以新桂係為後盾，全面參選，即使在蔣介石以所謂黨的名義逼迫其退出競選時，李宗仁也絲毫不為所動。他在白崇禧、黃紹竑的策劃支援下，一舉擊敗孫科，最終當選。
蔣介石大為惱怒。可面對既成事實，又處於內外交困中，他不得不嚥下這枚苦果，佯做認可的姿態。實則舊仇新恨齊湧上心，恨透了自己的這位“桃園兄弟”。誠如李宗仁秘書程思遠所說：“李宗仁先生晚年的政治生涯，以競選國民黨副總統開始，從此捲入美蔣矛盾的漩渦，並使蔣桂矛盾進一步激化。”
1949年1月，內外交困的蔣介石在新桂系的逼宮下，被迫宣佈引退，李宗仁出任南京國民政府“代總統”。
可是，當躊躇滿志的李宗仁走入前臺時，蔣介石仍牢牢地在背後掌控著國民黨的軍政大權。首先，蔣介石暗中指使國民黨行政院長孫科將行政院搬到廣州，拒不執行李宗仁的政令，造成“府院之爭”；其次，蔣介石令嫡系愛將湯恩伯將中央銀行的金銀外匯全部運到臺灣，經濟上卡住李宗仁的脖子。同時，蔣介石命令成立京滬杭警備司令部，以湯恩伯45萬人馬置於東南半壁，隨時可以武力解決李宗仁。
這時，李宗仁貴為新桂系魁首，實際上他已調不動新桂系的軍隊了。白崇禧將新桂系武裝帶到了中南，沒有他的許可，這些部隊調不出一兵一卒。為了自身安全，李宗仁通融白崇禧，僅調得桂系一個團到南京擔任警衛。更令李宗仁難堪的是，他宣佈釋放張學良、楊虎城，毛人鳳控制下的軍統竟拒不執行命令，致使他的命令成為一紙空談。
南山有鳥，北山張網。更令李宗仁料所不及的是，蔣介石不