，頗有心灰意賴之感，不願身入政界，只想研究學問。袁世凱極盡熱情的挽留，說：“我代表四萬萬同胞誠懇邀請先生，請先生千萬賞臉，勿要推辭。”
蔡元培說：“元培心已倦，神已疲，只能向四萬萬同胞的代表敬謝邀請，不敢以不振之心，誤了民國的大計。”
袁世凱苦笑搖頭，但還是說：“我一定要將先生弄進內閣。”
三月十三日內閣總理唐紹儀從北京南下，到南京將新任內閣名單提請參議院表決。新內閣組成如下：
外交總長：陸徵祥 內務總長：趙秉鈞
財政總長：熊希齡 陸軍總長：段祺瑞
七五 鴻翅雁影裡，爪痕鳴聲都是漁歌（3）
海軍總長：劉冠雄 教育總長：蔡元培
司法總長：王寵惠 農林總長：宋教仁
工商總長：陳其美 交通總長：梁如浩
十總長之中，同盟會方面列名四人，袁世凱系統的列名三人，參議院審議後認為基本公允，表決結果除否決了交通總長梁如浩的提名外，其餘九人都順利透過。
孫文嘆息黃興未能繼任陸軍總長之職，而陳其美、蔡元培雖被提名透過，卻都不願就職，孫文、黃興一再勸說，蔡元培答應了暫署其職，陳其美卻以鞏固上海形勢為由，堅決辭了工商總長一職。
四月一日，孫文正式宣佈解職，四月二日，參議院議決以北京為首都，於是臨時政府及參議院先後遷往北京。
袁世凱歡喜無限，當下簽發委任狀，委黃興為陸軍參謀總長，黃興辭而不受，說：“功成身退，革命者理所當然。”
袁世凱於是又聘汪精衛為總統府高等顧問，汪精衛也辭而不受，說：“我早已有誓，不做官，不當議員，唯見共和成功，民國巍立，則於願已足。”
袁世凱無法，想到民國如今名雖統一，但南北的政務交接，特別是南方民軍的管理及善後問題極多，便又委黃興為南京留守使，總轄南方民軍，以待中央定出政策，那時或遣散、或編練，逐步統一軍隊編制。孫文覺此職非黃興無人勝任，便勸黃興就任，黃興無奈允諾。
此時唐紹儀在北京像模像樣的做起內閣總理來了，內撫各僚屬總長，外以同盟會各大員的支援自重，欲將民國治理得政通人和、百業俱興。
袁世凱心中不快，在他看來，內閣應該是自己的幕僚班子，總理當是幕僚長一類人物，事事秉承自己的意見辦事，但這個唐紹儀滿腦子新觀念，老是引《臨時約法》為據，強調內閣負責制，在人事安排等大事上，不時與袁世凱頂撞，有時兩人竟然爭得面紅耳赤，因此每次唐紹儀進總統府，袁世凱都要生上好幾天氣，唉聲嘆氣，抑鬱不樂，此後袁世凱的侍從武官們一看見唐紹儀入總統府，就笑了起來，說：“唐總理又來欺負我們袁大總統來了。”
孫文見內閣制運轉正常，大為歡喜，放下心來。剛辭去總統職務時，還感覺有些許失落及憂慮，如今頓感無官一身輕，心情愉悅歡欣。這時候南方各省紛紛來電，邀請孫文前往遊歷視察，演講共和真諦，其中以湖北黎元洪的邀請最是殷勤。孫文意動，遂欲赴首義之地一行，與從未謀面的黎元洪一晤。
四月七日，孫文乘坐“聯鯨號”兵艦由南京出發，溯長江而上武昌。同船的除胡漢民、汪精衛、陳璧君、章士釗、吳若男外，還有子孫科、女孫婉，秘書宋靄齡等二十多人。
四月九日，船近武昌，拉響了汽笛。泊於武昌江面的楚有艦、裕川艦等一齊鳴笛，並順流而下遠接。當“聯鯨號”駛向武昌織布局碼頭時，龜山、蛇山之上禮炮如雷，長鳴二十一響，而碼頭之上，軍樂齊奏，市民的歡呼上遏行雲。自平湖到文昌門江岸，軍政商學各界及一般市民二萬餘人翹首引頸，眼望著滾滾江水中孫文的坐艦劈浪而來，禁不住急舞雙手，縱聲大叫，都欲儘快一睹這手創民國、功成身退的一代偉人的風采。
孫武，蔣翔武代表黎元洪將孫文迎上岸來，岸上馬營、步營的數千士兵一齊舉手行禮，孫文脫帽答禮。各界代表列隊使勁地鼓掌，孫文上前與之握手致意。這時歡迎的市民爭欲上前一睹孫公風采，肩磨腳踩、擁擠非常。
孫文向人群揮手，孫武肅容揖讓，請孫文登車入城。
孫文及其一行上了馬車。督府傳騎隊五百兵士荷