4月22日中午過後，日本內閣官房長官安倍晉三透過電話向日本談判代表、外務省事務次官谷內正太郎發出指示：“如果達不成協議可以退席回國。”谷內隨即向韓國外交通商部第一次官柳明桓發出最後通告：“如果不能達成共識，日本將不得不著手勘測。”
此後，柳明桓表示“談判破裂在所難免”，便快步離開會場。這時，日方代表追了上去，遞交了一張紙條，上面寫著，日本單方面確認韓國將不會在6月提交冠名議案，韓方可以在新聞釋出會上宣佈“將在必要時候適當地提出議案”。至此，雙方終於達成妥協。4月23日，日本測量船撤回東京。
這一場“測量危機”以日本的妥協暫告一段落。
到了7月份，韓國和日本再次因獨島（日本稱竹島）問題爭端而陷入緊張態勢。7月2日晚，韓國國立海洋調查院20多位調查人員登上一艘名為“海洋2000”的調查船，在夜色中從釜山港起程出海，駛向韓日兩國有主權爭議的獨島附近海域，正式開始了海流調查行程。
據韓國政府人士介紹，排水量為2533噸的“海洋2000”號將沿朝鮮半島東海岸北上，從3日至17日將在朝鮮半島東部海區包括獨島附近海域開展海流、水溫和鹽分分佈等調查工作。韓國政府宣告，此次海流調查是在韓國海上專屬經濟區內進行的正當的科學考察。
此事觸動了日本的敏感神經。日本外相麻生太郎3日就韓方對包括獨島（日本稱為竹島） 海域在內的東海海域進行海流調查一事給韓國外交通商部長官潘基文打電話。他在電話中敦促韓方不要在雙方主張的專屬經濟區重疊的獨島周邊海域進行海流調查。潘基文對此說“比較困難”，用一個軟釘子拒絕了日方要求。
圍繞獨島（日本稱為竹島 ） 的韓日較量還將繼續下去。而以潘基文為代表的韓國外交，顯然不再恪守“平靜外交”，而是採取了轉守為攻的積極策略。
2006年5月3日，潘基文在首爾謝拉頓華克山莊酒店出席“2006民主和平統一諮詢會美洲會議”時，就韓日關係近來因日本在獨島問題上挑釁韓國而出現矛盾表示，日本面對過去的時候，口頭上是巨人，行動上是矮子，所以從韓國解放到今天還反覆出現類似事件。
他說，韓日之間不幸的歷史問題尚未得到解決，這對於韓日兩國乃至東北亞的和平與繁榮都是不幸的。
潘基文強調說，日本應立即放棄使其在歷史問題上的道歉變成空談的言行。韓國政府敦促日本方面停止在獨島主權問題上的挑釁，並且希望日方認識到，只有向年輕人傳授正確的歷史，在坦誠直面歷史的基礎上，韓日才能發展面向未來的關係。
在維護韓國利益上，潘基文這個“絲絨手套包著的鐵拳”沒有手軟。對於日本，潘基文大聲地說出了“不”，這讓人們見識了這位外交官柔中帶剛的一面。法新社評論說，潘基文在處理韓日緊張關係時的巧妙外交同樣受到廣泛稱讚。
朝核問題的斡旋者（1）
美國 《 時代 》 週刊曾將朝核問題評價為“我們這個時代最精彩的一幕地緣政治好戲”。
潘基文在出任外長前後的十幾年中，他的主要工作之一，就是在這幕重頭戲中擔任調停和斡旋。
在這裡，簡要回顧一下朝核問題的由來。
在朝鮮戰爭期間，麥克阿瑟就屢次威脅要對朝鮮使用核打擊。停戰後，美軍駐留韓國，並於1958年1月開始在韓國部署多種核武器，到1967年達到最大規模時大約有8類950個核彈頭。
朝鮮戰爭以及戰後美國核打擊的現實威脅，促使朝鮮金日成主席啟動了核計劃。20世紀50年代末，朝鮮就已開始了核技術的研究工作。60年代初，朝鮮建立了“寧邊原子能研究所”，由前蘇聯培訓了部分核技術人才，並引進了第一座800千瓦的核反應爐，至此，朝鮮的核技術研究初具規模。1979年，朝鮮用自己的技術開始動工建設實驗用核反應堆；1986年，朝鮮在寧邊附近新建的一個20兆瓦熱反應堆開始執行——這是朝鮮核計劃的里程碑。
1985年12月，朝鮮加入《 不擴散核武器條約 》，以便在和平使用核能方面獲得技術援助。但朝鮮一直拒絕履行接受國際原子能機構對其核設施進行檢查的義務。90年代初，美國以其衛星照片為據，懷疑朝鮮正在研製核武器，開始強烈要求進行核查，朝鮮核危機初步呈現。
1991年12月31日，朝鮮同韓國在板門店草簽了 《 關於朝鮮半島無核化共