透過親信古高俊太郎和勤王派的長州藩士迅速接近，他的宮邸成為桂小五郎和久坂玄瑞等人自由出入之地。
後來禁門之變的時候、據說進擊御所的長州兵是有棲川宮家指引的，一時間謠言四起，他被京都奉行所以違背宮家諸太夫法度逮捕、拘禁。孝明天皇盛怒之下罷免了他們父子的進宮議事資格，勒令他們閉門思過。
慶3年（1867年）1月、和幕府友好的孝明天皇突然無故死去。15歲的明治天皇踐祚、幟仁親王、熾仁親王父子禁令解除。10月恢復了職務、取代主張和幕府友好的青蓮院宮尊融親王和二條齊敬主持政務、同年12月9日、王政復古大號令下新設裁議定參與三職，和長州關係良好的熾仁親王出任裁。成為幕府方面的領導。
熾仁親王雖然身份顯赫，地位崇高，但是實際工作能力都有欠缺。好在他頭腦清醒，從沒想過要把一切權力都抓在手中，鞠躬盡瘁、事必躬親。他勸說明治小天皇下旨，啟用了一大批以前被排斥的朝廷公卿。其中，有兩位極其重要的人物：三條實美、巖倉具視。
不久（1868年2月2日），這二人就被任命為副總裁。自從有了這兩大幹才做幫手，熾仁親王就此放心省力的去當甩手大掌櫃，具體事務全都交給二人操作。
這一年，三條實美31歲，巖倉具視43歲。慶4年（1868年）戊辰戰爭爆發，有棲川宮熾仁親王出任官軍的最高司令官，東征軍大督。參謀就是西鄉隆盛，負實際指揮責任，官軍向江進、最後以江城無血開城而大獲全勝。
明治2年（1869年），有棲川宮熾仁親王去歐洲視察、翌明治3年（1870年）歸國。就任兵部卿。明治4年（1871年）福岡藩知事工作、明治9年（1876年）就任元老院議長。
明治10年（1877年）西南戰爭爆發，再次出任征討大總督、指揮官軍和西隆盛峙。
有棲川宮熾仁親王是明治皇族第一人，受到明治天皇的絕對信任。
日本政府雖然有英國和法國的扶持，但也不能承擔借款太巨大的壓力，加上國力弱小，所以，明治天皇喊出了這次要同華軍決戰的口號。
這60000多大軍當中，就包含了一支5000人的天皇禁衛軍，清一色更換了剛從歐洲運回來的施奈德…恩菲爾德步槍，這支軍隊參加了天皇重新執政後的各次戰爭，經驗豐富，裝備精良，最是忠誠。
“你們都是帝國能征善戰的勇將，為什麼憑著十倍於敵兵的優勢，卻屢戰屢敗？”有棲川宮熾仁親王在全體軍官的大會上生氣道：“我們有本土優勢，有人數優勢，華軍有武器裝備的優勢，有訓練有素的優勢，為什麼你們在戰前不會分析敵我的態勢？不會分析敵我的優劣，一次次站著原地，讓人家砍到頭上來？”
有棲川宮熾仁親王雖然不是將才，也不是帥才，能力很平庸，但是在戰略上，在大事的眼光上還是很不錯的，不然也不會得到明治天皇絕對的信任。
聽了有棲川宮熾仁親王的話，在場的一百多名日本軍官都慚愧的低下了頭。
“我就說這麼多，不是要給大家增加壓力，但是現在日本已經到了最危難的時刻，你們心裡不會不清楚吧？如果九州島被華國長期霸佔，我們的版圖將缺失一塊，而且九州島在整個日本的經濟中佔有很重要的作用，超過了四分之一，長崎更是日本最早開關貿易的重要港口！日本不能實際統一，加上華軍的牽制，經濟發展的速度會放緩，軍隊建設的速度也會放緩，而龐大的華夏帝國早已經實際統一，並且正在開疆拓土，到時候，我們日本和華國的差距會越拉越大，到時候，當華軍大兵壓境之時，就是在座的諸位國破家亡之時！”有棲川宮熾仁親王說完，氣憤的坐了下來，示意山縣有朋發言。
山縣有朋沉重著嗓音道：“親王殿下的話，大家都聽到了，親王說的危難局面，我相信在座的每個人都很清楚，前次的失敗，我應該承擔主要責任，是我沒有根據華軍的情況制定出有效的辦法，我本想破腹向天皇謝罪，但是戰爭沒有結束，正是用人之時，我只能暫時按捺下向天皇陛下謝罪的心思。這一次，我和參謀本部一起制定出了新型的戰法，一定要發揮出我軍人數多，本土作戰的優勢！這就是新型的鉗形攻勢！”
隨著山縣有朋的話，眾軍官一陣快速的互看，鉗形攻勢的說法，顯然很新鮮。
山縣有朋在地圖上標出了華軍現在的位置，還有日本政府軍集結的位置，用小日本國旗來標識出即將執行的位置和方向。
“將軍，華軍擅長分割包