米量，僅是上年的一半。總收穫量是六百四十四萬噸，比上年低百分之二十七。鑑於這種情況，麥克阿瑟竭力催促透過現有的管理機構迅速徵購並公平分配糧食。此外，他還發了一項指令，說准許日本進口糧食，由日本人自己付款；他向華盛頓提出了這一要求。他的司令部開始分析日本的糧食生產方法、收穫的報告和穀物的徵購。放鬆了對漁輪捕魚範圍的限制，允許他們在小笠原群島和琉黃列島周圍捕鯨。不久以後，在1946 年2 月，美國政府給麥克阿瑟發去一項關於日本捕魚的總政策宣告，要日本最大限度地使用漁船和裝置，表示必要時可向日本出售燃料，要日本恢復漁業加工裝置並擴大深海捕魚作業區。
另一方面，日本的糧食問題具有重要的國際性。戰爭結束之後好幾個月內，出現了一個世界範圍的主要糧食（如小麥和大米）短缺的現象。在聯合國的許多國家中仍實行嚴格的定量配給；普遍的飢饅和營養不良流行於中國、東南亞和印度的大部分地區。當華盛頓的遠東委員會的有些成員國獲悉麥克阿瑟要求在聯合糧食委員會無法滿足盟國的所有需要的情況下給日本進口糧食時，該委員會中出現了一場風波。有幾個代表堅持說，給日本進口糧食，是屬於政策性問題，只有遠東委員會才能作出決定。美國則認為，麥克阿瑟是根據他的行政職權，按照指令的條款行事的；他要求進口糧食是為了防止日本人民中產生弊病和騷動，因而危及盟軍部隊。這次爭辯在遠東委員會歷史上是最緊張的爭辯之一，爭辯的最後結果是在1946 年4 且25 日透過了一項關於日本進口糧食的下述政策宣告：。。除非是盟軍最高統帥參照盟國對日委員會的意見，認為進口糧食是直接為佔領軍的安全所必不可少的；否則，就不允許進口糧食，因為這樣做會使得日本人比起任何同盟國或光復地區的人民的要求來，具有優先權或獲得優惠待遇。。。這個宣告還要求美國政府與聯合國善後救濟總署和聯合糧食委員會磋商，重新審查日本進口糧食的方案。遠東委員會的美國代表麥科伊將軍在投票贊成這一政策時說，這個決定是符合他的政府的政策的。而且，他還申辯380 說，由於這個政策是針對美國政府的，所以與遠東委員會的一般決定在處理上應有所不同。它將不作為指令發給盟軍最高統帥，而將被看作是美國在決定對日本撥發糧食的數量時的一個指南；