，不是聯合參謀長委員會，而是美國的參謀長聯席會議在這個戰區裡行使著最高的作戰指揮權。
西南太平洋地區包括澳大利亞、索羅門群島、荷屬東印度（蘇門答臘除外）和菲律賓，全由麥克阿瑟將軍負責指揮。1942年3月17日，麥克阿瑟從巴丹來到澳大利亞。當時立即宣佈他將擔任尚未劃定的西南太平洋地區的司令官。同澳大利亞和其他有關方面的磋商進行了相當長的時間，直到1942年4月19日，麥克阿瑟的權力範圍才公開予以宣佈。西南太平洋是一個盟國聯合司令部，英國人、荷蘭人、澳大利亞人和美國人全對它作出了正式的貢獻。但是實際上，只有澳大利亞人和美國人能夠派遣相當多的部隊，其他兩國的參加都是有名無實的。
然而，澳大利亞人卻把他們的軍隊（除了在中東一直逗留到阿拉曼戰役後的一個師以外）、艦艇和飛機全置於麥克阿瑟的最高指揮之下。開始時，澳大利亞的布萊邁將軍擔任地面部隊的指揮，而海軍和空軍則由美國司令官指揮。後來，麥克阿瑟把陸軍的指揮權一分為二，組成了一支獨立的美國部隊，負責朝北向菲律賓發動進攻。儘管麥克阿瑟的司令部是一個盟國司令部，象尼米茲的司令部一樣，但是它卻直接隸屬於美國的參謀長聯席會議，只是間接地受聯合參謀長委員會的控制。
在西南太平洋地區，統一指揮的原則很明顯地遭到破壞。1942年3月作出決定，尼米茲應在太平洋各地行使海軍作戰方面的戰略指揮權，甚至在麥克阿瑟所指揮的地區以內，但在西南太平洋戰區，麥克阿瑟對地面部隊和以陸上為基地的飛機享有絕對的指揮權。由於海軍指揮權同陸、空軍指揮權的分開而產生的許多不幸的後果，都是馬歇爾早就料到的。當索羅門群島和新幾內亞的戰役需要海、空軍採取聯合行動時，——象他們經常所做的那樣——雙方配合得並不很好。對立的主張和對失敗的互相指責，發展到了嚴重的程度。關於個人、戰略和作戰方面的意見分歧相當自由氾濫。結果，這兩個司令部之間的關係在戰爭時期一直很糟。
參謀部為什麼要把整個太平洋的海軍指揮權授給海軍上將尼米茲呢？這是容易理解的。如果在西南太平洋地區維持一支獨立的艦隊，歸一個獨立的司令部去指揮，這將是極其浪費的，特別是在1942年，當美國海軍力量薄弱，需要靈活調動航空母艦，往返於珊瑚海和中途島之間，以應付日軍的攻擊的時候。當麥克阿瑟在澳大利亞接過指揮權時，日軍好象會入侵該大陸並開闢一條主要的陸地戰線。在這樣的形勢下，麥克阿瑟成立陸空軍司令部是有意義的。但結果，麥克阿瑟是在新幾內亞的叢林區開始作戰的，那裡並無公路，再加上地形的性質，使陸軍完全依靠海空運輸提供給養。後來，當麥克阿瑟開始採用跳島戰術時，他同尼米茲的異常關係成為經常發生糾紛的根源。他要靠海軍支援和船舶運輸，但必須與美國海軍當局進行半外交性的談判，這樣才有把握獲得他的作戰計劃所需要的適當的海軍支援。
解決這些困難的合理辦法就是在整個太平洋地區任命一個最高司令官。但這個辦法引起了無可克服的困難。美國海軍根本不會考慮把指揮權讓給麥克阿瑟，他只不過是一個陸軍軍人，又同海軍並不友好。另一個辦法是使麥克阿瑟隸屬於尼米茲，但是這樣將在美國或許也在澳大利亞引起嚴重的政治麻煩。結果，並沒有採取什麼行動，1942年4月的權宜的安排幾乎一直持續到戰爭結束的時候。
中國、緬甸和印度的司令部的安排比太平洋地區更為混亂。美英荷澳聯軍司令部瓦解後，緬甸的挫敗對於阿卡迪亞會議上決定在中國成立的第二個“盟國”司令部有著同樣的影響。我們還記得，蔣介石接受了最高司令官的職務並同意由一位美國將領出任他的參謀長。約瑟夫·W·史迪威將軍奉命擔任這個職位，並於1942年3月3日到了中國。那時，日軍已開始侵入緬甸。四天以後，即3月7日，英軍被迫撤出仰光。仰光的陷落意味著失去了可以很方便地把物資轉運往中國的唯一港口。
中國已經有三個師駐紮在緬甸北部，史迪威盡力想使這三個師投入戰鬥，以阻止日軍的前進。但英國與中國間的矛盾較為尖銳，蔣介石不願意將部隊的無限指揮權託付給這位美國將領。同時，緬甸的英軍司令官哈羅德·亞歷山大爵士將軍與史迪威之間也沒有建立起明確的合法關係。蔣介石管轄的“盟國”司令部的地理界限也不明確。阿卡迪亞會議上制訂的計劃，並沒有預見到緬甸會成為一個戰區，所以盟國無論在軍事上或後勤工作上都沒有準備在那裡進行一場戰爭。