將防衛城牆的太平軍全部斬殺。此外還有羅逢元等部從聚寶門殺入，李金洲所部從通濟門殺入，陳湜和易良虎所部從旱西門和水西門殺入。
李秀成領兵奔向旱西門，被陳湜所部阻擋，便掉頭奔向清涼山，藏匿在民房裡。
黃翼升的水師攻奪東關，乘勝殺到旱西門，與陳湜等部會合。至此為止，天京的九座城門全被湘軍攻破。
天已黃昏，太平軍四散逃走，有的出城，有的返回子城防守。
夜半時分，太平軍縱火焚燒天王府，突圍而出。黃潤昌等部站立在龍廣山的露天之下，袁大升等部沿著城南巡邏，遇到逃跑的太平軍，便過去攔截，斬殺幾百人。
伍維壽、張定魁和黃萬鵬等部向東南追擊太平軍，抵達淳化和湖熟，擒殺李萬材等幾百人。伍維壽以提督記名。
留在天京城內的太平軍大部分自焚，或者投入池水和井水。
洪秀全的兒子洪福瑱年方十五六歲，太平軍殘部帶著他奔向天京東南方安徽境內的廣德。這個少年本名天貴福，所刻的印章上稱為洪福，下面刻了“真王”二字，從左向右排列，別人誤將兩字合為一個“瑱”字，所以稱他為“洪福瑱”。湘軍將領也誤讀了這兩個字，於是在奏摺和詔書中對天王之子都是如此稱呼。
太平軍縱火焚燒城內的王府，為了“不留半塊爛布給清妖享用”。 曾國荃傳令關閉城門，不許太平軍出逃，同時撲救天王府的大火。火滅之後，找到兩方玉璽和太平天國金印一方。蕭孚泗的吉字營搜捕到天王兄洪仁達和忠王李秀成。
按照曾國藩的說法，金陵一役，殺死太平