千米、甚至上千千米外的彈道導彈肯定有很大的區別。別的不說，巡航導彈往往會“叢集攻擊”，即數枚、甚至數十枚導彈同時攻擊同一個目標（這樣的情況在海戰中最常見），所以末段攔截系統所使用的高能鐳射器必須具備在極短的時間內攔截多個目標的能力。除了需要更加先進的火控系統外，對高能鐳射器的工作方式也有要求，即攻擊任何一個目標的時間必須以毫秒計算，不可能持續照射一個目標。
由此可見，末段攔截系統裡的高能鐳射器，都應該是脈衝鐳射武器。
說簡單點，就是在瞬間輸出足以摧毀目標的能量。
與之相比，因為作戰距離太遠，鐳射束會在傳遞過程中衰減，所以戰略防禦系統所用的鐳射器都是連續波，或者連續脈衝，需要持續照射目標數秒、甚至10多秒，才能燒穿目標的外殼，摧毀目標。
針對這一情況，導彈工程師想了很多辦法。
首先是提高導彈彈道高度，讓導彈在大氣層頂端或者電離層內飛行，以“過頂”方式發起攻擊，避免過早進入末段攔截系統的作戰範圍。其次是採用末段助推火箭發動機，將導彈的俯衝攻擊速度由巡航時的6到10馬赫提高到20馬赫以上，達到彈道導彈的水平，最大限度的縮短暴露在末段攔截系統作戰範圍內的時間。三是採用預塑爆炸單體，在彈頭攻擊目標的時候引爆彈體制造假目標，干擾攔截系統的觀瞄裝置，加大攔截系統的反映時間，提高彈頭的突防率。最後就是採用彈道導的熱護罩，即在彈頭外表面塗敷一層受熱後會蒸發汽化的塗料，帶著受到能量武器攻擊後產生的巨大熱量，避免彈頭因為過熱變形而導致偏離原先彈道。
實際使用中，這些辦法往往會同時採用。
也許有人會說，為什麼不讓彈頭旋轉，增加能量武器的照射面積，從而分散照射時產生的熱量。因為鐳射的傳播速度是每秒30萬千米，脈衝鐳射器的一個照射脈衝在數毫秒到數十毫秒之間，所以用脈衝鐳射器照射導彈，如同用手槍射擊芭蕾舞演員，在子彈面前，演員轉得再快也沒有絲毫意義。
事實上，早在20年代末，共和國研製出了第一臺輸出功率達到1000兆瓦的高能鐳射器的時候，就在西北的某空軍靶場做過一次試驗，用該鐳射器在0。064秒內發出的10個脈衝攔截1枚155毫米榴彈，結果證明，炮彈的自旋運動並沒對脈衝鐳射產生太大的影響，只要鐳射器的輸出能量夠大，肯定能夠燒燬彈殼，讓炮彈的氣動外形發生變化，使炮彈偏離目標。按照理論計算，對付155毫米榴彈，鐳射器的輸出功率需要達到10吉瓦（即10000兆瓦）以上，並且在50毫秒內輸出至少20個脈衝。
30年代中葉，共和國與美國就製造出輸出功率超過20吉瓦的鐳射器，30年代末，輸出功率為50吉瓦的鐳射器也已投入實用。
按照共和國物理實驗中心的鐳射實驗室制訂的研製計劃，肯定能在2042年底之前拿出輸出功率為100吉瓦的鐳射器，在2045年底之前研製出輸出功率為250吉瓦的鐳射器，並且讓100吉瓦鐳射器具備實戰部署能力。
根據物理實驗中心做的秘密測試，只要鐳射器的輸出功率達到100吉瓦，現役的所有彈藥都將失去價值。當然，要想推動這樣的鐳射器，首先就得擁有一座輸出功率為其十分之一的小型可控聚變反應堆，以及一套能夠儲存大約10吉焦（相當於2778千瓦時）電能的蓄電池。
事實上，就算在已經大規模部署的20吉瓦級鐳射器的面前，很多導彈都成了擺設。
在前面提到的4種導彈突防技術中，最重要的是後兩者。
攻擊的時候讓彈頭與彈體分離，一是可以透過引爆彈體來製造假目標，其次就是縮小彈頭的體積，避免因為彈體被鐳射擊中而燃燒變形，從而影響彈頭的飛行軌跡。問題是，為了加快突防速度，彈頭上往往會安裝末級助推火箭發動機，而且隨著對突防速度的要求越來越高，這臺原本只用來調整彈道的火箭發動機也就越做越大。比如在2030年研製成功的HS…29型巡航導彈上，助推發動機的質量只佔彈頭質量的20％，而在2037年研製成功的HS…35型巡航導彈上，這個比例已經達到40％，預計下一代導彈上，還會提高到60％。為了確保導彈的攻擊威力，彈頭的有效載荷是不能低到哪裡去的。如此一來，只能提高彈頭的總體質量，從而使巡航導彈的質量越來越大。增加點成本還是次要問題，隨著彈頭增大，突防效率自然會急劇降低！
很明顯，繼續提高