亶見火候已到，便趁機舉出“確鑿證據”，說蘇軾心存險惡。
舒亶說：“蘇軾反對新法，證據確鑿，對每一種法令，他幾乎都作詩訕謗。他包藏禍心，怨恨皇上，無人臣之節，確屬事實。陛下行考核官吏的新法，他就說‘讀書萬卷不讀律，致君堯舜終無術’；陛下嚴禁私鹽，他就說‘豈是聞韶解忘味，爾來三月食無鹽’。望陛下明察。”
舒亶的這一招的確歹毒，蘇軾這些涉及新法的詩並無攻擊訕謗之意，無非是描述了行新法後的一些現象。但在舒亶都成了惡毒的攻擊，在此情此景之下，誰又能說得清楚呢？果然，在猶豫了一陣之後，神宗還是下令將蘇軾拿問。
蘇堤因蘇軾而名滿天下
蘇軾在湖州任上被捕，押出湖州時，百姓夾道相送，失聲痛哭，足見蘇軾之得民心。押到開封以後，投於烏臺獄，這就是中國歷史上著名的文字獄之一——“烏臺詩案”。
蘇軾在獄中待了很長時間，蘇軾的兒子求告無門，便去南京找蘇軾的弟弟蘇轍想辦法。臨行之時，他囑咐別人，送飯時送魚，不要送肉，但送飯的人搞混了，竟把肉送了進去，蘇軾一見，誤以為大限將至，不由悲憤中生。原因，蘇軾與兒子約好，如果沒有什麼情況，送飯時帶魚，如果情況緊急，送飯時帶肉，這樣可以內外通氣，早作準備。蘇軾自覺李定、舒亶等人必欲將他處死，在悲憤之中，索筆寫下了兩首詩，其一雲：
聖上如天萬物春，小臣愚闇自忘身。
不通權術的千古名人（4）
百年未滿先償債，十口無歸更累人。
是處青山可埋骨，他年夜雨獨傷神，
與君今世為兄弟，更結來生未了因。
蘇軾的這首詩是寫給弟弟蘇轍的，本想託一獄卒交給弟弟，沒想到被李定安排的耳目看到，一把搶去，交給李定。李定以為蘇軾又在寫詩怨謗，正愁拿不到證據，便把詩稿往袖中一塞，匆匆上朝去了。
蘇東坡醉書
這時，朝廷內部又發生了一些微妙的變化，曹太后在彌留之際，跟神宗談過一次話，指出蘇軾是個忠臣、才子、廉吏、好人，要神宗千萬別冤屈了蘇軾；神宗雖然年輕氣盛，但也並未想殺蘇軾，只是李定一夥人極力諂害，企圖置之於死地。第二天上朝，李定把蘇軾的詩交給神宗，並說蘇軾又在獄中大發怨怒，神宗看完詩，覺得莫名其妙，就問李定詩上寫的什麼，李定一驚，才想起自己害人心切，竟未看詩稿。這麼一來，形勢急轉直下，以前幫助李定的人見神宗態度已變，都見風使舵，替蘇軾說情。就這樣，在查無證據的情況下，蘇軾被釋放出獄。
對於“烏臺詩案”，還有另一種解釋。宋代諫議大夫劉安世（另號元城先生）在《元城先生語錄》中有一段記載：
《前赤壁賦》區域性
蘇東坡被御史謝景溫誣告乃至下獄。當時張安道在南京做官，就向皇帝上疏營救他。本想附在南京府的公文中遞交皇上，府官不敢接受。於是張安道就命令他的兒子張恕到登聞鼓院將信投進去，張恕左思右想，覺得有些不妥，徘徊再三，終於未敢投書。不久，東坡出了獄，後來看見那封上疏的副本，不由得伸出舌頭，臉色都變了。有人問他為何如此，東坡未回答。後來蘇東坡的弟弟蘇子由看了那副本，說：“我哥哥當然要吐舌頭了！這件事全靠張恕之力。”別人問：“為什麼呢？”子由說：“難道不知道漢代鄭昌救盍寬饒的事嗎？鄭昌上書說，‘上無許、史之屬，下無金張之託’，這話正激起漢宣帝的憤怒。寬饒有什麼罪過呢？正是因為觸犯了許、史之輩而遭禍。再來發人隱私，就更新增了幾分怒氣。如今東坡也沒有罪，不過是名氣太高，與朝廷爭勝負。張安道的上疏說東坡實在是天下之奇才，難道不只有激起人主的憤怒嗎？”僕人聽了這一番話，覺得很有道理，說：“那麼當時要救東坡，應該怎麼說呢？”子由說：“應說本朝還未曾殺過士大夫，如今就從陛下開始，後世子孫必然要援引陛下為例。神宗好名而畏此，也許可以制止那件事。”
古人說才大壓主，會引起君主的嫉妒，其實蘇軾忠心耿耿，並無得罪之處，真所謂匹夫無罪，懷玉其罪了。
宋神宗元豐三年（公元1080年）二月，蘇軾被貶為黃州團練副使，在這裡，他寫下了千古不朽的名篇《前赤壁賦》和《後赤壁賦》，躬耕東坡，留下了許多佳話。
宋神宗元豐八年（公元1085年），三十八歲的宋神宗病逝，年僅十歲的哲宗即位，由高太后攝權聽政。高太后一貫反對王安石的新法，在高太后掌權後，第一