友西多爾在戰爭時期一直是斯洛伐克駐梵蒂岡的公使，他訊息非常靈通，無疑使蒂索很熟悉國外大事的進展。1943年3月8日，斯洛伐克的主教們寫了一封給教區教友的公開信，反對極權主義和反猶太主義。6月21日，這封信由梵蒂岡向全世界公佈了。1943年4月，斯洛伐克總統被召到薩爾斯堡去，象當時大多數衛星國的領導人那樣，受到希特勒的重新鼓勵，同時也受到警告，不要想到和平。4月25日，即希特勒和蒂索會晤後兩天，貝奈斯博士在對捷克斯洛伐克的一次廣播中宣稱，斯洛伐克政府的秘密使者已經來同他聯絡過；當然，這個說法在布拉迪斯拉發遭到斷然的否認。斯洛伐克的感情大概始終不是熱烈地親捷克的；這時候，雖然每一個斯洛伐克人都特別希望保持斯洛伐克的自治，右派卻傾向於霍爾蒂，而中間派和中間偏左派則想同捷克人重新建立某種聯絡。實際上，在接下去的十八個月裡，貝奈斯在斯洛伐克人中間享有空前未有的名望。斯洛伐克的共產黨人這時是由莫斯科派來的什米德凱和巴齊列克領導著，據說他們的目的是要使這個國家成為蘇聯的一個加盟國。儘管有死刑（死刑也象蒂索統治下的大多數其他條例那樣，並不實行），人們卻越來越多地收聽外國電臺，尤其是英國廣播公司的廣播。雖然斯洛伐克的泛斯拉夫傳統只存在於老一輩人中間，隨著俄國軍事勝利的訊息，特別是1943年7月俄軍反攻的訊息傳來，一股泛斯拉夫感情的浪潮席捲了整個斯洛伐克。有好幾個月，說斯洛伐克軍隊裡的共產黨人正日益得勢，已成了街談巷議；天主教徒和新興的斯洛伐克工業家們都感到害怕起來。據什米德凱本人說，斯洛伐克地下民族委員會是在1943年9月組成的，但是到聖誕節，共產黨成員和其他成員才擬就了一個一致同意的綱領。
1943年12月貝奈斯訪問莫斯科時，當然會晤了那裡的斯洛伐克共產黨人，他這次旅行有助於在往後好幾年裡使他同捷克共產黨人和斯洛伐克共產黨人的關係緩和下來。同時，捷克…斯洛伐克重新聯合的事業也有了明顯的進展，雖然奧蘇斯基還在利用他對倫敦的斯洛伐克民族委員會的影響來反對貝奈斯。不久，斯洛伐克的局勢就發生了變化，這一方面是由於德軍於1944年3月19日佔領了匈牙利，另一方面則是由於蘇軍和捷克斯洛伐克部隊一起，在1944年4月8日到達了前捷克斯洛伐克共和國的東部行省盧西尼亞的邊境。以義大利為基地的盟國轟炸機這時威脅著布拉迪斯拉發地區的煉油廠，3月里斯洛伐克首都開始疏散人口了。從這時起，這個政權就動搖起來。上文已經敘述過，流亡政府在3月13日曾經特別對斯洛伐克人和盧西尼亞人發出呼籲，要他們公開起義。越來越多的斯洛伐克青年人這時逃往他們的“馬基”，即伸向西貝斯基德斯山和塔特拉山的丘陵地區。正規軍也流露出朝同一方向消失的明顯傾向，而德國武裝部隊則遭到越來越多的破壞活動。1944年4月，斯洛伐克當局承認存在著緊急狀態；7月27日，民族委員會對起義計劃作出了決定。8月初，幾乎在華沙起義的同時，公開的戰鬥開始了。8月12日，蒂索公佈了軍事管制法，並於8月24日宣佈全國總動員。事實上，斯洛伐克游擊隊在8月中旬就已採取攻勢了。8月26日，馬赫在一次廣播中承認，斯洛伐克已處在傘兵和地下部隊臨時強加給它的一種戰爭狀態中。下一天，德軍開始佔領這個國家——他們宣稱，蒂索曾向他們求救。這樣一來，殘餘的斯洛伐克正規軍中有一部分參加了游擊隊，蒂索在9月2日解除了正規軍總司令恰特洛什將軍的職務。戰鬥在9月裡一直很激烈，尤其在班斯卡…比斯特里察和西利那的周圍。斯洛伐克游擊隊天天盼望蘇軍同他們的捷克斯洛伐克部隊趕來，但是很可能喀爾巴阡山的中部山峰象過去一樣竟然是難以越過的，只有可能繞過這些叢山峻嶺，取道羅馬尼亞和地勢低窪的盧西尼亞和匈牙利，這就必然要浪費寶貴的時間。當然，人們也猜疑俄國人想獨攬解放的任務。同樣嚴重的是，奧蘇斯基10月14日在《泰晤士報》上發表的一封信中打算使斯洛伐克民族委員會和游擊隊脫離捷克斯洛伐克政府，雖然那個起義宣言（1944年9月1日）曾宣告支援一個“進步的捷克斯洛伐克共和國”。10月裡，貝奈斯政府有好幾個代表飛往班斯卡…比斯特里察去訪問，而在10月13日，一個斯洛伐克代表團也由那裡到達倫敦。與此同時，霍爾蒂正打算為匈牙利向俄國投降進行談判，因此德國人在10月16日免了他的職。十一天以後，俄軍在10月27日進入了烏日哥羅德，可是德軍這時已由黨衛隊的好幾師精銳部隊大大