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除了良好的軍事訓練外，我們認為思想訓練十分重要（他後來對墨索里尼說），這可以用一個事實來說明：在當前戰爭時期，我們卻繼續著手來完成對武裝部隊灌輸國家社會主義思想的工作，我們要求所有的軍官無條件地忠於國家社會主義。
因此，武裝部隊的納粹化運動是透過兩個階段來完成的：
首先建立所謂“人民軍官團”，然後又在最高統帥部內成立了一個“國家社會主義指導部”（NationalsozialistischerFuhrungsstab），它可以同納粹黨辦公廳緊密合作去“協調”武裝部隊的政治訓練工作。作為走向建立新的人民軍官團的第一步，廢除了以前為軍官職業所規定的教育條件，在選拔未來的軍官時，又以“無條件地準備為元首、人民和祖國而戰鬥的意志”，代替了“家世、教育和經濟地位”等條件。
與此同時，希特勒同陸軍總司令部之間的鴻溝不斷地加深。1942年1月，希特勒授權戈培爾在武裝部隊與宣傳部之間的聯絡官的協助下，起草一份有關陸軍總司令部與武裝部隊最高統帥部內部的所謂“失敗主義傾向”的書面報告，目的在於制訂“適當措施”防止這種傾向。三個月後，希特勒於1942年4月26日向國會講話時，含糊地把這場冬季危機諉過於陸軍司令官，並且斷言，在某些情況下，這些人“惶恐不安，不服從命令或者在執行任務時缺乏責任感”。後來在9月裡，希特勒又一次大發雷霆，免去了哈爾德的陸軍參謀總長職務，因為哈爾德顯然主張放棄對列寧格勒的已經日見減弱的攻勢。根據約德爾所述，希特勒的亂髮脾氣使元首大本營“最終成為將領們受難的場所”。在罷免哈爾德以後，希特勒便離開了由作戰部和最高統帥部共同使用的軍官俱樂部，同時又與卑躬屈節的作戰部長約德爾爭吵得很兇。根據戈培爾所述，到1943年5月，希特勒對將領們已經覺得“討厭透頂”，以致他“簡直不想同他們再打交道了”。他顯然對他的宣傳部長說過，他不能“再容忍看到這些將領了……。所有的將領都說謊……所有的將領都不忠誠。所有的將領都反對國家社會主義。”於是，他開始鼓勵黨衛隊，特別是武裝黨衛隊的發展，用來抗衡陸軍。在哈爾德被撤職以後，元首大本營的日常會議經常邀請一名黨衛隊的軍官參加。黨衛隊的將領奉命在前線指揮作戰。希姆萊本人也獲准接過了許多純軍事方面的職務：他於1944年2月負責軍事情報機構以取代諜報局，7月間（在那次起義失敗後），他成了國家軍總司令，9月，又兼任戰俘管理局局長。
希特勒維護自己在軍隊中最高權力的這場鬥爭，對德國作戰行動的統一起著破壞的作用，可是希特勒自己的親信中某些人經常想在國社黨內部取得權勢的嘗試幾乎也起著同樣破壞的作用。這場發生在納粹黨中堅人物之間的所謂“迪亞多希之戰”，大部分應歸咎於希特勒本人，因為他在戰前鞏固黨的權力時，未能在納粹領袖之間培植起一種集體的責任感。因為儘管他使德國國家社會主義工人黨（NSDAP）完全掌握了政權，他卻沒有采取步驟在黨的各個機關及社團的領導人中發揚一種真正的團結協作精神。的確，在他生硬地試圖實施一套平衡監督的制度時，他甚至還慫恿黨內不同集團之間展開一定程度的對抗，例如，他建立黨衛隊來抵制衝鋒隊，首先就可以證明這一點。結果是，儘管對領袖原則的運用字面上說得很好聽，納粹黨組織內部卻仍然存在著派性，甚至在危急的戰爭年代裡，協調的領導一直只不過是宣傳人員的一種虛張聲勢的願望。
1939年9月德國進攻波蘭的時候，“元首的干將”戈林正權勢烜赫，他起先擔任普魯士的內政部長（是國家秘密警察蓋世太保的創始人），後來又擔任空軍總司令和四年計劃的總負責人，作出了十分卓越的貢獻，因此希特勒承認了他的地位，於9月1日指定他為合法的繼承人。在以後的兩年中，戈林在策劃佔領區的