隔離，最著名的就是依聖經的訓令處理麻風病人。在“大死亡”期間，被嚇壞的公民偶爾會自己執行一種更為粗暴的隔離：他們簡單地把染病者的家門釘起來，讓他們在裡面餓死。
如果說隔離是一種事後處置措施，比隔離更進一步的是檢疫（檢疫期這個詞出自法文，原意是指隔離40天）。檢疫是預防，是防患於未然。經過那場黑死病浩劫之後，第一次檢疫是1465年義大利的拉古薩，要求船隻在一處孤絕之地拋錨停留40天，不許一個人上岸（不幸的是，人是可以隔絕的，但老鼠們卻帶著它們的跳蚤游上岸來）。隨後檢疫隔離慢慢成了很平常的事。1831年4月，在英格蘭東北海岸紐卡斯爾附近的桑德蘭海港，英國政府下令對所有從俄國來的船隻扣押15天進行隔離檢疫。1832年6月紐約出現霍亂，市政當局馬上實施了嚴格的隔離檢疫。1887年有兩批海輪由霍亂疫區法國馬賽港及義大利拿坡里港開往美國，到岸人員均經美國政府進行海港檢疫，對可疑病人和帶菌者皆用細菌學檢查，查出霍亂弧菌者皆被隔離在港口，使得霍亂未傳入美國。
醫學上的“隔離”概念最早是由義大利內科醫生弗拉卡斯托羅1546年提出的，弗拉卡斯托羅認為，疾病可以透過健康人直接與患者接觸傳播，也可以透過健康人間接地與受到感染的物品接觸傳播，甚至隔一段距離也能傳播。
飯前便後洗手是現代人的基本衛生習慣，但令人難以想象的是，在19世紀中葉之前，連醫生做手術都不洗手。當時的醫生竟以他們的身上帶有職業的汙物而自豪，認為洗手是受侮辱。1847年，匈牙利的生物學家塞米爾維斯呼籲婦科醫生在助產前以含氯的清水淨手，卻被認為是大逆不道，他為此丟了飯碗，1865年死於精神病。直到1860年代，英國外科醫生約瑟夫·利斯扛起巴斯德病原體理論的大旗，堅決要求外科醫生動手術以前，在一些確信能殺死細菌的化學藥品溶液中徹底洗淨雙手。從1867年開始，也就是塞米爾維斯去世後的兩年，“消毒外科手術”終於得到了普及。
2003年4月24日，上海市人大專門審議修改了《上海市市容環境衛生管理條例》：“隨地吐痰、便溺者，將被處以200元以下的罰款；對亂扔果皮、紙屑、菸蒂、飲料罐、口香糖等廢棄物和亂丟廢電池等實行單獨收集的特殊廢棄物者，將處100元以下罰款。”這樣的高額的罰款在中國破了記錄，但上海的這一決定深得民心，隨後深圳市也出臺了同樣的規定，北京、廣州等大城市沒有修改律令，但在稽查處罰時都是按最高罰款額度執行。其他城市，也掀起了重罰隨地吐痰的熱潮。許多人都期望根除隨地吐痰的陋習，雖然這樣的期望過於“奢侈”，但人們痛恨隨地吐痰的心情可見一斑。
隨地吐痰危害公共衛生，許多疾病都會透過唾沫和口痰傳播，因此許多城市對隨地吐痰都施以重罰，在中國的香港和澳門特別行政區，對隨地吐痰的罰款分別為600港元和500澳元。在新加坡，隨地吐痰和亂拋口香糖可以處以拘禁等刑罰，世界許多大都市，都視隨地吐痰為可恥行為，到了這樣的層次，罰款就不是最重要的治理手段，但反過來說，在人們還習慣於隨地吐痰的情況下，不經過一個重罰嚴打的痛苦過程，就很難達到“不禁而止”的境界。
“政府行為”
在古代瘟疫所及的國家，當政者都會拿出相應的措施。歷史學家以弗所得約翰記載的公元6世紀那場瘟疫中，皇帝拿出大量黃金、派專人挖巨大的墳墓掩埋死者屍體，大概算是歷史上較早的“政府行為”，雖然掩埋屍體只是善後行為，但是，可以推測，如果屍體不能及時地掩埋，瘟疫將會更加肆虐。在人類歷史上歷次死亡人數較多的瘟疫中，如何處理死者，都成了考驗政府的大難題。
為了阻止鼠疫的蔓延，威尼斯市政當局曾經公佈過現今看來也還很實用而有效的種種規定：出現鼠疫的住宅必須關閉，垃圾滿地的街道應當掃除乾淨，鼠疫病人一定要住進指定的住所，只准許在夜間為死者安葬等等。1349年，愛德華三世命令倫敦總督“所有街上的人糞和其他汙物必須清理乾淨。所有惡劣氣味必須清除，不至於更多的人死於這些氣味。”
在黑死病這樣肆虐歐洲的時候，一些國家的政府也採取了許多荒唐絕倫的行動，他們要麼宰殺公牛祭祀上帝，要麼燃起篝火“淨化”空氣，要麼求助於占星術、煉丹術或巫術，這就是他們對付黑死病的辦法。有些國家的政府也頒佈了一些可笑的法律，例如不許在庭院裡擲骰賭博，醉鬼、乞丐、吉卜賽人和麻風病患者被趕