大學生全部被捕。那些被認為是領袖的人都被處決，其他還有許多人當場遭到駭人聽聞的虐待或者被押送到布痕瓦爾德集中營去。布拉格的捷克大學和保護國境內的所有其他捷克大學——包括某些高等技校在內——一律關閉三年（事實上，它們一直關閉到捷克解放）。就捷克人來說，這是他們有可能接受高等教育的結束；大學生，甚至教授，如果能在他們寓所附近找到某種體力工作，就要比到德國境內的一家工廠或一處集中營去僥倖些。接著，許多中學，甚至小學，也逐漸受到取締或者實行德意志化，所以在保護國的後半時期，一個十歲以上的捷克孩子很可能會被迫進廠勞動，而根本不能進任何學校求學。
這樣，到1939年底，德國人已經在完成第三種解決辦法和消滅捷克知識分子階層那條路上邁步走了。1939年7月11日，他們宣佈德語和捷克語都是“官方”語言，而在行文時德語總應放在前面。根據1939年3月16日那項法令的第二條，保護國的日耳曼族居民成為國民兼德國公民，而捷克人則只是德國國民，他們在自己家鄉與其說是公民，不如說是臣民。英國的空襲不久就有助於鼓勵德國本土的日耳曼人到保護國來就業，他們在這裡享有通常稱為治外法權的權利。首先變得很顯眼地德意志化的是布拉格。如果我們回憶起佔大多數的、以前未曾維護其民族性的捷克人，在1861年後才逐漸出現於這個都城的話，那麼，對於“繁華的、斯拉夫人的布拉格”受此糟蹋所感到的怨恨是不難領會的。而由於捷克大學被迫關閉以後僅僅剩下的日耳曼大學的新校長是魯道夫·容，這種怨恨便更為劇烈，因為容也是一個發表過著作，曾以粗暴野蠻的方式亂罵過捷克人的納粹分子。鑑於布拉格的歷史，這個城市大概比任何其他非日耳曼族的城鎮更易德意志化，這就以一種特殊的方式箝制住了捷克人的抵抗。
至於第三種解決辦法的其餘部分，1939年3月16日那項法令的第九條，即保護國應成為德國海關區的一部分的那條規定，在1940年年成歉收以後於10月裡終於實行了。把工人調運往德國的工作也及時加速了。在1939年和1941年間，作為一個開端，大約有十五萬名熟練的捷克工人被遣送到德國去。
對捷克人自己來說，第一次世界大戰的軍團和索科爾組織就象那些大學是他們民族生活中的支柱那樣不可缺少，軍團在1939年8月被德國人依法解散了，但是它的成員直到1941年初才被大規模地解除了行政職務。索科爾成員在1941年中受到鎮壓，最後在10月12日被海德里希消滅了。保護長官公署和埃里亞斯政府之間為了這類問題有著一陣陣的摩擦。這個捷克政府一再呈請辭職，但一直被挽留到1941年秋季。
同時，希特勒於1941年6月進攻俄國以後，保護國內的緊張情況明顯地加劇了。慕尼黑的經驗早已激發起泛斯拉夫民族的傳統和對共產主義的同情。東方的戰爭看來要比德國同英國的空戰和海戰實際得多，而它所牽連到的那些行動提供了切實的破壞機會。的確，希特勒感覺到捷克問題一點也“沒有解決”（也就是說，捷克人的存在竟是這樣持久），因此他在1941年9月“批准”牛賴特的長期病假，另派了一個半有教養的虐待狂者賴因哈德·海德里希到布拉格去當副保護長官，他大概也是黨衛隊頭子中最精明的傢伙。1941年9月28日，即聖溫塞斯洛斯日，海德里希宣佈保護國各重要地區處於緊急狀態，晚上十點鐘起實行宵禁，並且成立了新的即決法庭，十十足足進行了恐怖統治。在以後的兩個月中，這些新法庭在德國蓋世太保庭長的操縱下，宣判了三百九十四人死刑，並把一千一百三十四個犧牲者移交給蓋世太保，目的是為了進行那種可怖的“進一步調查”。知識分子和前陸軍軍官，軍團團員和索科爾成員在犧牲者中處於突出地位。一開頭，總理就被認為是同倫敦有接觸的“賣國賊”而遭到逮捕，遞交給由蒂拉克本人主持的德國人民法院的一個陪審團，並於10月1日判處死刑，雖然這項判決直到下一年才執行。過了很短一段時間，他的前司法部長克雷奇才接替他當了總理。
1942年1月，克雷奇組成了第二內閣。它帶來了兩項值得注意的改革。以前一直在保護長官公署擔任職務的一個德國日耳曼族人瓦爾特·貝爾奇博士，當上了勞工部長，這是一個關鍵性的職位，控制著保護國內的產業工人，但它所關注的顯然是為德國本土提供必要的勞動力。3月8日，他宣佈了希特勒的決定，即保護國的經濟必須適應德國的戰爭需要，並且必須為此目的加以利用。其次，捷克最大的