尚讓賊軍五萬多，“斬首二萬餘級，伏屍數十里。”
尚讓軍敗回京，見尚書省牆上有人寫詩諷刺賊軍，惱羞成怒，把宮內餘存的省官和門卒皆挖眼倒吊加以酷殺，並搜城中會寫詩的人，共殺三千多。凡會寫字者，尚讓也下令皆充賤役勞改。
中和元年五月，唐軍諸道勤王兵至，包圍長安城，其中，還有剛被封為夏綏節度使的拓跋思恭（此人本黨項羌，即日後西夏的先祖）。膠著之間，唐朝義武節度使王處存等人曾一度攻入長安城，市民喜迎官軍，黃巢軍大駭奔逃。可恨的是，這些官軍竟縱兵大掠，搶劫金帛，強姦婦女。領頭衝入長安城的數將又想專功，不報圍城的其它幾道友軍，只顧自己在城內大掠。黃巢賊軍知悉情況後，揮馬反攻，唐軍軍士由於搶的東西多，跑不快，反被殺倒十之八九。至此，王處存只得收殘兵敗出城去。
黃巢極怒長安市民先前歡迎唐軍的舉動，“縱兵屠殺，流血成川，謂之洗城。”
數道唐軍中，惟獨高駢有精兵八萬，戰船兩千多艘，“旌旗甲兵甚盛”，但恰恰是他推拖遷延，一直沒有出兵。
“病急亂投醫”，唐廷又請沙陀兵來助戰，以滅黃巢。沙陀原為西突厥別部。本來已經降附唐朝的沙陀酋長朱邪赤心（賜名李國昌）與兒子李克用在僖宗繼位後叛唐，被幽州兵擊販，父子均逃入韃靼，躲在陰山不敢出來。不久，李國昌病死，在太監楊復光的建議下，唐廷便赦免李克用之罪，召他率軍返國，以抗黃巢。這一引狼入室之舉，遺害甚久，五代的三個“朝代”，後唐、後晉、後漢、三朝“帝王”，均是沙陀人，尤其是石敬瑭，割燕雲十六州與契丹，種上中國數百年深禍。
黃巢此時，只是長安周圍地區的“皇帝”，其勢力範圍東不出同州、華州、西不過興平。關起門來當皇帝，聽著舒服，但地小就無糧餉來源，日益窘困。反觀唐朝，僖宗在蜀地，諸道入貢，蜀地又富足，正朔所在，節度使們也紛紛想趁亂立功，皆趨長安而來，把都城團團圍住。最要命的，中和二年（公元882年），黃巢部將朱溫眼見賊眾來日無多，竟然以同州（今陝西大荔）向唐廷投降，被封為右金吾大將軍，賜名全忠。
中和三年三月（公元883年），沙陀李克用進屯沙苑，大敗黃巢之弟黃揆，並進一步與河中、易定、忠武三道唐軍合兵，與尚讓率領的十五萬賊軍主力大戰於梁田陂（今陝西渭南）。激戰一天，“賊眾大敗，俘斬數萬，伏屍三十里”。兵敗食盡之餘，黃巢本人主力再敗，惶急之下，賊軍燒燬長安大部分宮室，向外奔逃而去。
“官軍暴掠，無異於賊，長安室屋及民所存無幾。”黃巢殘軍自藍田逃入商山後，故意在路上拋灑金銀財寶，“官軍爭取之，不急追，賊遂逸去”。
破黃巢諸道官軍，李克用兵勢最強，“諸將皆畏之”，這個沙陀人一目微眇，人稱“獨眼龍”，當時才二十八歲。
四海滔滔的鼎沸局面――黃巢滅亡前後的混亂局面
黃巢雖然從長安敗出，元氣猶存。他派其將孟楷率萬餘賊兵猛攻蔡州，蔡州節度使秦宗權出戰不勝，隨風倒得很快，馬上向黃巢稱臣，堂堂一唐朝節度使，竟然與敗走長安的賊軍“連兵而進”，真不知當時兩部軍隊怎樣統一服色。這位秦宗權原為忠武軍牙將，黃巢初起時還常常“督勵士眾，登城拒守”，並在長安陷落後與監軍楊復光積極“勤王”，也曾出師攻敗賊軍數次。這樣一個節度使，竟因一次軍敗而降賊，可見當時唐王朝的威信已經一敗塗地，人心思亂，依強附勢。
黃巢前鋒孟楷擊降蔡州後，志驕意滿，又東向急擊陳州（今河南淮陽）。陳州刺史趙犨早有準備，先示之以弱，小退連連，伺賊軍驕急，一舉擊襲，把萬餘黃巢前鋒軍幾乎殺個精光，並擒斬孟楷。黃巢聞愛將被斬，急怒攻心，指揮手下所有部隊屯於溵水，與秦宗權合兵，“掘塹五重，百道攻之”，下定決心要拿下陳州為孟楷報仇。
趙犨存必死之心，“數引銳兵開門出擊賊，破之”。黃巢益怒，在州城北面紮下主營，“立宮室百司，為持久之計”，黃巢這位賊頭也好笑，皇帝的感覺上來後就下不去，敗北戰鬥途中，還擺昔日長安的排場。
由於幾年內征戰連連，百姓無法耕田生產，民間沒有多少糧食積儲，黃巢賊兵想搶糧也搶不到。但這也難不倒這群“起義軍”，他們四處搜尋，倒不是搜糧，而是搜掠能見到的百姓，然後成百上千地押回，生生拋入剛剛製作的特大石磨中，“糜骨皮於臼”，然後連皮夾骨帶肉烤煮作為軍糧，“日食數千人”，並把人肉軍糧生產地命名為“舂磨