上海市行動總指揮部特務大隊，然後派到南京以加強周鎬的力量。此時，戴笠的意圖是不管上海的指揮部還是南京的指揮部，都是“維持會”的性質，只要維持到中央的軍隊到達指揮部的工作就算圓滿完成。對這一點，周佛海是早已心裡有數，所以不敢多說一句話，做事更是謹小慎微。但是周鎬自認為是軍統局的地下工作人員，與周佛海的漢奸身份不一樣，戴笠所說的“聽候中央接收”，難道自己不是中央派來的嗎？再說，周鎬當時是奉戴笠的命令深入到日偽的“心臟”地帶，冒著生命危險戰鬥到抗戰勝利，現在居然要讓別人來接收，他心裡怎麼都不舒服。為此，周鎬有了自己的想法，他要趁偽南京政府宣佈解散中央軍還沒有到時，向日偽組織直接受降以建立自己的功績。
於是，就在周鎬宣佈成立上海市行動總指揮部南京指揮部後，在戴笠不知情的情況下擅自作出了幾項大的決定：一是接管了偽《中央日報》和原來由周佛海控管的《中報》；二是封存了汪偽中央儲備銀行金庫，並控制了汪偽的財政部和中央電臺等重要部門；三是封鎖南京的交通路口和車站，命令所有汪偽軍、警、憲、政界的負責人到指揮部報到待命，同時由指揮部行動處對在南京的主要漢奸進行逮捕；四是周鎬在電臺發表廣播講話，宣讀由他起草的給岡村寧次的受降書。這事關肅奸和接收日偽財產的事就是戴笠也無權作出決定，而要聽從蔣介石的統一指令。至於向岡村寧次宣讀受降書，則必須由盟軍中國戰區最高統帥的代表才可以進行。由於周鎬的這些行動都是打著南京指揮部的旗號進行的，誰也弄不清楚他的背後有什麼來頭，日偽軍不敢幹涉，周佛海以為周鎬執行的是戴笠的命令也沒有多問。可就在這個時候，周鎬在指揮逮捕漢奸的過程中，因為行動不慎，打死了汪偽政俯的陸軍部部長。
此事，在汪偽高層的漢奸中引起了極大的恐慌，連陳公博也不得不採取行動保護自己。陳公博並不清楚周鎬的真實身份，始終認為他是周佛海的人。既然周鎬敢於這麼大膽地採取這些行動，陳公博認為肯定是周佛海在背後指使的。於是，他暗中策動偽中央軍校的學生和偽憲兵司令部的憲兵，包圍了周佛海在南京西流灣的住宅，揚言要幹掉周佛海。周佛海頓時感到形勢對他極為不妙，就急電向戴笠報告了南京的情況。戴笠得知南京的情況後吃驚不小，他沒有想到周鎬會做出如此的舉動，而這些舉動會給他戴笠帶來眾多的猜疑，這些猜疑一旦讓蔣介石知道了蔣又會怎樣想呢？戴笠想到這裡不由得對周鎬有了怨恨，他立即授意周佛海採取斷然措施限制周鎬的行動，同時下令由南京先遣軍司令任道援負責維持南京的臨時治安。周佛海接到戴笠的命令後才明白了原因，但他此時此刻要對付周鎬還有難度，惟有的辦法就是借日本人的力量才能行事。過後，周佛海與日本侵華派遣軍總司令部參謀小笠原的密謀策劃，由小笠原將周鎬騙到日本軍司令部後當場將其扣留。然後，由周佛海出面將南京被捕的漢奸全部釋放，並宣佈解散南京指揮部。周鎬被日軍扣押後，任援道又受戴笠的指示，經與日軍交涉將周鎬轉押到了他自己的先遣軍司令部，後由戴笠派人轉送到上海關押審查。被關押審查的周鎬始終沒能明白自己落到如此下場的原因，直到戴笠死後經好友活動後才被釋放。
周鎬走出監獄後，軍統局裡有人告訴了戴笠關押他的原因：一是懷疑他在接管南京時如此不聽從指揮是受了新四軍的指使，是另有所圖；二是懷疑周鎬的妻子是共產黨員，並且當時結婚的場面搞得太大，違反了軍統的紀律。其實，這些只不過是猜測而已。南京是國民黨的舊都，蔣介石把對它的接管看得十分重要。蔣介石一方面釋出命令要南京的日偽軍原地待命，一方面緊急空運曾在緬甸打敗過日軍的新六軍到南京。在這期間，蔣介石最擔心的是新四軍搶先進入南京城。而此時南京周圍的形勢對國民黨來說確實非常危急，距南京僅一百公里的宣城已被新四軍佔領，離南京更近的蕪湖已被新四軍包圍，部分新四軍的遊擊部隊已接近南京市郊，市中心新街口一帶到處可見新四軍張貼的傳單……還有使蔣介石和戴笠同時心驚的是，原汪偽南京首都警衛第三師跨江投向了新四軍，使南京城的防衛更是岌岌可危。為此，戴笠深知在中央軍沒有到達之前，要防止新四軍入南京城必須完全依靠日偽軍了。然而，周鎬既不明白南京周圍的形勢也不清楚利用日偽軍的重要性，大肆逮捕汪偽政府裡高層漢奸，這勢必會給日偽軍內部帶來恐慌和內亂，造成的後果是不但不可能利用日偽軍抵禦新四軍，甚至會讓大批的日偽軍投向新四軍。這樣的局面對戴笠來說是極其可怕的，所以他要