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西域都護府的歷史意義：
一、使西域諸國擺脫了匈奴的殘酷統治，轉向生產技術先進，經濟比較發達的漢王朝，從而加強了與內地經濟、政治與文化的聯絡，這種聯絡無疑是有利於當地社會發展的，對於中國統一的多民族國家的形成和鞏固，有著深遠的影響。 二、西域都護府的建立，使“漢之號令班西域矣”，標誌著西域諸地自此成為我們統一多民族偉大國家的組成部分，它是先秦時期以後中原地區同西域地區長期經濟文化關係發展的歷史必然，自此天山南北各地進入中央王朝有序的管理之下，漢朝政府直接任免西域都護、以及專理西域屯田事務的戊己校尉等高階官員，冊封當地首領，頒發印綬，讓其管理地方日常事務，一九五三年，新和縣一處古城遺址出土的一枚“漢歸義羌長”的銅印就是當時漢朝授給羌人首領的官印，西域都護府組織和統領西域各地對匈奴侵襲的抗擊，還在天山南北實行屯田，以減輕當地各民族的經濟負擔，解決駐軍和來往使者商旅的食宿問題，莎車、車師和焉耆等地都是當時漢朝在西域的屯田中心，又修築城堡，建立烽燧，進一步拓展絲綢之路，西域都護府這些政治、經濟、軍事措施密切了西域同中原地區的關係，增強了邊疆各族人民對中央政府的向心力，西域各地政治經濟和社會生活的變化進一步加快。
三、西域都護府這一管理形式以及相關政策，也因為有效地保證了西域各地民族關係的良性發展，而成為後代中央王朝統治者仿效的範例，如十六國後涼呂光在統一西域後，曾仿效漢代，設定西域大都護，行使主權，唐代，在邊區各族先後統轄在一個政府下之後，也分別設定了都護府，唐東北有“安東都護府”；北邊有“安北”、“單于”等都護府；西北有“安西”、“北庭”等都護府；西南有“保寧”、“支南”都護府；南邊有安南都護府，這都借鑑於漢代，適應了中國統一的多民族國家進一步形成和鞏固的需要，有著積極的歷史作用。
唐代西域概況，唐代安西、北庭都護府，唐代初年，唐朝軍隊在消滅回紇、突厥勢力時，向觸角伸向西域，除高昌不服統治被消滅以外，西域各國均臣服唐朝政府，不久西域統治交由安西都護府及北庭都護府進行處理，在西域設立了完備的行政體系，將西域劃歸隴右道，並設立安西四鎮作為西域地區的主要城市，唐玄宗開元年間曾設立磧西節度使，統轄安西、北庭兩大都護府，自此新疆地區成為唐朝的一部分，安史之亂後，唐朝無力控制西域，西域再次出現半獨立政權，直到元朝、明朝以及一七五九年清朝乾隆時期，中國再次控制了相當於西域的地區，並且於清朝後改名為新疆，從此新疆成為中國的行政區劃之一。
元、明時期西域的情況，一二零六年，蒙古族傑出領袖鐵木真建立蒙古汗國，被尊奉為“成吉思汗”（“擁有四海的君主”），不久成吉思汗率軍進入新疆，把他征服的地方分封給次子察哈臺，建立四大汗國之一的察哈臺汗國，四大汗國中，元帝國即元朝居於宗主國地位，元朝皇帝被尊為“大汗”，與此同時，唐朝後期（九世紀中期）起從蒙古高原西遷到今天新疆地區的回鶻人的一支高昌回鶻，除了已經與當地原住民（屬於白色人種）以及部分吐番人、契丹人融合，並於十世紀起改信伊斯蘭教並譯為“畏兀兒”之外，如今又吸收了蒙、漢、藏等民族成份，逐漸發展為近代維吾爾族，十四世紀初期，察哈臺汗國開始分裂為東、西兩部，東部包括喀什、吐魯番一帶，西部以撒馬爾罕為中心，統治帕米爾高原以西地區，今天的新疆絕大部分地區在東察合臺汗國統治之下，明朝建立後，西域即今新疆仍然在東察合臺汗國統治之下，明朝中葉，東察合臺汗國演變為葉爾羌汗國（一五一四到一六七八年），直到清朝初年才被由瓦剌演變而來的漠西蒙古所滅，所以，明朝時期，西域地區並沒有直接歸明朝中央政權管轄，但卻在我國境內的少數民族蒙古族的一支統治之下。
元、明時期對西藏的管轄，眾所周知，元朝設定宣政院管理西藏地區軍政要務，這是西藏正式納入我國版圖的開始，元朝還在西藏直接建立地方軍政機構，名