劉蓉提議讓胡中和總統各部將領，專司奏報，統一指揮。駱秉章說，周達武與蕭慶高都與胡中和資歷相等，雖然官位在主簿以下，畢竟都是營官，也就和司道、提鎮不下上下，無法互相統轄。胡中和也堅決辭謝，劉蓉的提議沒有實行。
在湘軍史上，胡林翼曾破格提拔多隆阿指揮李續宜和鮑超等人的部隊，在潛山獲得大捷。但這是一個特例。從那以後，各位大帥都無法像胡林翼那樣說服將領們聽從其他將領的排程。
湘軍的體制決定了各位將領的部隊會因忠誠和義氣而互相援救，但將領們卻不屑於論資排輩，比較官位大小，多數將領不肯隸屬於別人。當石達開率部攻擊寶慶時，李續宜統領增援寶慶的各路湘軍，幾乎崩潰。劉蓉後來以蕭德揚統帥陝西湘軍，在灞橋全軍覆沒，就是因為對將領的安排有失於慎重。
蕭慶高與何勝必等部久經陣戰，傷亡更替，士氣更加衰弱。而崇慶人黃鼎出身於起義軍，以作戰勇猛而聞名，雖然也率領湘軍，但他在部隊中摻雜滇軍和川軍，自成一支部隊，也奉了劉蓉的命令，前來會攻階州。
汪海洋於3月份下令放棄南陽鄉，率部奔赴永定。劉典率部追趕到上杭。太平軍奔向東北方的白砂，被劉典所部擊敗，便從坎市奔向龜陽。
劉明珍和趙均率部聯合攻擊漳平，連破坂橋、後壩、和溪與水潮的太平軍壁壘。一支太平軍從石碣向廣東邊界運動，被方耀所部擊敗，石碣的太平軍營壘全部被毀。另一支太平軍從廣東大埔的白堠撲向楓朗營，廣東清軍將之擊退。太平軍奔向福建平和。
江蘇的湘淮軍將領郭松林和楊鼎勳率部從海路抵達福建。曾國荃舊部將領曹仁美也同時到達。
清廷在江蘇戰事平息後，就命令李鴻章分兵增援福建。李鴻章便令郭松林率領七營湘勇，楊鼎勳率領六營淮勇，乘輪船前往廈門，仍然從江蘇的軍餉中調撥一部分接濟這支援軍。清廷考慮到江蘇和上海距離福建路遠，命令福建和廣東的督撫代籌軍餉。
郭松林等部到達後，便與原有部隊一起攻打漳州。這時鮑超的前軍將領婁雲慶也率部從江西瑞金開到武平。左宗棠手下兵力大增。
1865年，同治四年（4）
4月1日，太平軍攻佔福建最南端的海濱城市詔安。
同一天，劉典率部在龍巖的奎洋山擊敗太平軍。
4月12日，高連升和黃少春所部聯合湘淮軍在赤嶺擊敗太平軍。
4月26日，劉典部將丁長勝率部推進到永定的獵射坳，陷入汪海洋太平軍的包圍，全軍覆沒。丁長勝隻身逃出，於4月29日被太平軍捕殺。
自從太平軍進入詔安後，廣東的饒平和大埔受到太平軍影響。兩廣總督瑞齡和廣東巡撫郭嵩燾派兵防守廣東邊界，將太平軍追殺到詔安城，斬殺幾千人。李福泰等人率部分別把守柏松關、風朗和老虎關，廣東的邊防有所鞏固。
李世賢的部隊於5月上旬從漳北走小路向東北方運動，奔赴安溪，王德榜率部攔截，將李世賢所部擊敗。郭松林等部在安溪以南、廈門以北的同安殲滅了當地的會黨。
高連升和黃少春的部隊這段時間一直在攻打漳州，久無戰功。將領們見烏頭門與東關和樓內互為犄角，便決定先攻烏頭門。5月15日，黃少春和劉清亮率部從中路出擊，王德榜部攻擊烏頭門右路，高連升部在郭松林和楊鼎勳的洋槍隊協助下攻擊烏頭門左路。
攻擊開始後，鏖戰兩個時辰，湘軍已將花樁和木城全部拔除，攻克十四座壁壘。這時風雨大作，湘淮軍發射洋炮，民團大聲呼喊助威，殺聲響遍山谷。
東風勁吹，越刮越烈，各座壁壘都是火焰騰騰。高連升部趁勢奪門而入。李世賢率部巷戰，堅持了一個多時辰，終於不支，開啟西門逃走。湘軍進佔漳州。
曹仁美的部隊剛剛開到漳州城外，就與從漳州撤出的太平軍主力遭遇。他命令各部就地不動，獨自率領三百人迎戰。太平軍懷疑湘軍設了埋伏，不敢前進。
曹仁美趁著太平軍猶豫不決，突然下令攻擊，太平軍敗走南靖。
第二天，劉典和曹仁美所部攻克南靖。
此戰以後，曹仁美由總兵升任提督。
湘軍攻克漳州，李世賢敗逃，左宗棠大大鬆了一口氣，覺得戰局豁然開朗。他已不如兩個月前那麼悲觀，覺得福建的戰事或許不會像他以前上疏說的那麼漫長。
於是，他又上一道奏疏，分析眼下的局勢。他說，自從太平軍從江西和廣東進入福建，接連攻佔龍巖和漳州各城，而