州船政局非常節省。建廠費用，只有四十多萬兩銀子，到本年為止，總共只用了五百三十五萬多兩銀子。
但是，日本人仍然遏止不了自己的野心。日本政府於2月6日透過《臺灣番地處分要略》。4月份，日軍組成所謂的“臺灣生番探險隊”，由陸軍中將西鄉從道率領三千人的艦隊侵略臺灣，在琅嶠登陸。
日軍於5月份侵犯臺灣基隆，5月18日，日軍開始與臺灣當地居民交戰。牡丹社酋長阿實祿父子等戰死。江海戒嚴。清廷下詔，重新起用湘軍名將蔣益澧，要將邊防軍事交給他辦理。蔣益澧剛到京城，舊病復發，不久在北京去世，享年五十歲。清廷將他官復原職。
清廷得知日軍侵犯臺灣的訊息後，立即向日本政府提出質問，並派福建船政大臣沈葆楨率軍直赴臺灣。沈葆楨等到達臺灣後，一面與日軍交涉，一面積極備戰。
7月，日軍以龜山為中心建立都督府。
7月21日，清廷召曾國荃、楊嶽斌和鮑超等人入京，籌劃增援臺灣抗擊日軍事宜。
日軍由於不服臺灣水土，士兵病死較多。日本政府考慮到不能立即軍事佔領臺灣，於是轉而用外交手段解決問題。
三十四歲的湖南慈利人孫開華是鮑超舊部，為了加強東南海防，閩浙總督李鶴年上奏，請調他的擢勝營開赴廈門。清廷准奏，任命孫開華為代理福建陸路提督。
四十七歲的瀏陽人李興銳奉命辦理機要，並趕赴江陰、狼山、吳淞和崇明等地視察，擇險設守，指揮部隊修築炮臺。
8月23日，清廷下詔，任命左宗棠為大學士，仍然留在陝甘總督任上。
四十二歲的寧鄉人黃萬鵬奉命率部鎮壓甘肅河州的閔殿臣起義軍。他是湘軍宿將，所部是劉錦棠建立的旌善五旗中的騎兵。
到了秋天，張曜率部西進，駐紮新疆哈密，大興水利，開墾二萬畝荒地，每年獲得幾千石糧食，供應部隊。
哈密的土質容易滲水，開墾和耕種，需要使用土工、石工和毛氈包裹工，是別處所沒有的。張曜親自率領所部經營締構，十分勤勉。
關外的各路清軍，全部隸屬於烏魯木齊都統景廉。金順率部出關，駐紮在巴里坤，與景廉關係不和。清廷向左宗棠垂詢此事。左宗棠上奏說，景廉為人方正，很有學問，足以為僚屬做出榜樣，但是過於拘執古板。金順寬和服善，很得人心，平時顯得庸庸碌碌，但一上戰場，就奮勇殺敵，這是他親眼所見的。既然金順處在前敵位置，就應該讓他負責軍事。
古丈人楊佔鰲因傷病交發，以奉養親老為由，辭官卸任回鄉。慈禧太后賜給他一萬兩銀子，要他回鄉架橋修路。他回鄉後廣置田產，成為古丈首富。為了向清廷交差，他在三道河草草修了一座鐵索橋，取名“三道河橋”。
劉嶽昭抵達京城，得到清廷的慰勞，獲賜壽禮。
經過一番外交鬥爭後，清廷與日本政府於10月31日簽訂《北京專條》，清廷付給“日本國從前被害難民之家”撫卹銀十萬兩和日軍在臺“修道建房等”銀子四十萬兩。
12月20日，日軍全部撤出臺灣。
日本第一次對外侵略擴張，首選的目標即為中國臺灣，給清廷敲響了警鐘，同時也暴露了日本霸佔臺灣的野心。
湖南提督宋慶於11月2日改任四川提督，雲南提督馬如龍改任湖南提督。
為了修築一條從緬甸仰光到雲南思茅的鐵路，英國上校柏郎率領一支近二百人的武裝探路隊從緬甸出發，探測通向中國雲南的路線。英國駐華使館的職員馬嘉理，奉公使威妥瑪之命，從北京經雲南到緬甸接應，準備年底與柏郎在八莫會合。
楊昌濬經手核查的楊乃武與小白菜一案，已經在全國鬧得沸沸揚揚。民眾對楊昌濬大為不滿。但是，左宗棠對楊昌濬的清正為官，始終深信不疑。他沒有想到楊昌濬會官官相護，妨礙司法公正。所以，他一直為楊昌濬叫屈，並且認為這是浙江和京城裡有些人妒忌楊昌濬，故意跟他過不去，因為在此案發生之前，就有不少高官對楊昌濬進行過攻擊。左宗棠曾安慰他：“閣下偉量宏才，朝論翕然，斷非蚍蜉所能撼。”這一次，左宗棠依然力挺他渡過難關。
左宗棠知道，楊昌濬的去留，關係到陝甘軍餉的有無，因此，他當然希望楊昌濬一方能夠勝利，才不至於丟失浙江巡撫這個十分關鍵的位置。他不但不懷疑楊昌濬，還不斷地給他打氣。
左宗棠遠在陝甘，並不瞭解此案的細節，憑什麼對楊昌濬深信不疑呢？原因有五條。