兩方教會互不相讓，同樣也上演了一出出無聊的鬧劇，直到最後發生徹底的決裂。公元1050年，羅馬教會教皇通告立即廢止義大利南部的拉丁教會所使用的希臘禮儀，與此同時，君士坦丁堡教會普世牧首卻命令君士坦丁堡的拉丁教會一律使用希臘禮儀，於是，1054年，東西雙方教會又一次發生了互相開除教籍的可笑事件，從而最後正式分裂成為正教與公教，也就是東正教與天主教。
東正教後來成為拜佔廷帝國的國教，以及許多東方民族國家的國教。天主教隨著西羅馬帝國在公元476年的滅亡，在解除了國教化的約束之後，開始走上國家化的道路，到公元6世紀末，教皇已經集羅馬教會主教與羅馬行政長官於一身，形成了政教合一的權力格局，並且在不斷擴大教皇國的領地的同時，還透過為各國皇帝加冕的方式來體現君權神授的教權，使教權凌駕於皇權之上。由此，羅馬教會逐漸地向著神權國家演變。
這種教會國家化的趨向，以其世俗化的鮮明特徵不斷地脫離世界宗教的軌道，特別是，天主教透過大量出售贖罪券的方式來搜刮財物，