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2月17日，當拿破崙到達阿里什時，他發現雷尼埃師和克萊貝爾師久攻不克，至今依舊在土耳其要塞前面止步不前，不禁非常惱火。由於過分樂觀，他在達米埃塔把所有的攻城炮都裝船海運，預定在阿克解除安裝供他使用。然而在預定的航線上卻為英國海軍所截獲。於是，他便集中所有的野戰炮對敵人要塞猛轟。2月20日，900名土耳其和馬穆魯克守軍投降，法軍繼續前進。24日，法軍未遇抵抗便進入加沙。3月3日，法軍兵臨雅法城下遭到守軍的頑強抵抗。3月7日，法軍工兵在城牆上炸開了一個缺口，該城遂被攻克並遭洗劫；然而，更有甚者，當在堡壘內據守的2500名土耳其部隊於第二天投降之後（他們的投降條件是免於一死），拿破崙仍下令屠殺這些戰俘。這是拿破崙生平及其人格上最大的一個汙點。他把他們驅趕到海邊槍殺或刺死，他的藉口是他既無足夠的部隊押送這些戰俘回埃及也沒有足夠的口糧養活他們。在城內，法軍找到了40萬份乾糧和100噸大米，但同時也出現了鼠疫。從此，法軍每天都有30人死於這種疫病。
在拿破崙抵達卡梅爾山的當天，運載其攻城炮的船隻也到了阿克港外。這些炮到達得倒正是時候，但那天霧大，結果這些船一頭闖進了英國海軍中隊的懷抱，以致全數被俘獲。拿破崙攻城時不僅沒有用上這些重炮，反倒遭到了這些重炮的轟擊，因為它們被英軍轉給了守城的土耳其軍。但拿破崙毫不氣餒，他包圍了該要塞朝陸地的那一部分，並於3月28日發動了第一次不成功的強攻。4月1日，在爆炸了一枚地雷之後，又發動了一次強攻，結果也失敗了。法軍傷亡慘重。此外，每週死於鼠疫者也多達14