及滿洲國與蘇聯之間的邊界問題。該委員會於12月7日在赤塔舉行第一次會議，此後又經過七次會議，於12月25日在程式問題上達成了協議。然後委員會遷往哈爾濱，著手進行劃定邊界的實際工作。
東鄉開始了為締結長期捕魚協定和通商條約而進行談判，在這兩方面也都取得了進展。締結商約的初步商談結果，於11月19日在原則上達成協議，隨後再由東鄉及駐瑞典公使松島和外務省商業局的一位前任局長與莫洛托夫和蘇聯外貿人民委員米高揚在莫斯科繼續舉行會談。12月31日，蘇日達成了一項暫時解決辦法，規定在締結長期條約之前，把原有的捕魚協定延長一年，還規定購買中東鐵路的最後一次分期付款必須交齊。但是，這些很有希望的進展，在1940年春天卻受到了阻礙。蘇日邊界委員會於1月5日至30日在哈爾濱舉行了八次會議以後，在諾門坎地區的問題上完全陷入了僵局，因為任何一方都不願接受對方出示的地圖，1月31日，宣告該委員會認為無法達成協議，準備解散。2月10日，有田告訴日本議會，同莫斯科的談判已經中斷，但是他又說，談判將要恢復。他說，對於成功地重新調整俄日關係固然沒有樂觀的餘地，但是過分悲觀也是毫無理由的。3月中，貿易會談中斷，4月7日，宣佈松島將返回瑞典。與此同時，締結新捕魚協定的談判據傳也陷於停頓。莫洛托夫於1940年3月29日在最高蘇維埃發表外交演說時，雖然提到已在1939年底“經過周折”解決了一些問題，但是聲稱蘇聯對它同日本的關係不能表示非常滿意。他譴責日本議會要蘇聯把薩哈林島北部和濱海省賣給日本的建議，並說，恰恰相反，日本人應考慮把薩哈林島南部賣給蘇聯。在重揭瘡疤的背後，存在著兩國之間總的政治關係的問題。自從締結德蘇互不侵犯協定以來，德國政府正如上文已經說過的那樣，一直極力主張日本人跟它走。這樣日本人就可以犧牲英國為代價，方便地向南進軍，並使德、日、滿三國取道蘇聯的貿易順利地發展。裡賓特洛甫強烈要求大島締結蘇日協定，大島心悅誠服地改變初衷而相信了他的意見。裡賓特洛甫又趁寺內伯爵將軍1939年9月到波蘭前線的機會，極力慫恿他贊成此事。9月20日在索波特設宴歡迎寺內時，裡賓特洛甫說，他在8月份訪問莫斯科時，曾同斯大林談到俄日關係，斯大林說：“日本人要是想打仗，那麼就打吧；他們要是想和解，那麼也就和解吧。”在東京，奧特接到指示，要他促成俄日協定，1940年2月，他又得到施塔默爾的支援。大島和白鳥回東京後，成了俄日協定的熱烈鼓吹者，並得到了一些擁護者。但是，日本人對德國與俄國達成協議的忿恨不滿，對共產主義的畏懼，對蘇聯的猜疑，都是難以克服的障礙。
在莫斯科，東鄉也是蘇日協定的鼓吹者，儘管他的動機並不是偏愛軸心國，至少他本人的表現以及他使館中的部屬的表現都證明是這樣。據當時擔任日本駐莫斯科大使館三等秘書的太田三郎在東京國際軍事法庭上作證說，東鄉“在1939年底或1940年初”派日本大使館的另一名秘書齋藤到東京，極力要求允許他開始蘇日協定的談判，最後有田指示他著手進行。但是無論太田還是東鄉在作證時都說不出接到這些指示的確切日期，東鄉只是說，指示“終於”下達了，很可能直到1940年春末或夏初他才接到指示。施塔默爾和奧特在給裡賓特洛甫的報告中，說明了日本輿論的影響，尤其在宮廷派和內閣中間，對蘇聯是有敵意的。有田於1940年1月31日在日本國會的演說中，聲稱日本將繼續執行同反共產國際公約的所有簽字國保持密切關係的政策。他還說，蘇聯“應停止干涉在薩哈林島北部辦工業的特許權，應修改其支援中國抗日政權的政策，應進行合作以實現東亞的普遍和平”。3月22日，他再次提到反共產國際公約繼續有效。俄國對重慶的援助以及蘇聯報刊對於日本對華政策的敵視態度，是兩國不能言歸於好的主要障礙，特別是由於英法捲入歐洲戰爭以後，蘇聯對中國的援助變得比以往更為重要了。俄芬戰爭以及英法有可能——在3月初幾乎成為事實——為了芬蘭而出面干涉，使日本政府有了新的指望。倘若西方盟國捲入對蘇聯的戰爭，那麼它們為了取得日本的支援，也許會同日本在中國問題上達成協議。日本對蘇聯的態度之所以強硬起來，以及日本參謀本部之所以制定對蘇作戰計劃並在3月間得到天皇批准，也許都同這樣的期望有關。
但是，如上所述，俄國與芬蘭締結和約以及德國在西歐發起進攻，使局勢發生了變化。蘇聯既擺脫了與芬蘭的糾紛，避免了與盟國開戰的危險