但在1613年發出了禁止信仰天主教的命令之後，對天主教教徒的鎮壓便越來越加殘酷。
苦於繁重苛捐雜稅的3萬7千天草農民終於在1637年揭竿而起，發動了歷史上有名的“天草島原之亂”起義。
起義的開端是國家翌年強行命令鎖國的重要原因之一。之後直至明治維新，天草一直是江戶幕府的領地。
1869年日本全國各地的諸侯將土地與統治民眾的權利交還於新政府（天皇）。
後由於廢藩置縣制度的推行，熊本藩在1871年改名為熊本縣，人吉藩改名為人吉縣，而天草則一時被編入了長崎縣境內。
在熊本相繼成立了熊本醫學校與熊本洋學校等。透過西洋文明的普及，推動了熊本現代化的程序，在1876年熊本縣誕生了。
與此同時，武士們對新政府的不滿日益增大，1876、1877年兩年間武士們以熊本為主戰場，分別發動了神風連之亂與西南戰爭。
華軍第一野戰師第一旅第一團，加上一支炮兵營，一支師屬騎兵連，總數只不過3000多人。
而熊本城有10000多日本政府軍，且多為精銳，要打下來，難度不小。
幸好熊本城外面就是鐵路線，由於行軍速度快，華軍仍然保持了偷襲的隱蔽性和突然性。
【1129 兒玉源太郎】
熊本城的守將是日本著名的軍事將領兒玉源太郎，日本近代陸軍名將，被譽為明治時期第一智將，曾任桂太郎內閣的陸軍大臣、內務大臣，臺灣總督等重要職務。
在原本的歷史匯總，他是侵華罪魁之一，因特別注重軍事力量和經濟力量的良性迴圈，被稱為豐臣秀吉再世。
日俄戰爭的滿洲軍總參謀長，攻克旅順口的實際指揮者，與桂太郎和川上操六並稱明治陸軍三傑。
日本統治中國臺灣的最大功臣，穿著軍服的政治家。
滿鐵的實際創立者。
兒玉源太郎1852年出生於日本週防國德山藩（今山口縣）。
武士兒玉半九郎長子，幼名百合若，後稱健。
9歲的時候父親為藩內守舊派暗殺，姐夫繼承了家業，後來他在革新派的支援下才繼承家名，初次上陣是參加1868年（明治元年）戊辰戰爭的東征，後任兵部省御僱。
大阪兵學寮（陸士前身）畢業。
1871年4月15日初任陸軍準少尉，歷任第2大隊副官，步兵第19番大隊副官，佐賀之亂時他作為大阪鎮臺大尉副官從軍，在戰場上負傷，神風連之亂時，他是熊本鎮臺的副參謀長，以手腕高超著稱。
1877年的西南戰爭，西鄉隆盛帶了三萬五千人包圍了熊本城，當時鎮守熊本城的就是兒玉源太郎。
眼看著就守不住城了，守軍中有人想起來當年從法國買了兩門炮，只不過從來沒有用過。
這時候死馬當作活馬醫，架起炮來照著說明書講的就開了一炮。
炮彈當然不知道打到什麼地方去了，但剛剛還在牛轟轟地攻城的敵兵們正恨爹孃少生了兩條腿，跑的比耗子還快，不管指揮官怎麼命令，再也不肯近城一步。
被剛剛的咣噹一聲巨響給嚇壞了。
兒玉高興的手舞足蹈，大喊大叫“哈哈，八格牙鹿地跑了，統統地跑了跑了”。
這次兒玉源太郎一戰成名，後歷任近衛參謀副長，步兵第2聯隊長兼佐倉營所司令官，參謀本部管東局長。
曾陪同陸軍大臣大山岩到歐洲進行軍事視察。
回國後，日本陸軍的學習物件由法國改為德國，被任命為陸軍次官，參謀本部第一局長兼陸軍大學校幹事，監軍部參謀長兼陸軍大學校校長，協助德國教官梅克爾少校訓練軍隊。
1889年8月24日晉升陸軍少將，任監軍部參謀長。
改任陸軍次官兼軍務局長兼陸軍省法官部長。
甲午戰爭開始後，任大本營留守參謀長兼臨時檢疫部長，積極策劃侵華戰爭，被稱為“日清戰爭的蕭何”。
日軍攻陷平壤和黃海海戰後，由於掌握制海權後，立即組編侵華日軍第二軍。
由於陸軍大臣大山岩出任第二軍司令官，他於是成為實際上的陸軍大臣，對日本侵華戰爭，從兵力部署到物資輜重，無一不躬行實踐。
1895年8月20日，日本天皇賜其金鴟勳章及旭日重光章，並授予男爵爵位。後擢任第3師團長、內務大臣。
甲午戰爭後，