被張作霖打敗，郭本人兵敗身亡。盛世才倉惶逃返日本，但被張作霖取消了軍費留學資格。後得孫傳芳、馮玉祥資助，得以在日本陸軍大學完成學業。
1927年，盛世才回國，先在國民黨軍賀耀祖部任參謀，後調任國民黨革命軍總司令部任上校參謀，併兼任中央軍校附設軍官團教官。翌年任代理行營參謀處科長，1929年，調參謀本部第一廳第三科上校作戰科長。他曾對同鄉說：人不能作〃既不能令，又不受命〃的〃絕物〃；要想幹〃革命〃，就得〃能令〃，取得〃能令〃的起碼條件；儘管你〃能令〃的範圍不大，你總可以找機會把它變大。因此，他不甘久屈一個小小科長職位，經多方活動，先於1930年回瀋陽拜謁張學良，想謀得東北講武堂教育長的職位，未果，便到南京窺伺時機。這年夏，適逢新疆省主席金樹仁派其秘書長魯效祖到滬、寧延攬軍事人才，他便透過魯交結甚厚的彭昭賢介紹，與魯結識，表示願去新疆，為魯所接納。是年秋，他辭去參謀本部科長職務，整束行裝，攜眷西行。路經大連時，對密友趙鐵鳴說：〃革命也得有資本；有了資本，縱然沒有革命組織關係，革命組織也會來找你，只要你表示革命。〃〃此行乃破釜沉舟，有進無退，吾必遠到邊疆另創一個局面，將來或作一東亞總司令亦未可知。〃
六、民國末代副總統（23）
二、遠赴邊疆圖謀大業盛世才從擔任東路軍總指揮獨掌兵權開始，在作戰與治理部隊方面，都採取了一些獨到的做法1930年底，盛世才抵達新疆，在魯效祖家住了一個星期，金樹仁素對南京參謀本部的軍官懷有戒心，故不願見他，也未給職務予他。後經魯說項，才勉強委他為督辦公署參謀處中校參謀、上校參謀主任兼衛隊營教練等閒職。盛本意到新疆一展抱負，卻只得了個備而不見用的參謀，所遇非所期。加之他常以軍事專家自詡，到新後一舉一動十分矜持，頗為同行嫉視，便想謀取一任縣長做做，名分不成，先發筆小財後，回內地另謀出路。但來新時的一腔宏圖，又不甘就此作罷，遂隱忍待機，轉而處之勤謹小心，委曲求全，對金樹仁惟命是聽，以求逐步博得金的好感。經過一段時間努力，被金委任為軍官學校戰術教官。他便利用這一接觸軍隊軍官的機會，蓄意經營，作深遠圖謀。當時，他是新疆惟一受過正規高等軍事教育的人才，在學校表現得十分謙恭下士，對人特別客氣，尤其對學生極力拉攏，以先進的軍事技術教育學生，很受學生歡迎。他即以學生為基礎，培植自己的勢力，這些人後來大都成了他奪權和統治新疆的骨幹力量。
1931年2月，哈密東小堡鎮的卡官張某強娶維民阿布都的女兒，激起了維民的公憤，殺了這個卡官和他的爪牙，群起反抗官府。這一事件發生時，也正值哈密郡王因王權被奪，遂與金樹仁政府發生了嚴重矛盾；其所屬維族農民在〃改土歸流〃
中又受到金樹仁政府的巧取豪奪，對金政府益發仇視。小堡暴動發生後，哈密王府的上層分子……王府軍官和加尼牙孜、總管堯樂博士，利用維民仇恨官府的心理，取得了這個自發的農民反抗運動的領導權，乘機掀起了一場大規模的民族仇殺和衛護王權的武裝暴動……〃哈密事變〃。事變發生後，金樹仁令駐哈密的省軍師長劉希曾派兵鎮壓，為維民所敗，後增兵一團往剿，途中也被和加尼牙孜追襲，幾乎全軍覆沒。和加尼牙孜邀請甘肅馬仲英率部入疆。馬部首先攻佔哈密，接著把矛頭指向烏魯木齊。金樹仁義派魯效祖為援軍總司令，盛世才為總司令部參謀長，帶兵開赴哈密，與馬接仗，被馬打得大敗而歸。金樹仁鑑於局勢嚴重，改派伊犁屯墾使張培元為前敵剿匪總司令，仍派盛世才為總司令部參謀長，聯合以巴品古特為團長的白俄〃歸化軍〃再度向哈密進攻，9月，把馬仲英擊敗。馬部敗退甘肅，和加尼牙孜亦率部退避八大石山。
1932年，新疆戰端再起，盛世才被金樹仁任命為東路〃剿匪〃總指揮。其時，馬仲英已率部投歸陝西省主席、第十七路軍總指揮楊虎城。但馬並未放棄奪取新疆的企圖，再度派遣部將馬世明、馬佔倉領兵進入南疆，同和加尼牙孜聯合進攻哈密。7月，盛世才統率省軍與〃歸化軍〃，深入南北山中〃圍剿〃和加尼牙孜，經過四十餘次大小戰鬥，攻破八大石山，摧毀了和氏的主要根據地，迫其逃亡國外。8月，和氏得到外國一批軍械物資的援助後，又回到南疆集結部眾，與馬世明相配合，向鄯善、吐魯番進攻，南疆形勢危急。盛世才又奉命率部進軍南疆，很快打敗了馬世明與和加尼牙孜，奪回了鄯、吐兩地。
1933年1月，馬世明糾集