，置“金陵邑”，遺址在今石頭城，即南京城西草場門至清涼門之間。這裡的“金陵”指的就是鐘山（又稱蔣山），“金”是金色，指銅的顏色，而非黃金（銅也稱“赤金”）；“陵”是指的山；二者合起來就是金色的山，所以鐘山又叫做“紫金山”。“邑”在這裡應該是指“一般的城鎮”（大曰都；小曰邑）。“金陵邑”的由來是因山而立的。正如《輿地志》說：“蔣山古曰金陵山，縣之名因此山立”。
公元前222年秦滅楚，公元前210年，秦始皇東巡，以金陵有天子之氣，遂改金陵為“秣陵”以貶斥之。“秣”的本義是“餵馬的谷飼料，如干草、植物、穀草等”，秦始皇認為只有咸陽才能有王者氣，“金陵”太招搖了，所以，要讓南京變成一顆任人踐踏的穀草，這就是“秣陵”的由來。
公元195年，孫策渡江佔據丹陽、江乘、胡孰、秣陵等縣。赤壁大戰前夕，諸葛亮出使江東，與孫權共商破曹大計，途經秣陵縣時，特地騎馬到石頭山觀察山川形勢。他看到以鐘山為首的群山，像蒼龍一般蜿蜒蟠伏於東南；而以石頭山為終點的西部諸山，又像猛虎似地雄踞在大江之濱，於是發出了“鐘山龍蟠，石頭虎踞，真乃帝王之宅也”的論斷。公元211年，孫權聽從謀士張紘之言，自京口遷秣陵，改名建業。這就是建業的由來。
次年，在清涼山原有城基上修建了著名的石頭城（今南京城西草場門至清涼門之間），這就是“石頭城”的由來。
公元229年，孫權稱帝，是為吳大帝，自武昌還都建業，是為南京為國都之始。
公元280年，西晉滅吳，改建業為建鄴。（這就是“建鄴”的由來）
後因避晉愍帝司馬鄴之諱，改名建康。（這就是“建康”的由來）
琅玡王司馬睿南渡，以建康為根基。317年，司馬睿即位，是為晉元帝，東晉正式建立，定都建康。公元420年，劉裕代晉稱帝，是為宋武帝，宋立國，都建康。公元479年，蕭道成代宋稱帝，是為齊高帝，齊立國，都建康。公元502年，蕭衍代齊稱帝，是為梁武帝，梁立國，都建康。公元557年，陳霸先代梁稱帝，是為陳武帝，陳立國，都建康。
吳、東晉、宋、齊、梁、陳合稱六朝，故南京被稱為六朝古都。（這是“六朝古都”的由來）
公元589年，隋滅陳。隋文帝下令蕩平建康城，以石頭城為蔣州治所，隋煬帝時改為丹陽郡。（蔣州和丹陽就是這麼來的）
此後隋、唐兩朝統治者相繼採取抑制南京的策略，將揚州治所自金陵遷至廣陵，曾一度取消南京州一級的建制。
五代楊吳立國，修繕金陵，以為西都。937年，徐知誥（李昪）代吳，南唐立國，定都金陵，改金陵府為江寧府。（這是江寧的由來）
公元975年，北宋滅南唐，以江寧府為升州。（這是升州的由來）
公元1127年，宋高宗即位，接受主戰派人士李綱的建議，改江寧府為建康府，作為東都。不久金兵南下，高宗南逃，以杭州為行在。1137年，在主戰派岳飛等人的堅持下，宋高宗再次返回行都建康。1138年，宋高宗以建都當“修德行而不在於擇險要之地”為名，再次南逃杭州，正式建都，改杭州為臨安府。建康府為陪都。
公元1275年，元兵南下，以建康府為建康路。1329年，改建康路為集慶路。
公元1356年，朱元璋攻克集慶，改集慶路為應天府，作為根據地，朱元璋自稱吳國公。1368年，朱元璋在應天稱帝，國號明，是為明太祖。以應天府為南京，以為首都，以開封為北京，以為陪都。1378年，罷北京，改南京為京師。（這是“南京”的由來）
公元1403年，明成祖朱棣升北平為北京，以為陪都。1420年底，明成祖遷都北京，以南京為陪都。1644年，崇禎帝吊死煤山。北京陷。福王朱由崧在南京即位。
公元1645年，清兵克南京。改南直隸為江南省，應天府為江寧府。1649年，清設兩江總督於江寧。
公元1853年，太平軍攻克江寧，改江寧為天京，以為都城。1864年，清兵克天京，太平天國亡。（這是天京的由來）
公元1912年，孫中山在南京就任*臨時大總統，以南京為首都。不久袁世凱竊據大總統之位。1927年，北伐軍克南京。不久南京國民政府成立。
1949年4月23日，中國人民解放軍佔領南京，成立南京市人民政府。毛在百萬雄獅過大江後寫下了《七